3D-Jury

Скриншот метасервера прогнозирования структуры, 3D-Jury, веб-интерфейса Wayback Machine

3D-Jury — это метасервер , который объединяет и сравнивает модели с различных серверов прогнозирования структуры белков .

Алгоритм 3D-Jury собирает группы прогнозов, сделанных набором серверов, и присваивает каждой паре оценку 3D-Jury на основе структурного сходства. Чтобы повысить точность окончательной модели, пользователи могут выбирать серверы прогнозирования, с которых будут агрегироваться результаты. Авторы 3D-Jury разработали систему как метапредиктор, поскольку более ранние результаты пришли к выводу, что средняя конформация белка с низкой энергией (путем агрегации) лучше соответствует истинной конформации, чем просто конформация белка с самой низкой энергией.

Сервер автоматического прогнозирования структуры белков Robetta включает в свой конвейер прогнозирования 3D-Jury.

По состоянию на январь 2024 года ссылки на 3D-Жюри, первоначально размещенные на сайте Института «БиоИнфоБанк», больше не действительны.

Алгоритм

Сначала проводятся попарные сравнения между каждой комбинацией моделей, созданных на основе выбранных серверов прогнозирования белков. Затем каждое сравнение оценивается с помощью инструмента MaxSub. Оценка, $sim(M_{a,b},M_{i,j})$, генерируется путем подсчета количества атомов Cα _после в двух предсказаниях в пределах 3,5 Å друг от друга суперпозиции .

Чтобы получить примерно 90% вероятность того, что две модели относятся к одинаковому классу складки, авторы установили порог 40 в качестве минимально возможного балла для пары моделей, которые будут помечены как «похожие». Авторы, по общему признанию, выбрали этот порог на основе неопубликованных работ.

3D-Жюри выставляет две оценки: оценка за лучший режим модели с использованием одной модели с каждого сервера ( $3D-Jury-single(M_{a,b})$) и оценку режима всех моделей, в которой учитываются все модели с каждого сервера ( $3D-Jury-all(M_{a,b})$).

Оценка режима лучшей модели с использованием одной модели на сервер, $3D-Jury-single(M_{a,b})$, рассчитывается как,

$3D-Jury-single(M_{a,b})={\frac {\sum _{i}^{N}\max _{j,a\neq i{\mbox{ OR }}b\neq j}^{N_{i}}(sim(M_{a,b},M_{i,j}))}{1+N}}$

где $N$ количество серверов и $N_{i}$ количество моделей с самым высоким рейтингом (максимум 10) с сервера $i$, а между моделями рассчитывается показатель попарного сходства $M_{a,b}$ (модель $b$ с сервера $a$) и $M_{i,j}$ (модель $j$ с сервера $i$).

Хотя оценка в режиме всех моделей учитывает все модели с серверов, $3D-Jury-all(M_{a,b})$, рассчитывается как,

$3D-Jury-all(M_{a,b})={\frac {\sum _{i}^{N}\sum _{j,a\neq i{\mbox{ OR }}b\neq j}^{N_{i}}sim(M_{a,b},M_{i,j})}{1+\sum _{i}^{N}N_{i}}}$

с использованием переменных, аналогичных указанным в показателе наилучшей модели.

Обратите внимание, что эти оценки метапредсказателей не учитывают оценки достоверности каждой модели с других серверов.

Внешние ссылки

• Веб-интерфейс BioInfoBank Meta Server 3D-Жюри