Подразумеваемый вес
Подразумеваемое взвешивание описывает группу методов, используемых в филогенетическом анализе для присвоения наибольшей важности признакам, которые с наибольшей вероятностью будут гомологичными . Это апостериорные методы, которые включают также динамическое взвешивание, в отличие от априорных методов, которые включают адаптивные, независимые и химические категории (см. «Взвешивание» на веб-сайте Американского музея естественной истории).
Первую попытку реализовать такую технику предпринял Фаррис (1969). [ 1 ] который он назвал взвешиванием последовательных приближений, при котором дерево строилось с равными весами, а символы, которые появлялись как гомоплазии на этом дереве, были понижены в весе на основе CI ( индекс согласованности ) или RCI (перемасштабированный индекс согласованности), которые являются мерами гомологии. Анализ был повторен с этими новыми весами, и символы снова были взвешены; последующая итерация продолжалась до достижения стабильного состояния. Фаррис предположил, что каждый символ можно рассматривать независимо с учетом веса, подразумеваемого частотой изменений. Однако итоговое дерево сильно зависело от стартового веса и критериев финиша. [ 2 ]
Наиболее широко используемый и реализованный метод, называемый подразумеваемым взвешиванием, следует из Goloboff (1993). [ 2 ] Когда персонаж впервые меняет состояние на дереве, этому изменению состояния присваивается вес «1»; последующие изменения менее «дорогие» и им придается меньший вес, поскольку склонность персонажей к гомоплазии становится более очевидной. Деревья, которые максимизируют вогнутую функцию гомоплазии, разрешают конфликт символов в пользу символов, которые имеют больше гомологии (меньше гомоплазии), и подразумевают, что средний вес символов как можно выше.
Голобофф признает, что деревья с самым большим средним весом оказывают наибольшее «уважение» к данным: низкий средний вес означает, что большинство символов «игнорируется» алгоритмами построения дерева. [ 2 ]
Хотя первоначально Голобов предлагал строгий весовой коэффициент k=3, теперь он предпочитает более «мягкие» вогнутости (например, k = 12), [ 3 ] которые оказались более эффективными в смоделированных и реальных случаях. [ 4 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Фаррис, Джеймс С. (декабрь 1969 г.). «Подход последовательных приближений к взвешиванию символов». Систематическая зоология . 18 (4): 374–385. дои : 10.2307/2412182 . JSTOR 2412182 .
- ^ Перейти обратно: а б с Голобов, Пабло А. (март 1993 г.). «Оценка веса символов во время поиска в дереве» . Кладистика . 9 (1): 83–91. дои : 10.1111/j.1096-0031.1993.tb00209.x . ПМИД 34929936 . S2CID 84231334 .
- ^ Голобов, Пабло А.; Торрес, Амбросио; Ариас, Дж. Сальвадор (август 2018 г.). «Взвешенная экономность превосходит другие методы филогенетического вывода в моделях, подходящих для морфологии» . Кладистика . 34 (4): 407–437. дои : 10.1111/cla.12205 . hdl : 11336/57822 . PMID 34649370 .
- ^ Смит, Мартин Р. (февраль 2019 г.). «Байесовский подход и подходы экономии восстанавливают информативные деревья на основе смоделированных наборов морфологических данных» . Письма по биологии . 15 (2): 20180632. doi : 10.1098/rsbl.2018.0632 . ПМК 6405459 . ПМИД 30958126 .