Тип варианта объекта последовательности
Тип варианта признака последовательности (SFVT) относится к определенному варианту последовательности (мутации) данного признака последовательности в белке . Рассмотрим белок, его аминокислотная последовательность определяет его структуру и функцию. Некоторые области последовательности в первую очередь связаны со сворачиванием белка , то есть со структурой, тогда как другие области связаны с функцией белка , например, с каталитическим сайтом фермента. У многих родственных видов участки соответствующего белка остаются консервативными от вида к виду, в то время как точная аминокислота в каждом месте может меняться (и часто так и происходит). Чтобы четко проиллюстрировать как консервативную природу функциональных областей, так и точное изменение в реальной аминокислоте, определен тип варианта признака последовательности.
Функция последовательности
[ редактировать ]Особенность последовательности — это, по сути, совокупность аминокислот внутри белка, причем совокупность может представлять собой непрерывный диапазон или некоторые дискретные остатки. Большинство особенностей последовательности основаны на экспериментальных результатах, но есть и некоторые, полученные в результате компьютерного анализа.
Тип варианта элемента последовательности
[ редактировать ]Для каждого признака последовательности существуют вариации между многими белками разных родственных видов. Типы вариантов определяют точную аминокислоту в каждом месте признака. Чем больше мутация в каждом месте признака, тем больше у него типов вариантов. Для данного белка после определения его аминокислотной последовательности определяют тип варианта признака его последовательности.
Приложение
[ редактировать ]SFVT можно использовать для изучения функций белков у многих родственных видов. Такие исследования были проведены на нескольких патогенах человека.
SFVT также доступны в базе данных исследований гриппа для белков гриппа, а также в базе данных вирусных патогенов и ресурсах анализа для вируса денге.