Визуализирующая циклическая микроскопия

Микроскоп с циклическим изображением (ICM) представляет собой полностью автоматизированный (эпи) флуоресцентный микроскоп , который преодолевает предел спектрального разрешения, что приводит к получению флуоресцентных изображений без ограничений по параметрам и размерам. Принцип и роботизированное устройство описал Вальтер Шуберт в 1997 году. ^[1] и получил дальнейшее развитие вместе с его коллегами в рамках проекта топонома человека . ^[2]^[3]^[4]^[5] ICM запускает роботизированные повторяющиеся циклы инкубации-визуализации-отбеливания с использованием библиотек зондов, конъюгированных с красителем, распознающих целевые структуры in situ (биомолекулы в фиксированных клетках или срезах тканей). Это приводит к передаче случайно большого количества различной биологической информации путем повторного использования одного и того же канала флуоресценции после обесцвечивания для передачи другой биологической информации с использованием того же красителя, который конъюгирован с другим специфическим зондом, а также тем самым квази-сниженный шум. Создаются многоканальные флуоресцентные изображения с воспроизводимой физической, геометрической и биофизической стабильностью. Результирующая мощность комбинаторной молекулярной дискриминации (ПКМД) на точку данных равна 65 536 ^к, где 65 536 — количество уровней значений серого (выходные данные 16-битной ПЗС-камеры), а k — количество совместно сопоставленных биомолекул и/или субдоменов на одну биомолекулу(ы). Высокий PCMD показан для k = 100, ^[3]^[5] и в принципе может быть расширено для гораздо больших чисел k . В отличие от традиционной многоканальной флуоресцентной микроскопии с несколькими параметрами (панель а на рисунке) высокие PCMD в ICM приводят к высокому функциональному и пространственному разрешению (панель b на рисунке). Систематический ICM-анализ биологических систем выявляет закон супрамолекулярной сегрегации, который описывает принцип порядка больших, иерархически организованных биомолекулярных сетей in situ (топоном). ^[6] ICM является основной технологией для систематического картирования полного кода белковой сети в тканях (проект топонома человека). ^[2] Оригинальный метод ICM ^[1] включает любую модификацию этапа отбеливания. Сообщалось о соответствующих модификациях для антител . извлечения ^[7] и химическая закалка красителей ^[8] обсуждали недавно. ^[9]^[10] Системы топономной визуализации (TIS) и мультиэпитопно-лигандные картографы (MELC) представляют собой разные этапы технологического развития ICM. Визуализирующая циклическая микроскопия получила награду American ISAC за лучшую статью в 2008 году за трехсимвольный код организованных протеомов. ^[11]

