Базовый вызов
Вызов оснований — это процесс присвоения нуклеиновых оснований пикам хроматограммы , сигналам интенсивности света или изменениям электрического тока в результате прохождения нуклеотидов через нанопоры . Одной из компьютерных программ для выполнения этой работы является Phred , которая является широко используемой программой для определения оснований как в академических, так и в коммерческих лабораториях секвенирования ДНК из-за ее высокой точности определения оснований. [1]
Базовые программы для секвенирования Nanopore используют нейронные сети, обученные на текущих сигналах, полученных на основе точных данных секвенирования. [2]
Базовая точность вызова
[ редактировать ]Базовый вызов можно оценить по двум показателям: точности чтения и точности консенсуса. Точность чтения относится к точности вызываемой базы по отношению к известному эталону. Консенсусная точность означает, насколько точна консенсусная последовательность по сравнению с перекрывающимися прочтениями из одного и того же генетического локуса . [2]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Рихтерих, Питер (1 марта 1998 г.). «Оценка ошибок в «необработанных» последовательностях ДНК: исследование проверки» . Геномные исследования . 8 (3). Лаборатория Колд-Спринг-Харбор: 251–259. дои : 10.1101/гр.8.3.251 . ISSN 1088-9051 . ПМК 310698 . ПМИД 9521928 .
- ^ Jump up to: а б Уик, Райан Р.; Джадд, Луиза М.; Холт, Кэтрин Э. (24 июня 2019 г.). «Производительность инструментов базового вызова нейронных сетей для секвенирования Oxford Nanopore» . Геномная биология . 20 (1). Springer Science and Business Media LLC: 129. doi : 10.1186/s13059-019-1727-y . ISSN 1474-760X . ПМК 6591954 . ПМИД 31234903 .