Конвергенция гаплотипов

Конвергенция гаплотипов — это несвязанное появление идентичных гаплотипов в отдельных популяциях в результате конвергентной эволюции или случайного случая.

Описание

Конвергенция гаплотипов встречается редко из-за огромной вероятности того, что два неродственных человека независимо развивают одну и ту же генетическую последовательность в интересующем участке. Таким образом, гаплотипы являются общими в основном между очень близкородственными особями, поскольку генетическая информация у двух родственных особей будет гораздо более схожей, чем между неродственными особями. ^{[ 1 ]} Смещение замены еще больше увеличивает вероятность конвергенции гаплотипов, поскольку это увеличивает вероятность возникновения мутаций в одном и том же сайте. ^{[ 2 ]} Последовательности также могут отличаться от одной и той же исходной последовательности, а затем возвращаться обратно, сходясь таким образом. ^{[ 3 ]} Конвергенция посредством конвергентной эволюции в двух несвязанных группах встречается гораздо реже, поскольку производные черты могут возникать совершенно разными путями. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Ошибочное определение идентичности двух людей из-за конвергенции гаплотипов становится гораздо менее вероятным, когда тестируется больше генетических маркеров, поскольку для этого потребуется большее количество чрезвычайно редких совпадений. ^{[ 6 ]} Благодаря современным подходам высокопроизводительного секвенирования секвенирование большого набора маркеров или даже всего генома становится гораздо более осуществимым и значительно сводит к минимуму эти проблемы. ^{[ 7 ]}

Примеры

В некоторых регионах из-за низкого разнообразия гена Y-STR (часто используемого для изучения происхождения фамилий) конвергенция гаплотипов может сбить с толку анализ, в результате чего можно сделать вывод, что неродственные люди очень тесно связаны. ^{[ 8 ]}

Аналогичным образом, исследование гаплогрупп митохондриальной ДНК Нового Света показало, что сходство гаплотипов между коренными американцами и азиатами было результатом гипервариабельности региона HVSI в митохондриальной ДНК, а не общего происхождения. ^{[ 2 ]}

В качестве примера конвергенции гаплотипов из-за конвергентной эволюции в более отдаленных родственных группах трехиглая колюшка в условиях черной воды, аналогичная среде древнего синеперого киллиса и черного леща , независимо развила один и тот же гаплотип в гене SWS2, что способствует лучшему зрению в этих условиях. ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Бреннер, Чарльз Х. (1 января 2014 г.). «Понимание вероятности совпадения гаплотипа Y». Международная судебно-медицинская экспертиза: Генетика . 8 (1): 233–243. дои : 10.1016/j.fsigen.2013.10.007 . ПМИД 24315614 .
^ Jump up to: ^а ^б Малхи, Рипан С.; Эшлеман, Джейсон А.; Гринберг, Джонатан А.; Вайс, Дебора А.; Шук, Бет А. Шульц; Кестле, Фредерика А.; Лоренц, Джозеф Г.; Кемп, Брайан М.; Джонсон, Джон Р. (1 апреля 2002 г.). «Структура разнообразия гаплогрупп митохондриальной ДНК Нового Света: значение для предыстории Северной Америки» . Американский журнал генетики человека . 70 (4): 905–919. дои : 10.1086/339690 . ПМК 379119 . ПМИД 11845406 .
^ Кэрнс, Дж.; Фостер, Польша (август 1991 г.). «Адаптивная реверсия мутации сдвига рамки считывания в Escherichia Coli» . Генетика . 128 (4): 695–701. дои : 10.1093/генетика/128.4.695 . ISSN 0016-6731 . ПМК 1204544 . ПМИД 1916241 .
^ Бреннер, Чарльз Х. (2014). «Понимание вероятности совпадения гаплотипа Y». Международная судебно-медицинская экспертиза: Генетика . 8 (1): 233–243. дои : 10.1016/j.fsigen.2013.10.007 . ПМИД 24315614 .
^ Стерн, Дэвид Л. (2013). «Генетические причины конвергентной эволюции». Обзоры природы Генетика . 14 (11): 751–764. дои : 10.1038/nrg3483 . ISSN 1471-0064 . ПМИД 24105273 . S2CID 15282549 .
^ «Общие гаплотипы» . ancestry.com. 14 декабря 2006 года . Проверено 28 марта 2012 г. ^{[ нужен лучший источник ]}
^ Блэр, К.; Мерфи, RW (01 января 2011 г.). «Последние тенденции в молекулярно-филогенетическом анализе: куда дальше?». Журнал наследственности . 102 (1): 130–138. doi : 10.1093/jhered/esq092 . ISSN 0022-1503 . ПМИД 20696667 .
^ Соле-Мората, Неус; Вильяскуза, Патрисия; Гарсиа-Фернандес, Карла; Фонт-Портериас, Неус; Ильескас, Мария Хосе; Вальверде, Лаура; Тасси, Франческа; Гиротто, Сильвия; Ферек, Клод (04 августа 2017 г.). «Анализ гаплогруппы R1b-DF27 показывает, что большая часть линий иберийской Y-хромосомы возникла недавно in situ» . Научные отчеты . 7 (1): 7341. Бибкод : 2017НатСР...7.7341С . дои : 10.1038/s41598-017-07710-x . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 5544771 . ПМИД 28779148 .
^ Маркес, Дэвид А.; Тейлор, Джон С.; Джонс, Фелисити К.; Пальма, Федерика Ди; Кингсли, Дэвид М.; Раймхен, Томас Э. (11 апреля 2017 г.). «Конвергентная эволюция опсина SWS2 способствует адаптивному излучению трехиглой колюшки в различную световую среду» . ПЛОС Биология . 15 (4): e2001627. дои : 10.1371/journal.pbio.2001627 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 5388470 . ПМИД 28399148 .

