Стивен Д. Левен

Стивен Дэниэл Левен
Стивен Дэниэл Левен
Рожденный	Нью-Йорк, Нью-Йорк , США
Альма-матер	Колумбийский университет ; Йельский университет
Известный	Структура и функция нуклеиновой кислоты , физическая геномика
	Научная карьера
Поля	Химия , Биофизика , Биоинженерия
Учреждения	Техасский университет в Далласе ; Лаборатория Лоуренса Беркли ; Калифорнийский университет, Сан-Диего
Диссертация	Исследования направленного на последовательность изгиба и гибкости ДНК (1985)
Докторантура	Дональд М. Кротерс
Веб-сайт	https://labs.utdallas.edu/levenelab/

Стивен Левен — американский биофизик и профессор биоинженерии , молекулярной биологии и физики Далласе Техасского университета в . ^{[ 1 ]}

Ранняя жизнь и образование

Левен родился в Нью-Йорке и учился в школе Горация Манна и средней школе Эндрю Хилла в Сан-Хосе, Калифорния. Он получил степень бакалавра химии в Колумбийском университете и степень доктора философии. по химии из Йельского университета . Его докторская работа продемонстрировала и количественно оценила феномен последовательно-направленного изгиба ДНК, вызванного аденин-тиминовым трактом. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} и первым применил моделирование Монте-Карло для расчета вероятностей циклизации молекул ДНК, имеющих произвольную предпочтительную геометрию. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Покинув Йельский университет, Левен стал научным сотрудником Американского онкологического общества в Калифорнийском университете в Сан-Диего вместе с Бруно Зиммом , где он работал над физическим механизмом гель-электрофореза. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

Карьера

Научные интересы

Научные интересы Левена широко лежат в области архитектуры генома и его поддержания с помощью ферментных механизмов и взаимодействий белок-ДНК. Его работа в этой области началась с того времени, когда он был штатным научным сотрудником Центра генома человека Национальной лаборатории Лоуренса Беркли , когда он сотрудничал с группой Николаса Коццарелли над структурой и свойствами сверхспиральной ДНК. ^{[ 10 ]} и катенаны ДНК. ^{[ 11 ]} Группа Левена внесла как экспериментальный, так и теоретический/вычислительный вклад в понимание топологии ДНК и ее связи с локальными структурами ДНК. ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]} образование петель ДНК, ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]} сайт-специфическая рекомбинация ДНК, ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} строение теломер человека, ^{[ 20 ]}^{[ 21 ]} и внехромосомно-кольцевая ДНК. ^{[ 22 ]}

