системная полоса

системная полоса
Стабильная версия	1.0 / 27 мая 2011 г.
Репозиторий	тюльпан .дом .fr /Системная полоса /1 .0 /файлы /тюльпан _3 _4 _1 _с _systrip _1 _0 .берёт .gz ;
Операционная система	Винда , Линукс
Лицензия	LGPL , Лицензионная лицензия GPL
Веб-сайт	тюльпан .дом .fr /TulipDrupal /?q=системная полоса

Systrip — это визуальная среда для анализа данных временных рядов в контексте биологических сетей. Systrip собирает алгоритмы биоинформатики и теории графов, которые можно собирать различными способами, чтобы помочь биологам в процессе визуального анализа. Его использовали для анализа различных реальных биологических данных. ^{[ 1 ]}

Презентация

Systrip разработан на C++ и основан на Tulip — платформе визуализации информации, предназначенной для анализа и визуализации реляционных данных.

Архитектура Модель-Представление-Контроллер Tulip позволяет Systrip поддерживать несколько синхронизированных представлений. Любое взаимодействие с представлением (например, выбор элемента) подразумевает автоматическое обновление всех представлений, отображающих эти данные. В дополнение к алгоритмам и представлениям, разработанным специально для Systrip, система плагинов Tulip позволяет пользователям Systrip получать доступ ко всем доступным плагинам (плагины, интегрированные в выпуски Tulip, а также через сервер плагинов Tulip).

Функции

Вход

Импортируйте и экспортируйте метаболическую сеть в формате SBML.
Данные временных рядов из файла CSV
Импортировать данные из файла CSV
Загрузка и сохранение состояния сеанса

Манипулирование структурой

Создание и удаление путей
Удаление элементов
Создание и манипулирование подсетями (помочь пользователю сосредоточиться на небольшой части сети)

Визуализация

Множественные виды представлений метаболических сетей (3D, направленные силой, сохраняющие биологическую конвенцию, иерархические...)
Инструменты взаимодействия визуализации (рисование, изгибы...)
Анимация данных временных рядов
Визуализация временных рядов в контексте метаболической сети
Представления анализа данных (гистограмма, электронная таблица, диаграмма рассеяния, параллельные координаты)
3D молекулярная визуализация

Анализ

Алгоритмы анализа графов тюльпанов
- Степень
- Центральность посредничества
- Эксцентриситет
- прожектор
Алгоритмы сетевого анализа
- Узкие места
- Кратчайший путь (посвящен метаболическим сетям)
- Выбор объема

Ссылки

^ Коупленд, Всемирный банк; Бартли, бакалавр; Чандран, Д; Гальдзицкий, М; Ким, К.Х.; Слейт, Южная Каролина; Маранас, CD; Сауро, Ее Величество (май 2012 г.). «Вычислительные инструменты метаболической инженерии» . Метаболическая инженерия . 14 (3): 270–80. дои : 10.1016/j.ymben.2012.03.001 . ПМК 3361690 . ПМИД 22629572 .