Шринивас Алуру

Шринивас Алуру
Гражданство	Американский
Альма-матер	Университет штата Айова
Награды	Премия Джона В. Атанасова за открытия (2017) Сотрудник IEEE (2010 г.) Сотрудник AAAS (2010 г.) Стипендия Сварнаджаянти (2007–2012 гг.) Золотое ядро ​​IEEE Computer Society Заслуженная служба компьютерного общества IEEE Карьера НФС (1997)
Научная карьера
Поля	Высокопроизводительные вычисления , наука о данных , биоинформатика , научные вычисления , строковые алгоритмы
Учреждения	Университет штата Айова Технологический институт Джорджии
Диссертация	Независимые от распределения иерархические методы N-тел
Докторантура	Джон Густафсон , генеральный менеджер Прабху

Шринивас Алуру — профессор Школы вычислительных наук и инженерии и Технологического института Джорджии соисполнительный директор Междисциплинарного научно-исследовательского института Технологического института Джорджии в области инженерии данных и науки. Его основными областями исследований являются высокопроизводительные вычисления, наука о данных, биоинформатика и системная биология, комбинаторные методы научных вычислений и строковые алгоритмы. Алуру является членом Американской ассоциации содействия развитию науки (AAAS) и Института инженеров по электротехнике и электронике (IEEE). Он наиболее известен своим исследовательским вкладом в параллельные алгоритмы и приложения, междисциплинарными исследованиями в области биоинформатики и вычислительной биологии , и особенно за пересечение этих двух областей.

Образование

Алуру получил степень бакалавра технических наук в области компьютерных наук в Индийском технологическом институте Мадраса в 1989 году. Затем он получил степень магистра и доктора философии. получил степени в области компьютерных наук в 1991 и 1994 годах в Университете штата Айова . Его докторская диссертация называлась «Независимые от распределения иерархические методы N-тел».

Карьера и исследования

Алуру начал свою карьеру в 1991 году в качестве научного сотрудника в лаборатории Эймса . После получения степени доктора философии он некоторое время работал в Сиракузском университете в качестве приглашенного доцента, а затем поступил на должность доцента на кафедру компьютерных наук в Университете штата Нью-Мексико . В 1999 году он вернулся в свою альма-матер, чтобы работать преподавателем на кафедре электротехники и вычислительной техники. В штате Айова он занимал кафедру Стэнли по междисциплинарной инженерии (2006–2009 гг.) и профессорскую должность Мела (2009–2013 гг.). Он возглавлял межфакультетскую программу биоинформатики (2005–2007 гг.) и был заместителем председателя по исследованиям и последипломному образованию в отделе ДОО (2003–2006 гг.). Он получил несколько университетских наград за исследования, в том числе награды в начале карьеры, в середине карьеры и за выдающиеся научные достижения, а также руководил исследованиями в области высокопроизводительных вычислений и биоинформатики. В 2013 году он перешёл в Школу вычислительных наук и инженерии Технологического института Джорджии .

Основное внимание Алуру сосредоточено на вкладе в параллельные алгоритмы и биоинформатику, особенно геномику . Он был пионером в разработке параллельных методов в вычислительной биологии, а также в разработке алгоритмов и программного обеспечения для высокопроизводительного анализа секвенирования ДНК и его приложений. В этом контексте некоторые работы его группы привели к разработке фундаментальных строковых алгоритмов, особенно для построения суффиксных массивов и алгоритмов приблизительного сопоставления последовательностей. Он также решил открытую проблему вычисления расстояния редактирования строк или выравнивания биологических последовательностей в оптимальное время и пространство. Он сотрудничал с учеными-специалистами в нескольких важных проектах, включая секвенирование генома кукурузы, поиск новых генов в кукурузе и раскрытие генетических механизмов, которые лежат в основе роста и реакции растений на засуху.

Один из первых пионеров в области больших данных, Алуру возглавил один из восьми первых средних проектов NSF-NIH по большим данным, получивших награду в первом раунде федеральных инвестиций в большие данные в 2012 году. Он участвовал в семинарах NITRD и OSTP в Белом доме, а также в NSF. и Министерство энергетики возглавило усилия по созданию и развитию исследований больших данных. Он руководил усилиями по созданию Южного регионального инновационного центра больших данных NSF. который способствует развитию партнерских отношений в области больших данных между организациями в 16 южных штатах США и Вашингтоне, округ Колумбия.

Награды

• Сотрудник Американской ассоциации содействия развитию науки
• Сотрудник Института инженеров по электротехнике и электронике (IEEE) и Компьютерного общества IEEE.