Ссылки

^ Веб-страница биоинженерии Юта-Далласа
^ Марини, Джоан С.; Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М.; Инглунд, Пол Т. (1982). «Изогнутая спиральная структура ДНК кинетопласта» . Труды Национальной академии наук . 79 (24): 7664–7668. Бибкод : 1982PNAS...79.7664M . дои : 10.1073/pnas.79.24.7664 . ПМК 347408 . ПМИД 16593261 .
^ Левен, Стивен Д.; Мин Ву, Хен; Кротерс, Дональд М. (1986). «Изгиб и гибкость ДНК кинетопластов». Биохимия . 25 (14): 3988–3995. дои : 10.1021/bi00362a003 . ПМИД 3017412 .
^ Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М. (1986). «Вероятности замыкания кольца фрагментов ДНК методом моделирования Монте-Карло» . Журнал молекулярной биологии . 189 (1): 61–72. дои : 10.1016/0022-2836(86)90381-5 . ПМИД 3783680 .
^ Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М. (1986). «Топологические распределения и крутильная жесткость ДНК» . Журнал молекулярной биологии . 189 (1): 73–83. дои : 10.1016/0022-2836(86)90382-7 . ПМИД 3783681 .
^ Кротерс, Дональд М.; Драк, Жаклин; Кан, Джейсон Д.; Левен, Стивен Д. (1992). «[1] Изгиб ДНК, гибкость и спиральный повтор по кинетике циклизации» . Структуры ДНК. Часть B: Химический и электрофоретический анализ ДНК . Методы энзимологии. Том. 212. стр. 3–29. дои : 10.1016/0076-6879(92)12003-9 . ISBN 9780121821135 . ПМИД 1518450 .
^ Левен, SD; Зимм, Б.Х. (1987). «Разделение открытой кольцевой ДНК с помощью электрофореза в импульсном поле» . Труды Национальной академии наук . 84 (12): 4054–7. Бибкод : 1987PNAS...84.4054L . дои : 10.1073/pnas.84.12.4054 . ПМК 305020 . ПМИД 3295875 .
^ Левен, Стивен Д.; Зимм, Бруно Х. (1989). «Понимание аномального электрофореза изогнутых молекул ДНК: модель рептации» . Наука . 245 (4916): 396–399. Бибкод : 1989Sci...245..396L . дои : 10.1126/science.2756426 . ПМИД 2756426 .
^ Зимм, Британская Колумбия; Левен, С.Д. (1992). «Проблемы и перспективы теории гель-электрофореза ДНК». Ежеквартальные обзоры биофизики . 25 (2): 171–204. дои : 10.1017/s0033583500004662 . ПМИД 1518924 . S2CID 27976751 .
^ Вологодский А.В.; Левен, Южная Дакота; Клейн, К.В.; Франк-Каменецкий, М; Коццарелли, НР (1992). «Конформационные и термодинамические свойства сверхспиральной ДНК». Журнал молекулярной биологии . 227 (4): 1224–43. дои : 10.1016/0022-2836(92)90533-п . ПМИД 1433295 .
^ Левен, SD; Донахью, К; Болес, ТК; Коццарелли, НР (1995). «Анализ структуры димерных катенанов ДНК методом электронной микроскопии» . Биофизический журнал . 69 (3): 1036–45. Бибкод : 1995BpJ....69.1036L . дои : 10.1016/S0006-3495(95)79978-7 . ПМЦ 1236332 . ПМИД 8519958 .
^ Цен, Х; Левен, С.Д. (1997). «Зависимая от сверхспирализации гибкость ДНК, содержащей аденозиновый тракт, обнаруженная топологическим методом» . Труды Национальной академии наук . 94 (7): 2817–22. Бибкод : 1997PNAS...94.2817T . дои : 10.1073/pnas.94.7.2817 . ЧВК 20279 . ПМИД 9096303 .
^ Цен, Х; Левен, С.Д. (2004). «Анализ частот химического и ферментативного расщепления суперспиральной ДНК». Журнал молекулярной биологии . 336 (5): 1087–102. дои : 10.1016/j.jmb.2003.12.079 . ПМИД 15037071 .
^ Джован, Стефан М.; Шарейн, Роберт Г.; Ханке, Андреас; Левен, Стивен Д. (2014). «Расчеты свободной энергии для полугибких макромолекул: приложения к завязыванию и образованию петель ДНК» . Журнал химической физики . 141 (17): 174902. Бибкод : 2014JChPh.141q4902G . дои : 10.1063/1.4900657 . ПМЦ 4241824 . ПМИД 25381542 .
^ Чжан, Юнли; МакИвен, Эбби Э.; Кротерс, Дональд М.; Левен, Стивен Д. (2006). «Статистически-механическая теория петель ДНК» . Биофизический журнал . 90 (6): 1903–1912. Бибкод : 2006BpJ....90.1903Z . дои : 10.1529/biophysj.105.070490 . ПМК 1386771 . ПМИД 16361335 .
^ Чжан, Юнли; МакИвен, Эбби Э.; Кротерс, Дональд М.; Левен, Стивен Д. (2006). «Анализ in-vivo LacR-опосредованной репрессии генов на основе механики зацикливания ДНК» . ПЛОС ОДИН . 1 (1): е136. Бибкод : 2006PLoSO...1..136Z . дои : 10.1371/journal.pone.0000136 . ПМК 1762422 . ПМИД 17205140 .
^ Джован, Стефан М.; Ханке, Андреас; Левен, Стивен Д. (2015). «Циклизация ДНК и зацикливание в червеобразном пределе: нормальные режимы и обоснованность гармонического приближения» . Биополимеры . 103 (9): 528–538. дои : 10.1002/bip.22683 . ПМК 6815668 . ПМИД 26014845 .
^ Хаффман, Кеннет Э.; Левен, Стивен Д. (1999). «Асимметрия последовательности ДНК управляет выравниванием сайтов рекомбинации в синаптическом комплексе FLP» . Журнал молекулярной биологии . 286 (1): 1–13. дои : 10.1006/jmbi.1998.2468 . ПМИД 9931245 .
^ Ветчер, Александр А.; Лушников Александр Юрьевич; Наварра-Мадсен, Джуналин; Шарейн, Роберт Г.; Любченко Юрий Л.; Дарси, Изабель К.; Левен, Стивен Д. (2006). «Топология и геометрия ДНК в рекомбинации FLP и Cre» . Журнал молекулярной биологии . 357 (4): 1089–1104. дои : 10.1016/j.jmb.2006.01.037 . ПМИД 16483600 .
^ Райт, МЫ; Тесмер, В.М.; Хаффман, Кентукки; Левен, SD; Шей, JW (ноябрь 1997 г.). «Нормальные человеческие хромосомы имеют длинные теломерные выступы, богатые G, на одном конце» . Гены и развитие . 11 (21): 2801–9. дои : 10.1101/gad.11.21.2801 . ПМК 316649 . ПМИД 9353250 .
^ Хаффман, Кентукки; Левен, SD; Тесмер, В.М.; Шей, JW; Райт, МЫ (2000). «Укорочение теломер пропорционально размеру теломерного 3'-выступа, богатого G» . Журнал биологической химии . 275 (26): 19719–22. дои : 10.1074/jbc.M002843200 . ПМИД 10787419 .
^ Шура, Масса Дж.; Габданк, Идан; Хансен, Лорен; Меркер, Джейсон; Готлиб, Джейсон; Левен, Стивен Д.; Огонь, Эндрю З. (2017). «Сложные и специфичные для клеточного типа популяции эндогенной кольцевой ДНК (EccDNA) у Caenorhabditis elegans и Homo sapiens» . G3: Гены, геномы, генетика . 7 (10): 3295–3303. дои : 10.1534/g3.117.300141 . ПМЦ 5633380 . ПМИД 28801508 .

