Обобщенное выравнивание дерева

В вычислительной обобщенное филогенетике выравнивание деревьев — это проблема создания множественного выравнивания последовательностей и филогенетического дерева для набора последовательностей одновременно, а не по отдельности. ^[1]

Формально обобщенное выравнивание деревьев представляет собой следующую задачу оптимизации.

Ввод : набор $S$ и функция редактирования расстояния $d$ между последовательностями,

Результат : Дерево. $T$ лист с меткой $S$ и помечены последовательностями во внутренних узлах, так что $\Sigma _{e\in T}d(e)$ минимизируется, где $d(e)$ расстояние редактирования между конечными точками $e$ . ^[2]

Обратите внимание, что это отличается от выравнивания дерева , где дерево предоставляется в качестве входных данных.

Ссылки

^ Швиковский, Бенно; Вингрон, Мартин (1997). «Эвристика отложенного пути для обобщенной задачи выравнивания дерева». Журнал вычислительной биологии . 4 (3): 415–431. дои : 10.1089/cmb.1997.4.415 . ISSN 1066-5277 . ПМИД 9278068 .
^ Шринивас Алуру (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии . ЦРК Пресс. стр. 19–26. ISBN 978-1-4200-3627-5 .

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[SchwikowskiVingron1997-1] Швиковский, Бенно; Вингрон, Мартин (1997). «Эвристика отложенного пути для обобщенной задачи выравнивания дерева». Журнал вычислительной биологии . 4 (3): 415–431. дои : 10.1089/cmb.1997.4.415 . ISSN 1066-5277 . ПМИД 9278068 .

[Aluru2005-2] Шринивас Алуру (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии . ЦРК Пресс. стр. 19–26. ISBN 978-1-4200-3627-5 .

[1]

[2]