Polbase
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Комплексная база данных, охватывающая различные аспекты ДНК -полимеразы |
| Типы данных захвачен | Биология, биохимия и структура ДНК -полимеразы |
| Организмы | Список организмов Polbase |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Новая Англия Биолабс |
| Авторы | Брэд Лангхорст и Николь Николс |
| Первичная цитата | PMID 21993301 |
| Доступ | |
| Веб -сайт | Polbase |
Полбаза ( база данных ДНК -полимеразы ) является открытым хранилищем информации ДНК -полимеразы . [ 1 ] Polbase фиксирует информацию из опубликованного исследования по полимеразной активности и представляет ее в контексте с соответствующей работой. Polbase индексирует более 5000 ссылок [ 2 ] с 1950 -х годов до настоящего времени и включает в себя сотни полимераз и связанных с ними мутантов. Совместная модель Polbase позволяет исследователям полимеразы завершать, исправлять и проверять представление Polbase их работы.
Содержание
[ редактировать ]Полбаза содержит список известных полимераз, классифицированных по организму, семейству полимеразы и выбранным свойствам. Каждая индексированная полимераза имеет свою собственную страницу снимков, содержащую ссылки на всю свою информацию в базе данных. Все результаты в Polbase хранятся с соответствующими экспериментальными деталями, чтобы поместить их в контекст. Если информация о структуре доступна, полибаза связывается с записью банка данных белка полимеразы (PDB) . Вся информация, собранная в Polbase, связана с первоначальной публикацией, где сообщалось.
Функции
[ редактировать ]- Полимеразы семьи, организм и свойства [ 3 ]
- Поиск по автору, организм, название полимеразы, собственность и т. Д. [ 4 ]
- Просмотр по ссылке [ 5 ]
- Просмотр автора [ 6 ]
- Просмотр организмом [ 7 ]
Источники информации
[ редактировать ]Polbase привлекает информацию из различных источников, включая PubMed , PDB и непосредственно от исследователей полимеразы.
Взаимосвязи
[ редактировать ]Polbase связан с различными другими базами данных. К ним относятся:
- Банк данных белка
- Европейский институт биоинформатики
- Ресурсный портал биоинформатики Expasy
- Uniprot
- Бренда
- PubMed
- Различные научные журналы
История
[ редактировать ]Polbase начался в марте 2009 года с гранта от программы NIH SBIR [ 8 ] и впервые был представлен общественности на собрании ДНК и мутагенеза MIT [ 9 ] В марте 2010 года Polbase была представлена более крупной аудитории на конференции Evolving Polymerases 2010. [ 10 ] Polbase также был представлен в более технических деталях на конференции Rocky 2010 ISMB. [ 11 ] [ 12 ] Полбаза более подробно описана в вопросе базы данных нуклеиновых кислот 2012 года.
Polbase был построен в Brad Langhorst и Николь Николс и Николь Николс , с помощью основателей Линды Рха-Кранц, Билла Джека, Кэти Джойс, Стю Линн, Стефана Сарафинос, Сэма Уилсона и Роджера Вудгейта.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Langhorst, Bradley W.; Джек, Уильям Э.; Реха-Кранц, Линда; Николс, Николь М. (2011). «Полбаза: хранилище биохимической, генетической и структурной информации о ДНК -полимеразах» . Исследование нуклеиновых кислот . 40 (проблема базы данных): D381–7. doi : 10.1093/nar/gkr847 . PMC 3245023 . PMID 21993301 .
- ^ Список ссылок Polbase [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Полимеразы в полибазе [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Polbase Search [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Polbase ссылки [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Авторы в полибазе [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Список организма Polbase [ Постоянная мертвая ссылка ] [ Необходимый источник необходимы ]]
- ^ Nih sbir grant ## 1r44gm087021
- ^ Polbase at DRAM Archived 2012-03-28 в The Wayback Machine
- ^ Эволюционная конференция полимераз 2010 Архивирована 2012-03-28 на The Wayback Machine
- ^ Аннотация с конференций ISMB Rocky 2010
- ^ Расписание конференций Rocky 2010