[Texas-1] Веб-страница биоинженерии Юта-Далласа

[2] Марини, Джоан С.; Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М.; Инглунд, Пол Т. (1982). «Изогнутая спиральная структура ДНК кинетопласта» . Труды Национальной академии наук . 79 (24): 7664–7668. Бибкод : 1982PNAS...79.7664M . дои : 10.1073/pnas.79.24.7664 . ПМК 347408 . ПМИД 16593261 .

[3] Левен, Стивен Д.; Мин Ву, Хен; Кротерс, Дональд М. (1986). «Изгиб и гибкость ДНК кинетопластов». Биохимия . 25 (14): 3988–3995. дои : 10.1021/bi00362a003 . ПМИД 3017412 .

[4] Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М. (1986). «Вероятности замыкания кольца фрагментов ДНК методом моделирования Монте-Карло» . Журнал молекулярной биологии . 189 (1): 61–72. дои : 10.1016/0022-2836(86)90381-5 . ПМИД 3783680 .

[5] Левен, Стивен Д.; Кротерс, Дональд М. (1986). «Топологические распределения и крутильная жесткость ДНК» . Журнал молекулярной биологии . 189 (1): 73–83. дои : 10.1016/0022-2836(86)90382-7 . ПМИД 3783681 .

[6] Кротерс, Дональд М.; Драк, Жаклин; Кан, Джейсон Д.; Левен, Стивен Д. (1992). «[1] Изгиб ДНК, гибкость и спиральный повтор по кинетике циклизации» . Структуры ДНК. Часть B: Химический и электрофоретический анализ ДНК . Методы энзимологии. Том. 212. стр. 3–29. дои : 10.1016/0076-6879(92)12003-9 . ISBN 9780121821135 . ПМИД 1518450 .

[7] Левен, SD; Зимм, Б.Х. (1987). «Разделение открытой кольцевой ДНК с помощью электрофореза в импульсном поле» . Труды Национальной академии наук . 84 (12): 4054–7. Бибкод : 1987PNAS...84.4054L . дои : 10.1073/pnas.84.12.4054 . ПМК 305020 . ПМИД 3295875 .

[8] Левен, Стивен Д.; Зимм, Бруно Х. (1989). «Понимание аномального электрофореза изогнутых молекул ДНК: модель рептации» . Наука . 245 (4916): 396–399. Бибкод : 1989Sci...245..396L . дои : 10.1126/science.2756426 . ПМИД 2756426 .

[9] Зимм, Британская Колумбия; Левен, С.Д. (1992). «Проблемы и перспективы теории гель-электрофореза ДНК». Ежеквартальные обзоры биофизики . 25 (2): 171–204. дои : 10.1017/s0033583500004662 . ПМИД 1518924 . S2CID 27976751 .

[10] Вологодский А.В.; Левен, Южная Дакота; Клейн, К.В.; Франк-Каменецкий, М; Коццарелли, НР (1992). «Конформационные и термодинамические свойства сверхспиральной ДНК». Журнал молекулярной биологии . 227 (4): 1224–43. дои : 10.1016/0022-2836(92)90533-п . ПМИД 1433295 .

[ref_10-11] Левен, SD; Донахью, К; Болес, ТК; Коццарелли, НР (1995). «Анализ структуры димерных катенанов ДНК методом электронной микроскопии» . Биофизический журнал . 69 (3): 1036–45. Бибкод : 1995BpJ....69.1036L . дои : 10.1016/S0006-3495(95)79978-7 . ПМЦ 1236332 . ПМИД 8519958 .

