Александр Ф. Шир
Александр Ф. Шир | |
|---|---|
 Александр Ф. Шир (2017) | |
| Рожденный | 1964 |
| Гражданство | Швейцария , США |
| Альма-матер | Базельский университет (1988) |
| Известный | Исследования с рыбками данио ( Danio rerio ) Эмбриогенез Спать |
| Награды | Макнайт, стипендиат нейробиологии (1999–2002 гг.) Стипендиат Ирмы Т. Хиршль (2001–2005 гг.) Премия Макнайта в области нейробиологии заболеваний головного мозга (2006–2008 гг.) Премия Эверетта Мендельсона за выдающиеся достижения в области наставничества (2014 г.) Премия NIH MERIT (2016) Премия НИЗ «Пионер» (2017) Выборы в ЕМБО (2018) Научный прорыв года (2018) [ 1 ] Продвинутый грант ERC (2020) Премия Джорджа Штрайзингера Международного общества рыбок данио (2020) Выборы в Национальную академию наук (2020 г.) Выборы в Европейскую академию (2020 г.) Член AAAS , Американская ассоциация содействия развитию науки (2021 г.) [ 2 ] |
| Научная карьера | |
| Поля | Клеточная биология Разработка Генетика Нейробиология Поведение |
| Учреждения | Биоцентрум Базельского университета (Швейцария) Массачусетская больница общего профиля, Бостон (США) Институт Скирболла, Медицинский факультет Нью-Йоркского университета (США) Кафедра молекулярной и клеточной биологии Гарвардского университета (США) |
| Докторантура | Уолтер Дж. Геринг |
| Другие научные консультанты | Вольфганг Дривер |
Александр Ф. Шир (род. 1964) — профессор клеточной биологии и директор Биоцентра Университета Базеля , Швейцария. [ 3 ]
Шир получил степень бакалавра клеточной биологии в 1988 году в Биоцентре , Базельского университета Швейцария, а затем степень доктора философии по клеточной биологии в 1992 году под руководством Уолтера Дж. Геринга , также из Базельского университета, Швейцария. Он проводил постдокторские исследования в лаборатории Вольфганга Дривера в Массачусетской больнице общего профиля и Гарвардском университете в Бостоне, США. В 1996 году Шир был принят на работу доцентом программы генетики развития в Институт Скирболла и на кафедру клеточной биологии Медицинской школы Нью-Йоркского университета.
С 2005 по 2019 год он был профессором кафедры молекулярной и клеточной биологии Гарвардского университета, факультета искусств и наук. В 2013 году он стал профессором наук о жизни Лео Эриксона. Он возглавлял отдел молекулярной и клеточной биологии с 2014 по 2017 год. С 2017 года Шир является директором Центра отслеживания клеточных линий Аллена. В 2018 году Шир стал директором Биоцентра Базельского университета, а также профессором клеточной биологии.
Исследовать
[ редактировать ]Шир получил международное признание за свою новаторскую работу по развитию позвоночных с использованием рыбок данио ( Danio rerio ) в качестве модельного организма. Во время своей постдокторской работы Шир и его коллеги провели один из первых крупномасштабных генетических скринингов позвоночных. [ 4 ] [ 5 ]
В своей лаборатории Шир внес фундаментальный вклад в понимание молекулярных основ эмбриогенеза позвоночных , включая передачу сигналов , [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] определение судьбы клеток , [ 7 ] [ 8 ] [ 14 ] [ 15 ] движение клеток , [ 12 ] материнско -зиготический переход , [ 16 ] [ 17 ] микроРНК , [ 10 ] [ 16 ] [ 18 ] хроматин [ 19 ] и некодирующие РНК . [ 20 ] Недавний интерес Шира к поведению сделал рыбок данио моделью сна. [ 21 ] [ 22 ] и поведенческий [ 23 ] исследования определили нейронные цепи, лежащие в основе сна [ 21 ] идентифицированы низкомолекулярные регуляторы сна [ 22 ] и изучили роль генов, связанных с шизофренией, REF Thyme Cell 2019.
