Риботипирование

Риботипирование — это молекулярный метод идентификации и характеристики бактерий, в котором используется информация филогенетического анализа на основе рРНК. ^{[ 1 ]} Это быстрый и специфичный метод, широко используемый в клинической диагностике и анализе микробных сообществ в продуктах питания, воде и напитках. ^{[ 1 ]}

У всех бактерий есть рибосомальные гены , но точная последовательность уникальна для каждого вида и служит генетическим отпечатком. Следовательно, секвенирование конкретного гена 16S и сравнение его с базой данных позволит идентифицировать конкретный вид. ^{[ 2 ]}

Техника

Риботипирование включает расщепление бактериальной геномной ДНК специфическими ферментами рестрикции . Каждый фермент рестрикции разрезает ДНК по определенной нуклеотидной последовательности, в результате чего образуются фрагменты разной длины. ^{[ 3 ]}

Эти фрагменты затем подвергаются электрофорезу в геле , где они разделяются по размеру: приложение электрического поля к гелю, в котором они суспендированы, вызывает движение фрагментов ДНК (все отрицательно заряженные из-за присутствия фосфатных групп) через матрицу к положительно заряженному концу поля. Маленькие фрагменты легче и быстрее перемещаются по матрице, достигая большего расстояния от исходного положения, чем более крупные фрагменты.

После разделения в матрице геля фрагменты ДНК перемещаются на нейлоновые мембраны и гибридизуются с меченым зондом 16S или 23S рРНК. Таким образом, визуализируются и могут быть проанализированы только фрагменты, кодирующие такую рРНК. ^{[ 4 ]} Затем образец оцифровывают и используют для определения происхождения ДНК путем сравнения с эталонными организмами в компьютерной базе данных. ^{[ 1 ]}

Концептуально риботипирование похоже на зондирование рестрикционных фрагментов хромосомной ДНК с помощью клонированных зондов (случайно клонированных зондов или зондов, полученных из специфической кодирующей последовательности, такой как последовательность фактора вирулентности ). ^{[ 5 ]}

См. также

Генотипирование

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Мэдиган, Майкл Т. (2012). Биология микроорганизмов . Пирсон. п. 491. ИСБН 978-0-321-73551-5 .
^ «Исследование микробного разнообразия: тогда и сейчас» . Learn.genetics.utah.edu . Проверено 15 марта 2016 г.
^ «Ферменты рестрикции | ASU - спросите биолога» . askabiological.asu.edu . Проверено 13 марта 2016 г.
^ «риботип» . Courses.cit.cornell.edu . Проверено 13 марта 2016 г.
^ Гримонт, Ф. и П.А. Гримонт. 1986. Паттерны рестрикции генов рибосомальной рибонуклеиновой кислоты как потенциальные таксономические инструменты. Энн. Инст. Пастер Микробиол. 137Б:165–175

Эта о генетике статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с Мэдиган, Майкл Т. (2012). Биология микроорганизмов . Пирсон. п. 491. ИСБН 978-0-321-73551-5 .

[2] «Исследование микробного разнообразия: тогда и сейчас» . Learn.genetics.utah.edu . Проверено 15 марта 2016 г.

[3] «Ферменты рестрикции | ASU - спросите биолога» . askabiological.asu.edu . Проверено 13 марта 2016 г.

[4] «риботип» . Courses.cit.cornell.edu . Проверено 13 марта 2016 г.

[5] Гримонт, Ф. и П.А. Гримонт. 1986. Паттерны рестрикции генов рибосомальной рибонуклеиновой кислоты как потенциальные таксономические инструменты. Энн. Инст. Пастер Микробиол. 137Б:165–175

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]