БиоТкань
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
| Разработчик(и) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Стабильная версия | 1.0.0 / 27 июля 2012 г. |
| Операционная система | Любой ( на основе Java ) |
| Лицензия | LGPL |
| Веб-сайт | биоткань |
BioFabric — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для рисования графиков . [1] [2] [3] Он представляет графики в виде диаграммы узлов и связей, но в отличие от других инструментов рисования графиков, которые изображают узлы с помощью дискретных символов, он представляет узлы с помощью горизонтальных линий. [4] [5]
Обоснование
[ редактировать ]Традиционные методы визуализации сетей с узлами-связями ухудшаются с точки зрения разборчивости при работе с большими сетями из-за увеличения количества пересечений ребер, образующих то, что пренебрежительно называют «комками волос». [6] [7] BioFabric — один из множества альтернативных подходов, специально разработанных для решения проблемы масштабируемости. [6] решив сделать это, изображая узлы в виде линий на горизонтальной оси, по одному в строке; края в виде линий на вертикальной оси, по одной на столбец, заканчивающиеся в двух строках, связанных с узлами конечных точек. Таким образом, каждый узел и ребро имеют собственное измерение (в отличие от только ребер, где узлы являются безразмерными точками). BioFabric использует полученную таким образом дополнительную степень свободы для размещения концов входящих ребер в группы. Это размещение потенциально может нести семантическую информацию, тогда как в графике узловых связей размещение часто генерируется произвольно в рамках эстетических ограничений, например, во время принудительного рисования графа, и может привести к явно информативным артефактам.
Края рисуются (вертикально) более темным оттенком, чем (горизонтальные) узлы, что создает визуальное различие. Дополнительные ребра увеличивают ширину графа.
Оба конца ссылки представлены в виде квадрата, чтобы усилить описанный выше эффект даже в небольших масштабах. Ориентированные графы также содержат стрелки. [ нужна ссылка ]
Разработка
[ редактировать ]Первая версия, 1.0.0, была выпущена в июле 2012 года. Работа над BioFabric продолжается. Реализация R с открытым исходным кодом была выпущена в 2013 году, RBioFabric . [8] для использования с пакетом igraph, [9] и впоследствии описано в блоге проекта. [10]
Функции
[ редактировать ]Вход
- Сети можно импортировать, используя в качестве входных файлов файлы SIF.
Связанная работа
[ редактировать ]Blakley et al. [11] описали, как метод, используемый BioFabric, который они называют картографическим представлением , можно использовать для сравнения сетей A и B путем сопоставления ребер в ( A \ B ), ( A ∩ B ) и ( B \ A). ), метод, напоминающий диаграмму Венна . Росси и Маньяни [12] [13] разработали ранжированные социограммы , которые представляют собой презентацию, подобную BioFabric, где порядок узлов основан на метрике ранжирования. Этот подход придает семантическое значение длине краевых линий и может использоваться для визуализации ассортативности или диссортативности сети.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Лонгабо, Уильям (2012), «Расчесывание шерсти с помощью BioFabric: новый подход к визуализации больших сетей», BMC Bioinformatics , 13 : 275, doi : 10.1186/1471-2105-13-275 , PMC 3574047 , PMID 23102059 .
- ^ Эндрюс, Кристофер (15 апреля 2014 г.). «Колледж Миддлбери CS465, весна 2014 г., Лекция 18: Иерархии, графики и сети (о боже) часть вторая» (PDF) . Проверено 7 января 2016 г.
- ^ Кирк, Энди (19 февраля 2013 г.). «Лучшее в Интернете по визуализации… Январь 2013 г. — Визуализация данных» . Архивировано из оригинала 11 февраля 2015 г. Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Ильинский, Ной (2013). «Примеры более глубокой визуализации» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 11 февраля 2015 г. Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Джеффрис, Таня (6 февраля 2013 г.). «БиоТкань: вычесываем складки из комков шерсти!» . Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б Крживинский, М.; Бироль, И.; Джонс, С.Дж.; Марра, Массачусетс (2011). «Улейные графики — рациональный подход к визуализации сетей» . Брифинги по биоинформатике . 13 (5): 627–644. дои : 10.1093/нагрудник/bbr069 . ISSN 1467-5463 . ПМИД 22155641 .
- ^ Косара, Роберт (01 февраля 2012 г.). «Графики за пределами волосяного комка» . Проверено 10 февраля 2015 г.
- ^ Лонгабо, Уильям (1 июля 2013 г.). «GitHub: wjrl/RBioFabric» . Гитхаб . Проверено 07 марта 2015 г.
- ^ Основная команда igraph. «пакет igraph R» . Проверено 07 марта 2015 г.
Установите и начните использовать пакет igraph R.
- ^ Лонгабо, Уильям (1 июля 2013 г.). «Расчесываем комок шерсти: июль 2013» . Проверено 07 марта 2015 г.
Комментарий о BioFabric (www.BioFabric.org), новом способе визуализации сетей.
- ^ Блейкли, Боб; Блейкли, Греция; Блейкли, Шон М. (3 марта 2014 г.). «Как рисовать графики: просмотр и перепроектирование больших сетей в области безопасности и биологии» . arXiv : 1405.5523 [ cs.HC ].
- ^ Росси, Лука; Маньяни, Маттео (2015), «На пути к эффективной визуальной аналитике в мультиплексных и многослойных сетях», Chaos, Solitons & Fractals , 72 : 68–76, arXiv : 1501.01666 , Bibcode : 2015CSF....72...68R , doi : 10.1016/j.chaos.2014.12.022 , S2CID 7102328 .
- ^ Росси, Лука; Маньяни, Маттео (7 января 2015 г.). «На пути к эффективной визуальной аналитике в мультиплексных и многоуровневых сетях». arXiv : 1501.01666 [ cs.SI ].