Обобщенное выравнивание дерева
В вычислительной обобщенное филогенетике выравнивание деревьев — это проблема создания множественного выравнивания последовательностей и филогенетического дерева для набора последовательностей одновременно, а не по отдельности. [1]
Формально обобщенное выравнивание деревьев представляет собой следующую задачу оптимизации.
Ввод : набор и функция редактирования расстояния между последовательностями,
Результат : Дерево. лист с меткой и помечены последовательностями во внутренних узлах, так что минимизируется, где расстояние редактирования между конечными точками . [2]
Обратите внимание, что это отличается от выравнивания дерева , где дерево предоставляется в качестве входных данных.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Швиковский, Бенно; Вингрон, Мартин (1997). «Эвристика отложенного пути для обобщенной задачи выравнивания дерева». Журнал вычислительной биологии . 4 (3): 415–431. дои : 10.1089/cmb.1997.4.415 . ISSN 1066-5277 . ПМИД 9278068 .
- ^ Шринивас Алуру (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии . ЦРК Пресс. стр. 19–26. ISBN 978-1-4200-3627-5 .