ИБИС (сервер)

IBIS (сервер) (Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия) — это сервер, разработанный в Национальных институтах здравоохранения. Он сообщает, прогнозирует и объединяет несколько типов консервативных взаимодействий белков.

Философия

Знание белковых структур может облегчить и улучшить аннотацию функции белка и характеристику партнеров по связыванию белков и сайтов связывания. База данных и сервер IBIS ( Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия , www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi ) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Разработанный в NCBI, Национальных институтах здравоохранения , сообщает, прогнозирует и объединяет несколько типов консервативных взаимодействий белков. Он предоставляет инструменты для анализа биомолекулярных взаимодействий, наблюдаемых в данной структуре белка, а также сложного набора взаимодействий, выведенных из его близких гомологов . IBIS идентифицирует и прогнозирует партнеров по взаимодействию белков вместе с расположением соответствующих сайтов связывания в запросе белка. Он обеспечивает аннотации сайтов связывания для взаимодействий белок-белок, белок-малая молекула, белок-нуклеиновая кислота, белок-пептид и белок-ион.

IBIS также позволяет картировать сеть биомолекулярных взаимодействий для любого данного организма. Человеческий интерактом, полученный из структурных комплексов, доступен по адресу ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/humanIntNw/ .

Чтобы сосредоточиться на биологически значимых сайтах связывания , IBIS группирует сходные сайты связывания, обнаруженные в гомологичных белках, на основе сохранения последовательности и структуры этих сайтов. Сайты связывания, которые кажутся эволюционно консервативными среди неизбыточных наборов гомологичных белков, имеют более высокий приоритет. После кластеризации сайтов связывания матрицы оценок для конкретной позиции на основе соответствующих выравниваний сайтов связывания строятся (PSSM). Вместе с другими показателями PSSM впоследствии используются для ранжирования сайтов связывания, чтобы оценить, насколько хорошо они соответствуют запросу, и для оценки биологической значимости сайтов связывания по отношению к запросу.

Ссылки

^ Шумейкер, бакалавр искусств; Чжан, Д; Тангуду, РР; Тьяги, М; Фонг, Дж. Х.; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, Ш.; Мадей, Т; Панченко А.Р. (2010). «Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия - веб-сервер для анализа и прогнозирования партнеров по взаимодействию белков и сайтов связывания» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D518–24. дои : 10.1093/нар/gkp842 . ПМЦ 2808861 . ПМИД 19843613 .
^ Шумейкер, бакалавр искусств; Чжан, Д; Тьяги, М; Тангуду, РР; Фонг, Дж. Х.; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, Ш.; Мадей, Т; Панченко А.Р. (2012). «IBIS (Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия) сообщает, прогнозирует и интегрирует множество типов консервативных взаимодействий белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D834–40. дои : 10.1093/nar/gkr997 . ПМЦ 3245142 . ПМИД 22102591 .

[1] Шумейкер, бакалавр искусств; Чжан, Д; Тангуду, РР; Тьяги, М; Фонг, Дж. Х.; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, Ш.; Мадей, Т; Панченко А.Р. (2010). «Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия - веб-сервер для анализа и прогнозирования партнеров по взаимодействию белков и сайтов связывания» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D518–24. дои : 10.1093/нар/gkp842 . ПМЦ 2808861 . ПМИД 19843613 .

[2] Шумейкер, бакалавр искусств; Чжан, Д; Тьяги, М; Тангуду, РР; Фонг, Дж. Х.; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, Ш.; Мадей, Т; Панченко А.Р. (2012). «IBIS (Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия) сообщает, прогнозирует и интегрирует множество типов консервативных взаимодействий белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных): D834–40. дои : 10.1093/nar/gkr997 . ПМЦ 3245142 . ПМИД 22102591 .

[ 1 ]

[ 2 ]