МЕТЛИН
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | хранилище информации о химических веществах, а также тандемной масс-спектрометрии данных |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Исследовательский институт Скриппса |
| Лаборатория | Лаборатория Сюздака в Исследовательском институте Скриппса |
| Дата выпуска | 2005 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | Я думал |
База данных метаболитов и химических веществ METLIN [1] [2] [3] является крупнейшим хранилищем экспериментальной тандемной масс-спектрометрии. [4] и нейтральная потеря [5] данные, полученные из стандартов. Данные тандемной масс-спектрометрии более 930 000 молекулярных стандартов (по состоянию на декабрь 2023 г.) [6] [7] [8] [9] [10] предназначен для облегчения идентификации химических веществ в результате тандемных масс-спектрометрических экспериментов. Помимо идентификации известных молекул, он также полезен для идентификации неизвестных. [3] используя свою технологию поиска по сходству. [11] Все данные тандемной масс-спектрометрии получены в результате экспериментального анализа стандартов при нескольких энергиях столкновения и в режимах как положительной, так и отрицательной ионизации.
МЕТЛИН [12] служит системой управления данными, помогающей в идентификации метаболитов и химических веществ, обеспечивая публичный доступ к своему хранилищу полных данных MS/MS и нейтральных данных о потерях. [7] [3] [5] Аннотированный список молекулярных стандартов METLIN включает метаболиты и другие химические соединения. Поиск в METLIN можно осуществлять на основе данных тандемной масс-спектрометрии молекулы, нейтральных масс потерь, массы прекурсора, химической формулы и структуры на веб-сайте METLIN. Каждая молекула связана с внешними ресурсами, такими как Киотская энциклопедия генов и геномов ( KEGG ), для дальнейшего использования и изучения. База данных METLIN была разработана и поддерживается исключительно лабораторией Сюздак в Научно-исследовательском институте Скриппса .
Постоянно развивается
[ редактировать ]С момента своего первого внедрения в начале 2000-х гг. [2] На свободно доступном веб-сайте METLIN собраны комментарии и предложения по улучшениям от пользователей из биотехнологических, фармацевтических и академических сообществ, что в конечном итоге привело к созданию функционально полезной технологии для метаболомики , а также сотен тысяч других молекулярных объектов. [7] Интерфейс METLIN позволяет исследователям легко осуществлять поиск в базе данных и характеризовать метаболиты и другие соединения с помощью таких функций, как точная масса, поиск одиночных и множественных фрагментов, нейтральные потери и возможности поиска по всему спектру. Функция поиска по сходству, представленная в 2008 году. [11] был разработан для ускорения процесса идентификации неизвестных молекул.
Кроме того, METLIN использовался для создания новой для мониторинга множественных реакций (MRM) для фрагментации ионных переходов. библиотеки предшественников [13] Переходный репозиторий METLIN-MRM для количественной тандемной масс-спектрометрии малых молекул был разработан для облегчения обмена данными между различными приборами и лабораториями. [13]
База данных METLIN реализована в облаке, что позволяет пользователям по всему миру. [7] [12] Помимо расширения базы данных тандемной масс-спектрометрии, METLIN предназначен для поиска данных тандемной масс-спектрометрии, массы прекурсора, химических формул, названий соединений, а также других возможностей поиска. METLIN также был реализован с помощью приложений когнитивных вычислений. [14] Данные тандемной МС ESI-QTOF МС/МС высокого разрешения по более чем 930 000 различных химических объектов включают в себя масс-спектральные данные диссоциации, вызванной столкновениями, при четырех различных энергиях столкновений, как в режимах положительной, так и отрицательной ионизации. [7] [9] [15]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Сюэ, Цзинчуань; Гихас, Карлос; Бентон, Х. Пол; Варт, Бенедикт; Сюздак, Гэри (октябрь 2020 г.). «База данных молекулярных стандартов METLIN MS 2: обширный химический и биологический ресурс» . Природные методы . 17 (10): 953–954. дои : 10.1038/s41592-020-0942-5 . ISSN 1548-7105 . ПМК 8802982 . ПМИД 32839599 .
- ^ Перейти обратно: а б Смит К.А., О'Мэйл Дж., Вант Э.Дж., Цинь С., Траугер С.А., Брэндон Т.Р. и др. (декабрь 2005 г.). «МЕТЛИН: база данных масс-спектров метаболитов». Терапевтический лекарственный мониторинг . 27 (6): 747–51. дои : 10.1097/01.ftd.0000179845.53213.39 . ПМИД 16404815 . S2CID 14774455 .
- ^ Перейти обратно: а б с Гияс С., Монтенегро-Берк-младший, Доминго-Альменара X, Палермо А., Варт Б., Герман Г. и др. (март 2018 г.). «МЕТЛИН: технологическая платформа для идентификации известных и неизвестных» . Аналитическая химия . 90 (5): 3156–3164. дои : 10.1021/acs.analchem.7b04424 . ПМЦ 5933435 . ПМИД 29381867 .
- ^ Хоанг, Кори; Уритбунтхай, Винни; Хоанг, Линь; Биллингс, Элизабет М.; Айспорна, Овен; Ниа, Фаршад А.; Деркс, Рико Дж. Э.; Уильямсон, Джеймс Р.; Гиера, Мартин; Сюздак, Гэри (26 марта 2024 г.). «Тандемная масс-спектрометрия на разных платформах» . Аналитическая химия . дои : 10.1021/acs.analchem.3c05576 . ISSN 0003-2700 . ПМЦ 11007677 .
- ^ Перейти обратно: а б Айспорна, Овен; Бентон, Х. Пол; Чен, Энди; Деркс, Рико Дж. Э.; Галано, Жан Мари; Гиера, Мартин; Сюздак, Гэри (2 марта 2022 г.). «Масс-спектральные данные нейтральных потерь улучшают анализ молекулярного сходства в METLIN» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 33 (3): 530–534. дои : 10.1021/jasms.1c00343 . ISSN 1044-0305 . ПМЦ 10131246 . ПМИД 35174708 . S2CID 246902725 .
- ^ Гиера, Мартин; Янес, Оскар; Сюздак, Гэри (4 января 2022 г.). «Открытие метаболитов: научная движущая сила биохимии» . Клеточный метаболизм . 34 (1): 21–34. дои : 10.1016/j.cmet.2021.11.005 . hdl : 1887/3250578 . ISSN 1550-4131 . ПМИД 34986335 . S2CID 245729571 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Сюэ Дж., Гихас С., Бентон Х.П., Варт Б., Сиуздак Дж. (август 2020 г.). «База данных 2 молекулярных стандартов: обширный химический и биологический ресурс» . Природные методы . 17 (10): 953–954. дои : 10.1038/s41592-020-0942-5 . ПМЦ 8802982 . ПМИД 32839599 .
- ^ Гихас, Карлос; К, Эндрю; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Доминго-Альменара, Ксавьер; Алипио-Глория, Заида; Кок, Бернард П.; Саес, Энрике; Альварес, Николь Х.; Джонсон, Кристен А.; Сюздак, Гэри (август 2022 г.). «Метаболомика активности, инициируемая лекарствами, идентифицирует миристоилглицин как мощный эндогенный метаболит для дифференциации бурого жира человека» . Метаболиты . 12 (8): 749. дои : 10.3390/metabo12080749 . ISSN 2218-1989 . ПМЦ 9415469 . ПМИД 36005620 .
- ^ Перейти обратно: а б «Премия ученых-аналитиков за инновации 2023» . Ученый-аналитик . 12 декабря 2023 г. Проверено 14 декабря 2023 г.
- ^ Хейм, Виласини; Айспорна, Овен; Хоанг, Линь; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (2023), Иванишевич, Юлиана; Гиера, Мартин (ред.), «Тандемная масс-спектрометрия METLIN и базы данных нейтральных потерь для идентификации микробных натуральных продуктов и других химических веществ» , Практическое руководство по применениям метаболомики в здравоохранении и заболеваниях: от образцов к пониманию метаболизма , Чам: Springer International Publishing, стр. 105–124, номер документа : 10.1007/978-3-031-44256-8_5 , ISBN. 978-3-031-44256-8 , получено 27 марта 2024 г.
- ^ Перейти обратно: а б Бентон Х.П., Вонг Д.М., Траугер С.А., Сиуздак Г. (август 2008 г.). «XCMS2: обработка данных тандемной масс-спектрометрии для идентификации метаболитов и структурной характеристики» . Аналитическая химия . 80 (16): 6382–9. дои : 10.1021/ac800795f . ПМК 2728033 . ПМИД 18627180 .
- ^ Перейти обратно: а б Таутенхан Р., Чо К., Уритбунтхай В., Чжу З., Патти Г.Дж., Сиуздак Г. (сентябрь 2012 г.). «Ускоренный рабочий процесс нецелевой метаболомики с использованием базы данных МЕТЛИН» . Природная биотехнология . 30 (9): 826–8. дои : 10.1038/nbt.2348 . ПМК 3666346 . ПМИД 22965049 .
- ^ Перейти обратно: а б Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Иванишевич, Юлиана; Томас, Орельен; Сидибе, Джонатан; Тив, Тони; Гихас, Карлос; Айспорна, Овен Э.; Райнхарт, Дуэйн; Хоанг, Линь; Нордстрем, Андерс (сентябрь 2018 г.). «XCMS-MRM и METLIN-MRM: облачная библиотека и общедоступный ресурс для целевого анализа малых молекул» . Природные методы . 15 (9): 681–684. дои : 10.1038/s41592-018-0110-3 . ISSN 1548-7105 . ПМК 6629029 . ПМИД 30150755 .
- ^ Маджумдер, Эрика Л.-В.; Биллингс, Элизабет М.; Бентон, Х. Пол; Мартин, Ричард Л.; Палермо, Амелия; Гихас, Карлос; Риншен, Маркус М.; Доминго-Альменара, Ксавьер; Монтенегро-Берк, Дж. Рафаэль; Тагтоу, Брэдли А.; Пламб, Роберт С. (22 января 2021 г.). «Когнитивный анализ данных метаболомики для системной биологии» . Протоколы природы . 16 (3): 1376–1418. дои : 10.1038/s41596-020-00455-4 . ISSN 1754-2189 . ОСТИ 1774918 . ПМЦ 10357461 . ПМИД 33483720 . S2CID 231687415 .
- ^ Хейм, Виласини; Айспорна, Овен; Хоанг, Линь; Бентон, Х. Пол; Сюздак, Гэри (2023), Иванишевич, Юлиана; Гиера, Мартин (ред.), «Тандемная масс-спектрометрия METLIN и базы данных нейтральных потерь для идентификации микробных натуральных продуктов и других химических веществ» , Практическое руководство по применениям метаболомики в здравоохранении и заболеваниях: от образцов к пониманию метаболизма , Учебные материалы в области биологических наук, Cham: Springer International Publishing, стр. 105–124, doi : 10.1007/978-3-031-44256-8_5 , ISBN. 978-3-031-44256-8 , получено 1 марта 2024 г.