ОМПдб
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | β-бочонка . Белки внешней мембраны |
| Организмы | Грамотрицательные бактерии |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Афинский университет |
| Лаборатория | Кафедра клеточной биологии и биофизики |
| Авторы | Константинос Д. Циригос, Пантелис Г. Багос и Ставрос Дж. Хамодракас |
| Первичное цитирование | Циригос и др. (2011) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.ompdb.org |
OMPdb — это специализированная база данных, содержащая бета-бочонка белки внешней мембраны (β-бочонка) грамотрицательных бактерий . [ 1 ] Такие белки отвечают за широкий спектр важных функций, таких как пассивное поглощение питательных веществ, активный транспорт крупных молекул, секреция белка , а также адгезия к клеткам-хозяевам , посредством чего бактерии проявляют свою вирулентную активность.
Их биологическое значение вместе с неадекватными аннотациями и классификациями, обнаруженными в общедоступных базах данных, требует интенсивных исследований и точного сбора данных о белках β-бочонка.
Информация, включенная в OMPdb, состоит из данных о последовательностях , а также аннотаций структурных характеристик (таких как трансмембранные сегменты ), ссылок на литературу и ссылок на другие общедоступные базы данных, а также особенностей, которые являются уникальными во всем мире. Список записей белков с решенной 3D-структурой также можно найти на каждой странице записи семейства, если это применимо.
Наряду с базой данных представлена коллекция профильных скрытых марковских моделей , происходящая в основном из PFAM. [ 2 ] Также была составлена база данных, которые, как было показано, характерны для белков внешней мембраны β-бочонка. Этот набор при использовании в сочетании с недавно представленным PRED-TMBB2 [ 3 ] Алгоритм будет служить мощным инструментом с точки зрения распознавания и классификации новых белков β-бочонка, а также анализа целого протеома.
Веб-интерфейс OMPdb предлагает пользователю возможность не только просматривать доступные данные, но также отправлять расширенные запросы для текстового поиска в записях базы данных о белках или выполнять поиск белков и доменов. Самую последнюю версию базы данных можно загрузить в различных форматах (обычный текст, формат XML или необработанные последовательности FASTA ).
На странице загрузки пользователь может загрузить полный набор данных по β-бочковым белкам, который составляется с учетом регулярных обновлений PDBTM . [ 4 ] база данных, OPM [ 5 ] база данных и список. Архивировано 25 декабря 2013 г. в Wayback Machine мембранных белков известной 3D-структуры из Стивена Уайта лаборатории в Калифорнийском университете в Ирвайне .
В течение 11–12 августа 2014 года OMPdb принял участие в семинаре по биоинформатике белков и общественных ресурсах в конференц-центре Wellcome Trust , собрав вместе ведущих исследователей нескольких специализированных белковых ресурсов, а также исследователей баз данных белков из крупных центров биоинформатики. В ходе этой встречи были обсуждены некоторые общие ключевые проблемы, связанные с созданием и поддержанием таких ресурсов, а также различные подходы к их решению. [ 6 ] Важным результатом стало создание Сети специализированных белковых ресурсов, целью которой является улучшение координации деятельности входящих в нее ресурсов. [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Циригос, Константинос Д; Багос Пантелис Г; Хамодракас Ставрос Дж. (январь 2011 г.). «OMPdb: база данных белков внешней мембраны {бета}-цилиндров грамотрицательных бактерий» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D324-31. дои : 10.1093/nar/gkq863 . ПМК 3013764 . ПМИД 20952406 .
- ^ Финн, Роберт Д.; Коггилл, Пенелопа; Эберхардт, Рут Ю.; Эдди, Шон Р.; Мистри, Джайна; Митчелл, Алекс Л.; Поттер, Саймон С.; Пунта, Марко; Куреши, Матлуб (04 января 2016 г.). «База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д279–285. дои : 10.1093/нар/gkv1344 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4702930 . ПМИД 26673716 .
- ^ Циригос, Константинос Д.; Элофссон, Арне; Багос, Пантелис Г. (01 сентября 2016 г.). «PRED-TMBB2: улучшенное прогнозирование топологии и обнаружение белков внешней мембраны бета-цилиндра» . Биоинформатика . 32 (17): i665–i671. doi : 10.1093/биоинформатика/btw444 . ISSN 1367-4811 . ПМИД 27587687 .
- ^ Козьма, Даниэль; Саймон, Иштван; Туснади, Габор Э. (1 января 2013 г.). «PDBTM: Банк данных трансмембранных белков через 8 лет» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D524–529. дои : 10.1093/nar/gks1169 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 3531219 . ПМИД 23203988 .
- ^ Ломизе, Михаил А.; Погожева Ирина Д.; Джу, Хён; Мосберг, Генрих И.; Ломизе, Андрей Л. (1 января 2012 г.). «База данных OPM и веб-сервер PPM: ресурсы для позиционирования белков в мембранах» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D370–376. дои : 10.1093/nar/gkr703 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245162 . ПМИД 21890895 .
- ^ Холлидей, Джемма Л.; Байрох, Амос; Багос, Пантелис Г.; Шатонне, Арно; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Анрисса, Бернар; Ландсман, Дэвид; Мэннинг, Джерард (01 июня 2015 г.). «Ключевые задачи создания и поддержания специализированных белковых ресурсов» . Белки . 83 (6): 1005–1013. дои : 10.1002/прот.24803 . ISSN 1097-0134 . ПМК 4446195 . ПМИД 25820941 .
- ^ Бэббит, Патрисия К.; Багос, Пантелис Г.; Байрох, Амос; Бейтман, Алекс; Шатонне, Арно; Чен, Марк Цзинань; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Глориам, Дэвид (01 января 2015 г.). «Создание специализированной сети ресурсов по белкам: отчет о встрече для семинара по биоинформатике белков и общественных ресурсов» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2015 : bav063. дои : 10.1093/база данных/bav063 . ISSN 1758-0463 . ПМК 4499208 . ПМИД 26284514 .
