Биогобелен
| Разработчик(и) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Стабильная версия | 7.0.0 / 22 сентября 2014 г. |
| Операционная система | Любой ( на основе Java ) |
| Лицензия | LGPL |
| Веб-сайт | Биогобелен домашний |
BioTapestry — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для моделирования и визуализации сетей регуляции генов (GRN). [1] [2]
История
[ редактировать ]BioTapestry был создан в Институте системной биологии в Сиэтле в сотрудничестве с лабораторией Дэвидсона Калифорнийского технологического института . Проект был инициирован для поддержки продолжающейся разработки модели GRN, регулирующей развитие эндомезодермы морского ежа Strongylocentrotus purpuratus . BioTapestry был первоначально обнародован в конце 2003 года как интерактивная веб-программа просмотра только для чтения для сети морских ежей , а первый полнофункциональный редактор был выпущен в августе 2004 года (v0.94.1). Текущая версия 7.0.0 была выпущена в сентябре 2014 года.
Разработка
[ редактировать ]Работа над BioTapestry продолжается. Дополнительные сведения о версии 7.0 см. на странице примечаний к выпуску .
Использование
[ редактировать ]BioTapestry — это интерактивный инструмент для моделирования и визуализации сетей регуляции генов.
Интерактивные примеры
[ редактировать ]- Сеть эндомезодермы морского ежа из лаборатории Дэвидсона.
- Сеть эктодермы морского ежа из лаборатории Дэвидсона.
- Спецификация вентральной нервной трубки мыши из лаборатории МакМэхона.
- Сеть влияния на окружающую среду и генную регуляцию (EGRIN) для Halobacterium salinarum NRC-1 из лаборатории Балиги.
- Сеть регуляции генов Т-клеток из лаборатории Ротенберга.
- Сеть регуляции генов развития рыбок данио из лаборатории Yuh Lab.
- Морфогенез конечностей из лаборатории Вокса.
Функции
[ редактировать ]Вход
- Сети регуляции генов можно нарисовать вручную.
- Сети можно строить с использованием списков взаимодействий, вводимых через диалоговые окна.
- Списки взаимодействий можно вводить с помощью файлов, разделенных запятыми (CSV).
- Сети могут быть построены с использованием файлов SIF в качестве входных данных.
- BioTapestry может принимать определения сетей через структуру Gaggle.
Визуализация
- BioTapestry использует ортогонально направленные гиперссылки и иерархическое представление моделей.
Анализ
- BioTapestry может создавать файлы языка разметки системной биологии для подмножества сетей.
Документация
- На домашней странице BioTapestry есть ссылки на несколько руководств по использованию программного обеспечения.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Лонгабо У.Дж.Р., Дэвидсон Э.Х., Болури Х. (2005). «Вычислительное представление генетических регуляторных сетей развития». Дев. Биол . 283 (1): 1–16. дои : 10.1016/j.ydbio.2005.04.023 . ПМИД 15907831 .
- ^ Лонгабо У.Дж.Р., Дэвидсон Э.Х., Болури Х. (2009). «Визуализация, документирование, анализ и связь крупномасштабных сетей генной регуляции» . Биохим. Биофиз. Акта . 1789 (4): 363–74. дои : 10.1016/j.bbagrm.2008.07.014 . ПМЦ 2762351 . ПМИД 18757046 .