Избранные публикации

• Шнабле, Патрик С.; Уэр, Дорин; Фултон, Роберт С.; Штейн, Джошуа К.; Вэй, Фушенг; Пастернак, Ширан; Лян, Чэнчжи; Чжан, Цзяньвэй; Фултон, Люсинда (20 ноября 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика» . Наука . 326 (5956): 1112–1115. Бибкод : 2009Sci...326.1112S . дои : 10.1126/science.1178534 . ISSN   0036-8075 . ПМИД   19965430 . S2CID   21433160 .
• Ко, Панг; Алуру, Шринивас (25 июня 2003 г.). «Пространственно-эффективное построение суффиксных массивов за линейное время». Комбинаторное сопоставление с образцом . Конспекты лекций по информатике. Том. 2676. Шпрингер, Берлин, Гейдельберг. стр. 200–210. дои : 10.1007/3-540-44888-8_15 . ISBN  978-3540448884 .
• Хуан, Сяоцю; Ван, Цзяньминь; Алуру, Шринивас; Ян, Шиау-Пинг; Хиллер, ЛаДина (1 сентября 2003 г.). «PCAP: программа сборки всего генома» . Геномные исследования . 13 (9): 2164–2170. дои : 10.1101/гр.1390403 . ISSN   1088-9051 . ПМК   403719 . ПМИД   12952883 .
• Ким, Дон Гюэ; Сим, Чон Соп; Пак, Хиджин; Пак, Кунсу (25 июня 2003 г.). «Построение суффиксных массивов за линейное время». Комбинаторное сопоставление с образцом . Конспекты лекций по информатике. Том. 2676. Шпрингер, Берлин, Гейдельберг. стр. 186–199. CiteSeerX   10.1.1.458.3655 . дои : 10.1007/3-540-44888-8_14 . ISBN  978-3540448884 .
• Ю, Сяофэй; Ли, Лей; Золя, Ярослав; Алуру, Маниша; Йе, Хуасюнь; Фудри, Эндрю; Го, Хунцин; Андерсон, Сара; Алуру, Шринивас (1 февраля 2011 г.). «Транскрипционная сеть брассиностероидов, выявленная путем полногеномной идентификации генов-мишеней BESI у Arabidopsis thaliana». Заводской журнал . 65 (4): 634–646. дои : 10.1111/j.1365-313X.2010.04449.x . ISSN   1365-313X . ПМИД   21214652 .
• Алуру, Шринивас (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии . ЦРК Пресс. ISBN  9781420036275 .
• Ян, X.; Чокалингам, СП; Алуру, С. (1 января 2013 г.). «Обзор методов исправления ошибок для секвенирования следующего поколения» . Брифинги по биоинформатике . 14 (1): 56–66. дои : 10.1093/нагрудник/bbs015 . ISSN   1467-5463 . ПМИД   22492192 .
• Алуру, Шринивас (2005). «Экономичное построение суффиксных массивов с линейным временем» . Журнал дискретных алгоритмов . 3 (2–4): 143–156. дои : 10.1016/j.jda.2004.08.002 .
• Ян, X.; Дорман, Канзас; Алуру, С. (15 октября 2010 г.). «Рептилия: репрезентативная мозаика для исправления ошибок короткого чтения» . Биоинформатика . 26 (20): 2526–2533. doi : 10.1093/биоинформатика/btq468 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   20834037 .
• Отт, Майкл; Золя, Ярослав; Стаматакис, Александрос; Алуру, Шринивас (2007). «Крупномасштабный филогенетический анализ IBM Blue Gene /L на основе максимального правдоподобия». Материалы конференции ACM/IEEE 2007 г. по суперкомпьютерам - SC '07 . п. 1. дои : 10.1145/1362622.1362628 . ISBN  9781595937643 . S2CID   16113442 .
• Кальянараман, А. (1 июня 2003 г.). «Эффективная кластеризация больших наборов данных EST на параллельных компьютерах» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (11): 2963–2974. дои : 10.1093/нар/gkg379 . ISSN   0305-1048 . ПМК   156714 . ПМИД   12771222 .
• Райко, С.; Алуру, С. (декабрь 2004 г.). «Оптимальные в пространстве и времени выравнивания параллельных последовательностей» . Транзакции IEEE в параллельных и распределенных системах . 15 (12): 1070–1081. дои : 10.1109/TPDS.2004.86 . ISSN   1045-9219 . S2CID   1183248 .