Назначение на основе структуры
Структурное присвоение (SBA) — это метод ускорения резонансного присвоения, которое является ключевым узким местом структурной биологии ЯМР ( ядерного магнитного резонанса ). [1] Гомологичный (похожий) белок используется в качестве матрицы для целевого белка в SBA. Этот матричный белок предоставляет предварительную структурную информацию о целевом белке и приводит к более быстрому резонансному назначению. По аналогии, в рентгеновской кристаллографии метод молекулярного замещения позволяет решить проблему кристаллографической фазы, когда гомологичная структурная модельизвестны, тем самым облегчая быстрое определение структуры. [2] Некоторые алгоритмы SBAявляются CAP, который представляет собой алгоритм назначения РНК , который выполняет исчерпывающий поиск повсе перестановки, [3] MARS — программа для надежного автоматического назначения магистральной сети. [4] и замена ядерного вектора (NVR), которая представляет собой подход, подобный молекулярной замене, для SBA резонансов иредкий ядерный эффект Оверхаузера (NOE). [5] [6] [7]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бартельс, Кристиан; Биллетер, Мартин; Гюнтер, Питер; Вютрих, Курт (30 апреля 1996 г.). «Автоматическое секвенционно-специфическое ЯМР-определение гомологичных белков с использованием программы ГАРАНТ». Журнал биомолекулярного ЯМР . 7 (3): 207–13. дои : 10.1007/BF00202037 . ПМИД 22911044 . S2CID 9450778 .
- ^ Россман, МГ; Блоу, Д.М. (1962), «Обнаружение субъединиц внутри кристаллографической асимметричной единицы», Acta Crystallogr. Д , 15 : 24–31, CiteSeerX 10.1.1.319.3019 , doi : 10.1107/s0365110x62000067 .
- ^ Аль-Хашими, Его Величество; Горин А.; Маджумдар, А.; Госсер, Ю.; Патель, DJ (2002), «На пути к структурной геномике РНК: быстрое резонансное определение ЯМР и одновременное определение третичной структуры РНК с использованием остаточных диполярных связей», J. Mol. Биол. , 318 (3): 637–649, doi : 10.1016/s0022-2836(02)00160-2 , PMID 12054812 .
- ^ Юнг, Ю.; Цвекштеттер, М. (2004), «Марс - надежное автоматическое распределение белков по основной цепи», Журнал биомолекулярного ЯМР , 30 (1): 11–23, doi : 10.1023/b:jnmr.0000042954.99056.ad , hdl : 11858/00 -001M-0000-0012-EC52-9 , PMID 15452431 , S2CID 3006904 .
- ^ Лэнгмид, CJ; Ян, А.; Лилиен, Р.; Ван, Л.; Дональд, Б.Р. (2004), «Алгоритм замены ядерного вектора с полиномиальным временем для автоматического назначения резонансов ЯМР», J. Comp. Био. , 11 (2–3): 277–98, CiteSeerX 10.1.1.15.8054 , doi : 10.1089/1066527041410436 , PMID 15285893 .
- ^ Лэнгмид, CJ; Дональд, Б.Р. (2004), «Алгоритм замены ядерного вектора ожидания/максимизации для автоматического назначения резонанса ЯМР», J. Comp. Био. , 29 (2): 111–138, CiteSeerX 10.1.1.630.1110 , doi : 10.1023/b:jnmr.0000019247.89110.e6 , PMID 15014227 , S2CID 12443551 .
- ^ Апайдин, М.С.; Катай, Б.; Патрик, Н.; Дональд, Б.Р. (2010), «NVR-BIP: замена ядерного вектора с использованием двоичного целочисленного программирования для назначений на основе структуры ЯМР», The Computer Journal , 54 (январь): 708–716, doi : 10.1093/comjnl/bxp120 , PMC 4287374 , ПМИД 25580019 .
 | Эта ядерному магнитному резонансу статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |