Файл описания чипа

Файл описания чипа — это файл, который содержит возможную аннотацию типа чипа микрочипа . В файле обычно указывается, какие зонды соответствуют одной и той же интересующей геномной единице. Эта методология картирования решает проблему надежной реконструкции уровней экспрессии, поскольку, если существует более одного набора зондов на ген, сигналы экспрессии для одного и того же транскрипта могут быть усилены неправильно.

Геномные единицы, представляющие интерес, могут включать в себя: экспрессию, генотипирование , CustomSeq, наборы пробных номеров копий и/или тегов. Все имена наборов датчиков в массиве уникальны. В одном массиве может существовать несколько копий набора проб, если каждая копия имеет уникальное имя. CDFсуществуют для экспрессии генов (сопоставления наборов зондов с генами), для генотипирования (сопоставления набора зондов с однонуклеотидными полиморфизмами и типом аллелей . Для одного типа чипа могут существовать разные CDF: один CDF может использоваться для опроса транскриптов генов, а другой CDF опрашивать экзоны .

Первоначально компания Affymetrix создала спецификацию для описания макета массива Affymetrix GeneChip. Affymetrix по-прежнему предоставляет «официальные» CDF для большинства своих типов чипов. В дополнение к этому различные группы предоставляют собственные файлы CDF, оптимизированные для различных геномных функций. CDF обычно обновляются при обновлении аннотации генома.

Формат

Файл описания чипа разделен на разделы. Начало каждого раздела определяется строкой, содержащей имя раздела, заключенное в квадратные скобки. Названия разделов:

• CDF
• Чип
• QCI (где I варьируется от 1 до количества наборов датчиков контроля качества).
• UnitJ (где J — внутренний индекс, позволяющий однозначно различать наборы проб)
• UnitJ_BlockK (где J и K — внутренние индексы, используемые для различения подмножеств набора проб)

Данные в каждом разделе имеют формат TAG=VALUE.