[12] Цен, Х; Левен, С.Д. (1997). «Зависимая от сверхспирализации гибкость ДНК, содержащей аденозиновый тракт, обнаруженная топологическим методом» . Труды Национальной академии наук . 94 (7): 2817–22. Бибкод : 1997PNAS...94.2817T . дои : 10.1073/pnas.94.7.2817 . ЧВК 20279 . ПМИД 9096303 .

[13] Цен, Х; Левен, С.Д. (2004). «Анализ частот химического и ферментативного расщепления суперспиральной ДНК». Журнал молекулярной биологии . 336 (5): 1087–102. дои : 10.1016/j.jmb.2003.12.079 . ПМИД 15037071 .

[14] Джован, Стефан М.; Шарейн, Роберт Г.; Ханке, Андреас; Левен, Стивен Д. (2014). «Расчеты свободной энергии для полугибких макромолекул: приложения к завязыванию и образованию петель ДНК» . Журнал химической физики . 141 (17): 174902. Бибкод : 2014JChPh.141q4902G . дои : 10.1063/1.4900657 . ПМЦ 4241824 . ПМИД 25381542 .

[15] Чжан, Юнли; МакИвен, Эбби Э.; Кротерс, Дональд М.; Левен, Стивен Д. (2006). «Статистически-механическая теория петель ДНК» . Биофизический журнал . 90 (6): 1903–1912. Бибкод : 2006BpJ....90.1903Z . дои : 10.1529/biophysj.105.070490 . ПМК 1386771 . ПМИД 16361335 .

[16] Чжан, Юнли; МакИвен, Эбби Э.; Кротерс, Дональд М.; Левен, Стивен Д. (2006). «Анализ in-vivo LacR-опосредованной репрессии генов на основе механики зацикливания ДНК» . ПЛОС ОДИН . 1 (1): е136. Бибкод : 2006PLoSO...1..136Z . дои : 10.1371/journal.pone.0000136 . ПМК 1762422 . ПМИД 17205140 .

[17] Джован, Стефан М.; Ханке, Андреас; Левен, Стивен Д. (2015). «Циклизация ДНК и зацикливание в червеобразном пределе: нормальные режимы и обоснованность гармонического приближения» . Биополимеры . 103 (9): 528–538. дои : 10.1002/bip.22683 . ПМК 6815668 . ПМИД 26014845 .

[18] Хаффман, Кеннет Э.; Левен, Стивен Д. (1999). «Асимметрия последовательности ДНК управляет выравниванием сайтов рекомбинации в синаптическом комплексе FLP» . Журнал молекулярной биологии . 286 (1): 1–13. дои : 10.1006/jmbi.1998.2468 . ПМИД 9931245 .

[19] Ветчер, Александр А.; Лушников Александр Юрьевич; Наварра-Мадсен, Джуналин; Шарейн, Роберт Г.; Любченко Юрий Л.; Дарси, Изабель К.; Левен, Стивен Д. (2006). «Топология и геометрия ДНК в рекомбинации FLP и Cre» . Журнал молекулярной биологии . 357 (4): 1089–1104. дои : 10.1016/j.jmb.2006.01.037 . ПМИД 16483600 .

[20] Райт, МЫ; Тесмер, В.М.; Хаффман, Кентукки; Левен, SD; Шей, JW (ноябрь 1997 г.). «Нормальные человеческие хромосомы имеют длинные теломерные выступы, богатые G, на одном конце» . Гены и развитие . 11 (21): 2801–9. дои : 10.1101/gad.11.21.2801 . ПМК 316649 . ПМИД 9353250 .

[21] Хаффман, Кентукки; Левен, SD; Тесмер, В.М.; Шей, JW; Райт, МЫ (2000). «Укорочение теломер пропорционально размеру теломерного 3'-выступа, богатого G» . Журнал биологической химии . 275 (26): 19719–22. дои : 10.1074/jbc.M002843200 . ПМИД 10787419 .

[22] Шура, Масса Дж.; Габданк, Идан; Хансен, Лорен; Меркер, Джейсон; Готлиб, Джейсон; Левен, Стивен Д.; Огонь, Эндрю З. (2017). «Сложные и специфичные для клеточного типа популяции эндогенной кольцевой ДНК (EccDNA) у Caenorhabditis elegans и Homo sapiens» . G3: Гены, геномы, генетика . 7 (10): 3295–3303. дои : 10.1534/g3.117.300141 . ПМЦ 5633380 . ПМИД 28801508 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]