Сопоставление удаления

В генетике и особенно в инженерии генной делеционное картирование — это метод, используемый для обнаружения мест мутации внутри гена .

Принцип делеционного картирования предполагает скрещивание штамма, имеющего точечную мутацию в гене, с несколькими штаммами, каждый из которых несет делецию в разных участках того же гена. Везде, где происходит рекомбинация между двумя штаммами с образованием гена дикого типа (+) (независимо от частоты), точечная мутация не может находиться в области делеции. Если рекомбинация не может дать генов дикого типа, то разумно заключить, что точечная мутация и делеция обнаруживаются на одном и том же участке ДНК .

Этот пример должен продемонстрировать, как работает этот принцип:

Предположим, у вас есть ген X , который в форме дикого типа (+) можно отобразить линейно следующим образом:

5'------------------------------------------------ -------------------------------------------------- -----------------3' ген X, +

Предположим, что штамм организмов имеет точечную мутацию в гене (теперь называемом геном X – чтобы обозначить, что он больше не является диким типом):

5'------------------------------------------------ ----Х--------------------------------------------- -----------------3' ген X, –

Теперь предположим, что у вас есть два штамма организмов, каждый из которых имеет делеции гена X в разных сайтах, называемых del-1 и del-2 соответственно (пунктирная линия указывает сайт делеции):

5'--------------------(............................ ... ...........)-------------------------- -- ---------------3' от-1

5'------------------------------------------------ ------------(................................... ....)---------3' дель-2

Поскольку точечная мутация находится в пределах делеции del-1, между точечным мутантом и мутантом del-1 не будет рекомбинантов дикого типа (+). Однако при скрещивании точечного мутанта и мутанта del-2 может быть успешно получен рекомбинант дикого типа (+).

При генетической рекомбинации, если мутантный аллель у донора находится в пределах последовательности, соответствующей участку, удаленному у реципиента, то (+) рекомбинантов получить не удастся (как при скрещивании с del-1). Чтобы восстановить делецию путем рекомбинации, донор должен иметь последовательность ДНК дикого типа в области, соответствующей ДНК, удаленной у реципиента (как при скрещивании с del-2). Другими словами, существует реальная возможность рекомбинации между точечным мутантом и del-2, при которой может быть получен участок ДНК, не содержащий ни точечной мутации, ни делеции, что указывает на то, что мутации в этих двух штаммах не могут быть в тот же регион.

Обратите внимание, что не все кроссинговеры между точечным мутантом и del-2 дают (+) рекомбинанты; в этом случае только те события кроссовера, которые происходят между точечным мутантом и 5'-концом делеции, будут наследовать последовательность дикого типа.