Эффект тени

Эффект тени ^[1] Это явление наблюдается в генетических исследованиях, в которых используются неинвазивные методы сбора генетических данных. Это происходит, когда в популяции недостаточно локусов и/или локусов с низкой дисперсией аллелей. В результате исследователи могут поймать двух разных людей и ошибочно пометить их как одного и того же человека. Это может создать отрицательную предвзятость в данных и представить популяцию как меньшую и менее генетически разнообразную, чем она есть на самом деле. Чаще всего это наблюдается в методах сбора, основанных на ДНК окружающей среды (эДНК), которая собирается непосредственно из окружающей среды (например, фекалии или волосы, удаленные с земли). ^[2] Точность данных неинвазивного сбора можно повысить за счет увеличения количества локусов, исследуемых в ходе исследования. ^[1]

Фон

Существует несколько типов методов разрежения , которые можно использовать для оценки размера жесткого варана. Изучение размера и плотности населения относится к демографии , изучению популяций любого вида организмов. ^{[ нужна ссылка ]}

Маркировка и повторная поимка — распространенная форма сбора данных , касающаяся видов с большими популяциями. Возможность отлавливать и маркировать виды неинвазивным способом позволяет точно определить размер популяции, как общий, так и эффективный в течение нескольких раундов повторной поимки. Однако для видов, которые трудно поймать или просмотреть напрямую, например, для видов, находящихся под угрозой исчезновения , использование метода маркировки-повторной поимки для получения генетических образцов может оказаться практически невозможным. ^{[ нужна ссылка ]}

Другим методом оценки размера популяции является полимеразная цепная реакция в реальном времени (qPCR). qPCR — это молекулярный подход, который измеряет амплификацию ДНК с течением времени, а не только в конце реакции. ^[3] Этот метод полезен, поскольку он может опираться на эДНК для оценки численности вида в данной среде обитания. ^{[ нужна ссылка ]}

Неинвазивные формы сбора данных могут быть достигнуты путем сбора меха, фекалий или других оставшихся фрагментов материала, богатого ДНК (эДНК). ^[1] Современные достижения, которые когда-то считались дорогостоящими, позволили упростить неинвазивный сбор данных и предоставить больше генетической информации о популяции. ^[4] ДНК-баркодирование — это метод идентификации видов, который использует эДНК для определения уникального генетического состава людей и их видов. Этот метод заключается в том, что он требует балансирования: поддержание достаточного количества маркеров локусов в генетических данных и сохранение экономической эффективности. ^{[ нужна ссылка ]}

Вероятность идентичности (PI _AV ) — это вероятность того, что случайно выбранная выборка из популяции дважды произведет один и тот же генотип, если в ходе исследования будет использовано недостаточно локусов. Если будут выбраны локусы с небольшими генетическими вариациями или с небольшим количеством локусов, вполне вероятно, что несколько особей будут идентифицированы как слишком генетически схожие, и особи будут исключены из набора данных. Это создает отрицательную статистическую погрешность , смещая результаты в сторону меньшего и менее генетически разнообразного среднего значения, чем это соответствует популяции. Это известно как эффект тени. ^[1]

Приложения

Полевка Кабрера ( Microtus cabrerae ) — небольшой, находящийся под угрозой исчезновения грызун, принадлежащий к роду Microtus . Популяции, существующие в основном в Португалии, сложно оценить с помощью типичных методов повторной поимки по меткам из-за их небольшого размера и способности быстро расселяться по большим участкам прерий. ^[4] С введением и снижением стоимости использования ДНК окружающей среды (в данном случае фекалий) появилась возможность использовать ее в относительно недорогом эксперименте для оценки размера популяции полевки Кабрера на юге Португалии в обмен на принесение в жертву демографических показателей (возраста, пола, здоровья). ) информация. ^[4]

См. также

Закон об исчезающих видах 1973 года.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Миллс, Л. Скотт; Читта, Джон Дж.; Лэр, Кевин П.; Шварц, Майкл К.; Таллмон, Дэвид А. (февраль 2000 г.). «Оценка численности животных с использованием неинвазивного отбора проб ДНК: перспективы и подводные камни» . Экологические приложения . 10 (1): 283–294. doi : 10.1890/1051-0761(2000)010[0283:EAAUND]2.0.CO;2 . ISSN 1051-0761 .
^ «Экологическая ДНК (эДНК)» . Геологическая служба США . Проверено 6 марта 2023 г.
^ Пирсон, Стюарт Н.; Батлер, Джейсон Н. (2007). «Количественная полимеразная цепная реакция» . Циркадные ритмы . Методы молекулярной биологии. Том. 362. стр. 349–362. дои : 10.1007/978-1-59745-257-1_25 . ISBN 978-1-58829-417-3 . ISSN 1064-3745 . ПМИД 17417022 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Перальта, Динора; Ваз-Фрейре, Тереза; Феррейра, Клара; Мендес, Тьяго; Мира, Антониу; Сантос, Сара; Алвес, Пауло К.; Ламбин, Ксавье; Бежа, Педро; Пауперио, Хоана; Пита, Рикардо (23 декабря 2022 г.). «От обнаружения видов до индексации размера популяции: использование знаков для мониторинга редких и неуловимых мелких млекопитающих» . Европейский журнал исследований дикой природы . 69 (1): 9. дои : 10.1007/s10344-022-01634-2 . hdl : 10174/34958 . ISSN 1439-0574 . S2CID 255083596 .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Миллс, Л. Скотт; Читта, Джон Дж.; Лэр, Кевин П.; Шварц, Майкл К.; Таллмон, Дэвид А. (февраль 2000 г.). «Оценка численности животных с использованием неинвазивного отбора проб ДНК: перспективы и подводные камни» . Экологические приложения . 10 (1): 283–294. doi : 10.1890/1051-0761(2000)010[0283:EAAUND]2.0.CO;2 . ISSN 1051-0761 .

[2] «Экологическая ДНК (эДНК)» . Геологическая служба США . Проверено 6 марта 2023 г.

[3] Пирсон, Стюарт Н.; Батлер, Джейсон Н. (2007). «Количественная полимеразная цепная реакция» . Циркадные ритмы . Методы молекулярной биологии. Том. 362. стр. 349–362. дои : 10.1007/978-1-59745-257-1_25 . ISBN 978-1-58829-417-3 . ISSN 1064-3745 . ПМИД 17417022 .

[:1-4] Jump up to: ^а ^б ^с Перальта, Динора; Ваз-Фрейре, Тереза; Феррейра, Клара; Мендес, Тьяго; Мира, Антониу; Сантос, Сара; Алвес, Пауло К.; Ламбин, Ксавье; Бежа, Педро; Пауперио, Хоана; Пита, Рикардо (23 декабря 2022 г.). «От обнаружения видов до индексации размера популяции: использование знаков для мониторинга редких и неуловимых мелких млекопитающих» . Европейский журнал исследований дикой природы . 69 (1): 9. дои : 10.1007/s10344-022-01634-2 . hdl : 10174/34958 . ISSN 1439-0574 . S2CID 255083596 .

[1]

[2]

[3]

[4]