[1] Бреннер, Чарльз Х. (1 января 2014 г.). «Понимание вероятности совпадения гаплотипа Y». Международная судебно-медицинская экспертиза: Генетика . 8 (1): 233–243. дои : 10.1016/j.fsigen.2013.10.007 . ПМИД 24315614 .

[:0-2] Jump up to: ^а ^б Малхи, Рипан С.; Эшлеман, Джейсон А.; Гринберг, Джонатан А.; Вайс, Дебора А.; Шук, Бет А. Шульц; Кестле, Фредерика А.; Лоренц, Джозеф Г.; Кемп, Брайан М.; Джонсон, Джон Р. (1 апреля 2002 г.). «Структура разнообразия гаплогрупп митохондриальной ДНК Нового Света: значение для предыстории Северной Америки» . Американский журнал генетики человека . 70 (4): 905–919. дои : 10.1086/339690 . ПМК 379119 . ПМИД 11845406 .

[3] Кэрнс, Дж.; Фостер, Польша (август 1991 г.). «Адаптивная реверсия мутации сдвига рамки считывания в Escherichia Coli» . Генетика . 128 (4): 695–701. дои : 10.1093/генетика/128.4.695 . ISSN 0016-6731 . ПМК 1204544 . ПМИД 1916241 .

[4] Бреннер, Чарльз Х. (2014). «Понимание вероятности совпадения гаплотипа Y». Международная судебно-медицинская экспертиза: Генетика . 8 (1): 233–243. дои : 10.1016/j.fsigen.2013.10.007 . ПМИД 24315614 .

[5] Стерн, Дэвид Л. (2013). «Генетические причины конвергентной эволюции». Обзоры природы Генетика . 14 (11): 751–764. дои : 10.1038/nrg3483 . ISSN 1471-0064 . ПМИД 24105273 . S2CID 15282549 .

[6] «Общие гаплотипы» . ancestry.com. 14 декабря 2006 года . Проверено 28 марта 2012 г. ^{[ нужен лучший источник ]}

[7] Блэр, К.; Мерфи, RW (01 января 2011 г.). «Последние тенденции в молекулярно-филогенетическом анализе: куда дальше?». Журнал наследственности . 102 (1): 130–138. doi : 10.1093/jhered/esq092 . ISSN 0022-1503 . ПМИД 20696667 .

[8] Соле-Мората, Неус; Вильяскуза, Патрисия; Гарсиа-Фернандес, Карла; Фонт-Портериас, Неус; Ильескас, Мария Хосе; Вальверде, Лаура; Тасси, Франческа; Гиротто, Сильвия; Ферек, Клод (04 августа 2017 г.). «Анализ гаплогруппы R1b-DF27 показывает, что большая часть линий иберийской Y-хромосомы возникла недавно in situ» . Научные отчеты . 7 (1): 7341. Бибкод : 2017НатСР...7.7341С . дои : 10.1038/s41598-017-07710-x . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 5544771 . ПМИД 28779148 .

[9] Маркес, Дэвид А.; Тейлор, Джон С.; Джонс, Фелисити К.; Пальма, Федерика Ди; Кингсли, Дэвид М.; Раймхен, Томас Э. (11 апреля 2017 г.). «Конвергентная эволюция опсина SWS2 способствует адаптивному излучению трехиглой колюшки в различную световую среду» . ПЛОС Биология . 15 (4): e2001627. дои : 10.1371/journal.pbio.2001627 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 5388470 . ПМИД 28399148 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]