Информативный сайт

Пример экономичного информативного сайта. Сайты 2 и 4 являются информативными, а сайты 1 и 3 представляют собой два типа неинформативных сайтов (инвариантный и одноэлементный соответственно). Участок 2 указывает на группировку видов A и C, а участок 4 указывает на группировку видов A и B. Поскольку эти два участка конфликтуют, другие анализы (например, метод максимального правдоподобия ). для определения филогенетического дерева этих четырех видов необходимы

В филогенетике критерием информативный сайт — термин, используемый, когда максимальная экономия является оптимальности построения филогенетического дерева . Это относится к характеристике, для которой количество эволюционных изменений состояний персонажа на этом участке зависит от топологии дерева. Характеристики могут принимать различные типы данных, включая морфологические (например, наличие крыльев, щупалец и т. д.) или молекулярную информацию, такую ​​​​как последовательности ДНК или белков .

Информационный сайт представляет собой позицию в соответствующем наборе выровненных последовательностей , в которой имеется по меньшей мере два различных состояния символа, и каждое из этих состояний встречается по меньшей мере в двух последовательностях. Другими словами, он не может быть ни полностью консервативным (т.е. неизменным) сайтом, ни (одноэлементным) сайтом с отличием только в одной последовательности (как это видно, например, в однонуклеотидных полиморфизмах и однонуклеотидных вариантах). . В обоих случаях количество изменений состояния персонажа одинаково независимо от топологии дерева и равно 0 и 1 соответственно.