Он внес вклад в разработку рыбок данио как модельной системы, включая позиционное клонирование, [ 6 ] замена зародышевой линии для создания мутантов с материнским эффектом, [ 24 ] фотообесцвечивание и конвертация фотографий, [ 11 ] Мозговая визуализация, [ 15 ] атлас активности мозга, [ 25 ] профилирование малых молекул, [ 22 ] транскриптомика [ 20 ] [ 26 ] и эпигеномика, [ 19 ] генная аннотация, [ 12 ] [ 20 ] [ 27 ] [ 28 ] CRISPR/ Cas9 , редактирование генома [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] отслеживание происхождения путем редактирования геномного штрих-кода [ 32 ] и реконструкция траекторий развития с помощью секвенирования одноклеточной РНК. [ 33 ]
Наставничество
[ редактировать ]Шир также известен тем, что у него необычайно высокий уровень трудоустройства стажеров на академические должности. Предыдущие подопечные занимали должности PI в Йельском университете, Принстоне, Калифорнийском технологическом институте, Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе, Университете Торонто, Массачусетском университете в Амхерсте, Медицинской школе Нью-Йоркского университета, Университетском колледже Лондона, MPI Дрездена, Токийском университете, UCSD, Университете Калгари, MPI Тюбингена, IMP Вена, Университет Юты, Кембриджский университет и НИЗ. Ключом к его философии наставничества являются пять вопросов, которые он разработал для обострения мыслей своих подопечных: [ 34 ]
- Вы работаете над важной проблемой?
- Работаете ли вы с устойчивой концентрацией?
- Есть ли у вас чувство срочности?
- Умеете ли вы устранять неполадки?
- Есть ли у вас инстинкт убийцы, чтобы провести ключевые эксперименты, результатом которых станет последовательное, убедительное и готовое к публикации исследование?
Награды
[ редактировать ]- 1999–2002 Стипендиат Макнайта в области нейробиологии.
- 2001-2005 Стипендиат Ирмы Т. Хиршль
- 2002–2005 гг. — научный сотрудник Американской кардиологической ассоциации.
- 2006 Премия Харланда Уинфилда Моссмана для биологов развития Американской ассоциации ученых. анатомов
- 2006–2008 Премия Макнайта в области неврологии заболеваний головного мозга
- Премия Эверетта Мендельсона за выдающиеся достижения в области наставничества, 2014 г., от Совета аспирантов Гарварда
- Премия NIH MERIT 2016 г.
- Премия Бьоркмана-Стромингера-Уайли 2016 г. за сотрудничество (совместно с Флорианом Энгертом)
- Премия пионера НИЗ 2017 г.
- Выборы 2018 г. в EMBO
- Наука 2018 «Прорыв 2018 года»
- Расширенный грант ERC 2020
- Премия Джорджа Штрайзингера 2020 года Международного общества рыб данио
- Выборы в Национальную академию наук 2020 г.
- Выборы в Европейскую Академию 2020 г.
- Член Американской ассоциации развития науки 2021 г.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Научный прорыв года (2018) harvard.edu Проверено 12 декабря 2019 г.
- ^ Стипендиаты AAAS 2021 г. aaas.org Проверено 26 января 2022 г.
- ^ Алекс Шир назначен новым директором Biozentrum unibas.ch Проверено 12 декабря 2019 г.
- ^ Шир, А.Ф., Нойхаусс, СКФ, Харви, М., Малицкий, Дж., Солница-Крезель, Л., Стейнир, ДИР, Цварткруис, Ф., Абделила, С., Стемпл, Д.Л., Ранджини, З., Ян , Х. и Дривер, В. (1996). Мутации, влияющие на развитие эмбрионального мозга рыбок данио. Развитие 123, 165 – 178
- ^ Шир, А.Ф., Нойхаусс, СК, Хельде, К.А., Талбот, В.С., и Дривер, В. (1997). Ген одноглазой булавочной головки участвует в формировании мезодермы и энтодермы у рыбок данио и не взаимодействует с хвостом. Развитие , 124(2), 327–342.
- ^ Jump up to: а б Чжан Дж., Талбот В.С. и Шир А.Ф. (1998). Позиционное клонирование идентифицирует одноглазую булавочную головку рыбок данио как пермиссивный EGF-связанный лиганд, необходимый во время гаструляции. Ячейка 92, 241-251.
- ^ Jump up to: а б Грицман К., Чжан Дж., Ченг С., Хекшер Э., Талбот В.С. и Шир А.Ф. (1999). Одноглазая булавочная головка белка EGF-CFC необходима для узловой передачи сигналов. Ячейка 97, 121-132.
- ^ Jump up to: а б Чен Ю. и Шир А.Ф. (2001). Узловое сигнальное косоглазие рыб данио функционирует как морфоген. Природа 411, 607-610.
- ^ Цируна, Б., Дженни, А., Ли, Д., Млодзик, М. и Шир, А.Ф. (2006). Передача сигналов планарной полярности клеток связывает деление клеток и морфогенез во время нейруляции. Природа 439, 220–224.
- ^ Jump up to: а б Чой, В.-Ю., Хиральдез, А.Дж. и Шир, А.Ф. (2007). Target Protectors обнаруживают подавление и балансировку агониста и антагониста Nodal с помощью миР-430. Наука 318, 271–274.
- ^ Jump up to: а б Мюллер, П. Роджерс, К.В., Джордан, Б.М.; Ли Дж. С., Робсон Д., Раманатан С. и Шир А.Ф. (2012). Дифференциальная диффузия Нодала и Левши лежит в основе системы формирования реакционно-диффузионного паттерна. Наука 336, 721-4.
