Метод покрытия диска
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
- Метод покрытия диска это мета-метод «разделяй и властвуй» для крупномасштабного филогенетического анализа, который, как было показано, улучшает производительность как эвристики для NP-сложных задач оптимизации, так и методов, основанных на полиномиальном времени и расстоянии. Методы покрытия диска являются метаметодами, поскольку они обладают гибкостью в нескольких областях, в зависимости от показателей производительности, которые оптимизируются для базового метода. Такими метриками могут быть требования к эффективности, точности или длине последовательности для статистических показателей. Было разработано несколько методов покрытия дисков, которые были применены к различным «базовым методам». Методы покрытия дисков использовались вместе с методами, основанными на расстоянии (например, объединением соседей ), для создания «методов быстрой сходимости». [1] [2] [3] Это методы, которые восстанавливают истинное дерево из последовательностей, имеющих не более полиномиального числа сайтов.
Метод покрытия диска состоит из четырех этапов:
- Разложение: вычислите разложение набора данных на перекрывающиеся подмножества.
- Решение: Постройте деревья на подмножествах, используя базовый метод.
- Слияние: используйте метод супердерева для объединения деревьев подмножеств в дерево полного набора данных.
- Уточнение: если дерево, полученное в результате слияния, не полностью разрешено, разрешите его далее в двоичное дерево, чтобы оно оптимизировало какой-то желаемый объективный критерий.
Основным применением любого метода покрытия диска является метод покрытия диска «Rec-I-DCM3», [4] который использовался для ускорения анализа максимального правдоподобия и максимальной экономии и доступен в рамках проекта CIPRES, финансируемого NSF (www.phylo.org). Однако методы покрытия диска также использовались для оценки эволюционных деревьев на основе данных о порядке генов. [5]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Д. Хьюсон, С. Неттлс и Т. Варноу . (1999). Покрытие диска - быстро сходящийся метод реконструкции филогенетического дерева. Журнал вычислительной биологии , 6:369-386.
- ^ Л. Наклех, У. Рошан, К. Сент-Джон, Дж. Сан и Т. Варнов . (2001). Разработка быстро сходящихся филогенетических методов. В Proc. 9-я Международная конференция. по интеллектуальным системам молекулярной биологии (ISMB '01) , том 17 журнала «Биоинформатика» , стр. S190-S198. Оксфордский университет. Пресс.
- ^ Т. Варноу , Б. Морет и К. Сент-Джон. (2001). Абсолютная сходимость: настоящие деревья из коротких последовательностей. В Proc. 12-я Энн. Симпозиум ACM-SIAM. Дискретные алгоритмы (SODA '01) , стр. 186–195. СИАМ Пресс, 2001.
- ^ У. Рошан, БМЕ Морет , Т. Варноу и Т. Л. Уильямс. (2004). Rec-I-DCM3: быстрый алгоритмический метод реконструкции больших филогенетических деревьев. В материалах конференции IEEE по биоинформатике вычислительных систем (CSB) , Стэнфорд, Калифорния, США.
- ^ * Дж. Тан и Б. Море. (2003). Увеличение точной филогенетической реконструкции на основе данных о порядке генов. В Proc. 11-я Международная конференция. «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» ISMB '03 , том 19 (Приложение 1) журнала «Биоинформатика» , стр. i305–i312.
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Т. Варнов . 2005. Масштабная филогенетическая реконструкция. Глава книги, в С. Алуру (редактор), Справочник по вычислительной биологии, Чепмен и Холл, Серия CRC по компьютерным и информационным наукам, декабрь 2005 г.
  | Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |