Гетеродуплексный анализ

Гетеродуплексный анализ (ГДА) — метод в биохимии, используемый для обнаружения точечных мутаций в ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) с 1992 года. ^{[ 1 ]} Гетеродуплексы — это дцДНК молекулы , которые имеют одну или несколько несовпадающих пар, с другой стороны, гомодуплексы — это дцДНК, которые идеально спарены. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Этот метод анализа основан на том факте, что гетеродуплексы демонстрируют пониженную подвижность по сравнению с гомодуплексной ДНК. ^{[ 3 ]} гетеродуплексы образуются между разными аллелями ДНК. ^{[ 4 ]} В смеси амплифицированной ДНК дикого типа и мутантной ДНК образуются гетеродуплексы в мутантных аллелях и гомодуплексы в аллелях дикого типа. ^{[ 5 ]} Существует два типа гетеродуплексов в зависимости от типа и степени мутации ДНК. Небольшие делеции или вставки создают гетеродуплексы выпуклого типа, которые стабильны и проверяются электронным микроскопом. ^{[ 6 ]} Замены одного основания создают более нестабильные гетеродуплексы, называемые гетеродуплексами пузырькового типа, из-за низкой стабильности их трудно визуализировать в электронной микроскопии. ^{[ 5 ]} HDA широко используется для быстрого скрининга мутации делеции p.F508del размером 3 п.о. в гене CFTR. ^{[ 6 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Дж. Уоллес, Эндрю (2002). «SSCP/Гетеродуплексный анализ» . У Д.М. Теофила, Бимала; Рэпли, Ральф (ред.). Протоколы обнаружения мутаций ПЦР . Тотова, Нью-Джерси: Humana Press, Тотова, Нью-Джерси. стр. 151 - 164 . ISBN 0896036170 .
^ Главач, Дамьян; Дин, Майкл (1996), Пфайфер, Герд П. (редактор), «Гетеродуплексный анализ», Технологии обнаружения повреждений и мутаций ДНК , Springer US, стр. 241–251, номер документа : 10.1007/978-1-4899- 0301-3_18 , ISBN 978-1-4899-0301-3
^ Ф. Эль-Язби, Амира; Вонг, Алиша; Р. Лоппноу, Глен (2017). «Люминесцентный зонд гибридизации несовпадающих ДНК: расположение и количество несовпадений». Аналитика Химика Акта . 994 : 92–99. дои : 10.1002/0471142905.hg0703s33 . ПМИД 18428333 . S2CID 23375627 .
^ Уайт, Марга Белль; Карвальо, Магда; Дерс, Дэвид; О'Брайен, Стивен Дж.; Дин, Майкл (1 февраля 1992 г.). «Обнаружение одноосновных замен как гетеродуплексного полиморфизма». Геномика . 12 (2): 301–306. дои : 10.1016/0888-7543(92)90377-5 . ISSN 0888-7543 . ПМИД 1740339 .
^ Jump up to: ^а ^б Менунос, Панайотис Г.; Патринос, Джордж П. (01 января 2010 г.), Патринос, Джордж П.; Ансорж, Вильгельм Дж. (ред.), «Глава 4. Обнаружение мутаций с помощью одноцепочечного конформационного полиморфизма и гетеродуплексного анализа» , Molecular Diagnostics (второе издание) , Academic Press, стр. 45–58, doi : 10.1016/b978-0- 12-374537-8.00004-3 , ISBN 978-0-12-374537-8 , получено 2 декабря 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б Ван, Ю. Х.; Баркер, П.; Гриффит, Дж. (5 марта 1992 г.). «Визуализация диагностических гетеродуплексных ДНК из гетерозигот с делецией муковисцидоза позволяет оценить перегиб ДНК из-за выпуклых оснований» . Журнал биологической химии . 267 (7): 4911–4915. дои : 10.1016/S0021-9258(18)42917-1 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 1537869 .

[:0-1] Jump up to: ^а ^б Дж. Уоллес, Эндрю (2002). «SSCP/Гетеродуплексный анализ» . У Д.М. Теофила, Бимала; Рэпли, Ральф (ред.). Протоколы обнаружения мутаций ПЦР . Тотова, Нью-Джерси: Humana Press, Тотова, Нью-Джерси. стр. 151 - 164 . ISBN 0896036170 .

[2] Главач, Дамьян; Дин, Майкл (1996), Пфайфер, Герд П. (редактор), «Гетеродуплексный анализ», Технологии обнаружения повреждений и мутаций ДНК , Springer US, стр. 241–251, номер документа : 10.1007/978-1-4899- 0301-3_18 , ISBN 978-1-4899-0301-3

[3] Ф. Эль-Язби, Амира; Вонг, Алиша; Р. Лоппноу, Глен (2017). «Люминесцентный зонд гибридизации несовпадающих ДНК: расположение и количество несовпадений». Аналитика Химика Акта . 994 : 92–99. дои : 10.1002/0471142905.hg0703s33 . ПМИД 18428333 . S2CID 23375627 .

[4] Уайт, Марга Белль; Карвальо, Магда; Дерс, Дэвид; О'Брайен, Стивен Дж.; Дин, Майкл (1 февраля 1992 г.). «Обнаружение одноосновных замен как гетеродуплексного полиморфизма». Геномика . 12 (2): 301–306. дои : 10.1016/0888-7543(92)90377-5 . ISSN 0888-7543 . ПМИД 1740339 .

[:1-5] Jump up to: ^а ^б Менунос, Панайотис Г.; Патринос, Джордж П. (01 января 2010 г.), Патринос, Джордж П.; Ансорж, Вильгельм Дж. (ред.), «Глава 4. Обнаружение мутаций с помощью одноцепочечного конформационного полиморфизма и гетеродуплексного анализа» , Molecular Diagnostics (второе издание) , Academic Press, стр. 45–58, doi : 10.1016/b978-0- 12-374537-8.00004-3 , ISBN 978-0-12-374537-8 , получено 2 декабря 2019 г.

[:2-6] Jump up to: ^а ^б Ван, Ю. Х.; Баркер, П.; Гриффит, Дж. (5 марта 1992 г.). «Визуализация диагностических гетеродуплексных ДНК из гетерозигот с делецией муковисцидоза позволяет оценить перегиб ДНК из-за выпуклых оснований» . Журнал биологической химии . 267 (7): 4911–4915. дои : 10.1016/S0021-9258(18)42917-1 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 1537869 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]