- ^ Jump up to: а б с Паули, А., Норрис, М.Л., Вален, Э., Чу, Г.-Л., Ганьон, Дж.А., Циммерман, С., Митчелл, А., Ма, Дж., Дубрулль, Дж., Рейон, Д. , Цай, С.К., Йонг, Дж.К., Сагателян, А., и Шир, А.Ф. (2014). Малыш: эмбриональный сигнал, который способствует движению клеток через рецепторы апелина. Науки 343, 1248636
- ^ Дюбрюлль, Жюльен; Джордан, Бенджамин М; Ахметова, Лейла; Фаррелл, Джеффри А; Ким, Сок-Хён; Солница-Крезель, Лилианна; Шир, Александр Ф (14 апреля 2015 г.). «Ответ на градиент морфогена Nodal определяется кинетикой индукции целевого гена» . электронная жизнь . 4 : e05042. doi : 10.7554/eLife.05042 . ПМЦ 4395910 . ПМИД 25869585 .
- ^ Хуан, Пэн; Сюн, Фэнчжу; Мегасон, Шон Г.; Шир, Александр Ф. (7 июня 2012 г.). «Ослабление сигналов Notch и Hedgehog необходимо для определения судьбы в спинном мозге» . ПЛОС Генетика . 8 (6): e1002762. дои : 10.1371/journal.pgen.1002762 . ПМЦ 3369957 . ПМИД 22685423 .
- ^ Jump up to: а б Пан, Ю. Альберт; Фрейндлих, Том; Вайсман, Тамили А.; Шоппик, Дэвид; Ван, X. Синди; Циммерман, Стив; Сируна, Брайан; Санес, Джошуа Р.; Лихтман, Джефф В.; Шир, Александр Ф. (1 июля 2013 г.). «Зебрабоу: мультиспектральная маркировка клеток для отслеживания клеток и анализа клонов у рыбок данио» . Разработка . 140 (13): 2835–2846. дои : 10.1242/dev.094631 . ПМЦ 3678346 . ПМИД 23757414 .
- ^ Jump up to: а б Хиральдес, А.Дж., Мисима, Ю., Рихель, Дж., Грокок, Р.Дж., Ван Донген, С., Иноуэ, К., Энрайт, А.Дж. и Шир, А.Ф. (2006). МиР-430 рыбок данио способствует деаденилированию и клиренсу материнских мРНК. Наука 312, 75-79.
- ^ Шир А.Ф. (2007). «Материнско-зиготический переход: смерть и рождение РНК». Наука 316 (5823): 406–7.
- ^ Хиральдез, А.Дж., Чиналли, Р. Гласнер, М.Э., Энрайт, А., Томсон, Дж.М., Баскервиль, С., Хаммонд, С.М., Бартель, Д. и Шир, А.Ф. (2005). МикроРНК регулируют морфогенез мозга у рыбок данио. Наука 308, 833-838.
- ^ Jump up to: а б Вастенхау, Надин Л.; Чжан, Юн; Вудс, Ян Г.; Имам Фархад; Регев, Авив; Лю, X. Ширли; Ринн, Джон; Шир, Александр Ф. (8 апреля 2010 г.). «Хроматиновая подпись эмбриональной плюрипотентности устанавливается во время активации генома» . Природа . 464 (7290): 922–926. Бибкод : 2010Natur.464..922V . дои : 10.1038/nature08866 . ПМЦ 2874748 . ПМИД 20336069 .
- ^ Jump up to: а б с Паули А., Вален Э., Лин М.Ф., Гарбер М., Вастенхау Н.Л., Левин Дж.З., Фан Л., Санделин А., Ринн Дж.Л., Регев А. и Шир А.Ф. (2012). Систематическая идентификация длинных некодирующих РНК, экспрессируемых во время эмбриогенеза рыбок данио. Геномные исследования 22, 577-91. Epub 2011, 22 ноября.
- ^ Jump up to: а б Пробер, Д.А.; Рихель, Дж.; Она, А.А.; Сун, Р.-Дж.; Шир, AF (20 декабря 2006 г.). «Сверхэкспрессия гипокретина/орексина вызывает фенотип, подобный бессоннице, у рыбок данио» . Журнал неврологии . 26 (51): 13400–13410. doi : 10.1523/JNEUROSCI.4332-06.2006 . ПМК 6675014 . ПМИД 17182791 .
- ^ Jump up to: а б с Рихель, Джейсон; Пробер, Дэвид А.; Арваниты, Антоний; Лам, Кельвин; Циммерман, Стивен; Джанг, Сумин; Хаггарти, Стивен Дж.; Кокель, Дэвид; Рубин, Ли Л.; Петерсон, Рэндалл Т.; Шир, Александр Ф. (15 января 2010 г.). «Поведенческий профиль рыбок данио связывает лекарства с биологическими целями и регулированием отдыха/бодрствования» . Наука . 327 (5963): 348–351. Бибкод : 2010Sci...327..348R . дои : 10.1126/science.1183090 . ПМК 2830481 . ПМИД 20075256 .
- ^ Вудс, И.Г.; Шоппик, Д.; Ши, виджей; Циммерман, С.; Коулман, штат Ха; Гринвуд, Дж.; Суси, скорая помощь; Шир, AF (26 февраля 2014 г.). «Поведение нейропептидергических сигнальных перегородок у рыбок данио» . Журнал неврологии . 34 (9): 3142–3160. doi : 10.1523/JNEUROSCI.3529-13.2014 . ПМЦ 3935080 . ПМИД 24573274 .
- ^ Цируна, Б.; Вайдингер, Г.; Кнаут, Х.; Тисс, Б.; Тисс, К.; Раз, Э.; Шир, AF (12 ноября 2002 г.). «Производство материнско-зиготических мутантных рыбок данио путем замены зародышевой линии» . Труды Национальной академии наук . 99 (23): 14919–14924. Бибкод : 2002PNAS...9914919C . дои : 10.1073/pnas.222459999 . ПМК 137520 . ПМИД 12397179 .
- ^ Рэндлетт, О., Ви, К., Науманн, Э.А., Ннаемека, О., Шоппик, Д., Фицджеральд, Дж.Э., Португес, Р., Лакост, А., Риглер, К., Энгерт, Ф.*, и Шир, А. Ф. * (2015). Картирование активности всего мозга на атласе мозга рыбок данио. Природные методы 12, 1039–46.
- ^ Сатия Р., Фаррелл Дж., Геннерт Д., Шир А.Ф. и Регев А. (2015). Сёра: Пространственная реконструкция экспрессии генов в отдельных клетках. Природная биотехнология 33, 495-502.
- ^ Чу, Го-Лян; Паули, Андреа ; Ринн, Джон Л.; Регев, Авив; Шир, Александр Ф.; Вален, Эйвинд (1 июля 2013 г.). «Профилирование рибосом обнаруживает сходство между длинными некодирующими РНК и 5'-лидерами кодирующих РНК» . Разработка . 140 (13): 2828–2834. дои : 10.1242/dev.098343 . ПМЦ 3678345 . ПМИД 23698349 .
- ^ Чу, Г.-Л., Паули, А., и Шир, А.Ф. (2016). Сохранение репрессивности и особенностей последовательности uORF у мышей, людей и рыбок данио. Природные Коммуникации 7, 11663.
- ^ Ганьон, Джеймс А.; Вален, Эйвинд; Тимьян, Саммер Б.; Хуан, Пэн; Ахметова, Лейла; Паули, Андреа; Монтегю, Тесса Г.; Циммерман, Стивен; Рихтер, Констанция; Шир, Александр Ф. (29 мая 2014 г.). «Эффективный мутагенез с помощью опосредованной белком Cas9 вставки олигонуклеотидов и крупномасштабная оценка однонаправленных РНК» . ПЛОС ОДИН . 9 (5): e98186. Бибкод : 2014PLoSO...998186G . дои : 10.1371/journal.pone.0098186 . ПМК 4038517 . ПМИД 24873830 .
- ^ Тимьян, С. и Шир, А.Ф. (2016). Соединение концов, опосредованное Polq, необходимо для выживания двухцепочечных разрывов ДНК во время раннего развития рыбок данио. Отчеты ячейки 15, 1611–1613 гг.
- ^ Тимьян, С.Б., Ахметова, Л., Монтегю, Т.Г., Вален, Э. и Шир, А.Ф. (2016). Взаимодействия внутренних направляющих РНК мешают расщеплению, опосредованному Cas9. Природные Коммуникации 7, 11750.
- ^ Маккенна, А., Финдли, Г.Ф., Ганьон, Дж.А., Хорвиц, М.С., Шир, А.Ф., и Шендюр, Дж. (2016). Отслеживание происхождения всего организма путем комбинаторного и кумулятивного редактирования генома. Наука aaf7907.
- ^ Фаррелл, Джеффри А; Ван, Ицюнь; Ризенфельд, Саманта Дж; Шекхар, Картик; Регев, Авив; Шир, Александр Ф (2018). Одноклеточная реконструкция траекторий развития во время эмбриогенеза рыбок данио. Наука, 360 (6392), 6.
- ^ Шир, Александр (июль 2004 г.). «Вопросы и ответы» . Современная биология . 14 (13): 494 ранда. дои : 10.1016/j.cub.2004.06.032 . ПМИД 15242623 . S2CID 235312071 .