Цитаты

^ Jump up to: ^а ^б Шуберт В. (1997) Автоматизированное устройство и способ измерения и идентификации молекул или их фрагментов. Европейский патент EP 0810428 B1 [см. также патент США Schubert W. 6150173 (2000); Патент Японии 3739528 (1998 г.)].
^ Jump up to: ^а ^б Коттингем, Кэти (май 2008 г.). «Проект «Человеческий топоном | Человеческая протеинпедия» открыта для (бесплатного) бизнеса» . Журнал исследований протеома . 7 (5): 1806. doi : 10.1021/pr083701k .
^ Jump up to: ^а ^б Шуберт, Вальтер; Боннеко, Бернд; Поммер, Ансгар Дж.; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Платье, Андреас В.М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природная биотехнология . 24 (10): 1270–1278. дои : 10.1038/nbt1250 . ПМИД 17013374 . S2CID 30436820 .
^ Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Круше, Андреас; Шуберт, Вальтер (сентябрь 2007 г.). «Флуоресцентное обнаружение кластеров белков в отдельных клетках и срезах тканей с помощью системы топономной визуализации: процедуры подготовки проб и измерений». Протоколы природы . 2 (9): 2285–2294. дои : 10.1038/nprot.2007.320 . ПМИД 17853885 . S2CID 10987767 .
^ Jump up to: ^а ^б Шуберт, В. «Прямое пространственное изображение случайно больших супермолекул с помощью циклической микроскопии TIS с неограниченным параметром» (PDF) . Международная конференция по микроскопии 2013 . Проверено 23 сентября 2013 г.
^ Шуберт, В. (2014). «Систематическая пространственная визуализация больших мультимолекулярных ансамблей и возникающие принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах» . Журнал молекулярного распознавания . 27 (1): 3–18. дои : 10.1002/jmr.2326 . ПМК 4283051 . ПМИД 24375580 .
^ Мичева Кристина Д.; Смит, Стивен Дж. (июль 2007 г.). «Матричная томография: новый инструмент для визуализации молекулярной архитектуры и ультраструктуры нейронных цепей» . Нейрон . 55 (1): 25–36. дои : 10.1016/j.neuron.2007.06.014 . ПМК 2080672 . ПМИД 17610815 .
^ Гердес, MJ; Севинский, CJ; Суд, А.; Адак, С.; Белло, Миссури; Бордвелл, А.; Джан, А.; Корвин, А.; Динн, С.; Филкинс, Р.Дж.; Холлман, Д.; Камат, В.; Каанумалле, С.; Кенни, К.; Ларсен, М.; Лазар, М.; Ли, К.; Лоус, К.; Маккалок, CC; Макдонаф, Э.; Монтальто, MC; Панг, З.; Ритчер, Дж.; Сантамария-Панг, А.; Сарачан, Б.Д.; Сил, МЛ; Сеппо, А.; Шейх, К.; Суй, Ю.; Чжан, Дж.; Джинти, Ф. (1 июля 2013 г.). «Высокомультиплексный одноклеточный анализ фиксированной формалином и залитой в парафин раковой ткани» . Труды Национальной академии наук . 110 (29): 11982–11987. Бибкод : 2013PNAS..11011982G . дои : 10.1073/pnas.1300136110 . ПМЦ 3718135 . ПМИД 23818604 .
^ Шуберт, В.; Платье, А.; Руонала, М.; Круще, А.; Хиллерт, Р.; Гизелер, А.; Уолден, П. (7 января 2014 г.). «Визуализирующая циклическая микроскопия» . Труды Национальной академии наук . 111 (2): Е215. Бибкод : 2014PNAS..111E.215S . дои : 10.1073/pnas.1319017111 . ПМЦ 3896151 . ПМИД 24398531 .
^ Гердес, MJ (7 января 2014 г.). «Ответ Шуберту и др.: Относительно критики сильно мультиплексированных технологий» . Труды Национальной академии наук . 111 (2): Е216. Бибкод : 2014PNAS..111E.216G . дои : 10.1073/pnas.1319622111 . ПМК 3896205 . ПМИД 24571024 .
^ Шуберт, Вальтер (июнь 2007 г.). «Трёхсимвольный код для организованных протеомов, основанный на циклическом отображении местоположений белков» . Цитометрия Часть А. 71А (6): 352–360. doi : 10.1002/cyto.a.20281 . ПМИД 17326231 . S2CID 3132423 .

Ссылки

Дальнейшее чтение

Эботт, А. (12 октября 2006 г.). «Основные исследования» . Природа . 443 (7112): 608–609. Бибкод : 2006Natur.443..608. . дои : 10.1038/443608a .
Адеммер; Эберт; Мюллер-Остермейер; Фрисс; Бюхлер; Шуберт; Мальфертайнер (апрель 1998 г.). «Субпопуляции эффекторных Т-лимфоцитов при раке поджелудочной железы человека: обнаружение CD8+ CD18+ клеток и CD8+ CD103+ клеток с помощью мультиэпитопной визуализации» . Клиническая и экспериментальная иммунология . 112 (1): 21–26. дои : 10.1046/j.1365-2249.1998.00546.x . ЧВК 1904939 . PMID 9566785 .
Барысенко Андрей; Платье, Андреас В.М.; Шуберт, Вальтер (1 сентября 2010 г.). «Теоретико-информационный метод определения порога для обнаружения колокализации белков в стопках флуоресцентных изображений». Журнал биотехнологии . 149 (3): 127–131. doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.01.009 . ПМИД 20100525 .
Беднер, Эльжбета; Ду, Литонг; Траганос, Фрэнк; Дажинкевич, Збигнев (1 января 2001 г.). «Кофеин диссоциирует комплексы между ДНК и интеркалирующими красителями: применение для отбеливания клеток, окрашенных флуорохромами, для их последующего сохранения и анализа с помощью лазерной сканирующей цитометрии» . Цитометрия . 43 (1): 38–45. doi : 10.1002/1097-0320(20010101)43:1<38::AID-CYTO1017>3.0.CO;2-S . ПМИД 11122483 .
Берндт, Юта; Филипсен, Ларс; Барч, Себастьян; Ху, Юцинь; юбки, Кристоф; Бертрам, Виденманн; Хаммерле, Маркус; Рёш, Томас; Штурм, Андреас (2010). «Сравнительная картография мультиэпитопных лигандов выявляет существенные иммунологические изменения при метаплазии Барретта и аденокарциноме пищевода» . Молекулярный рак . 9 (1): 177. дои : 10.1186/1476-4598-9-177 . ПМК 2909181 . ПМИД 20604962 .
Бхаттачарья, Саянтан; Мэтью, Джордж; Рубан, Эрни; Эпштейн, Дэвид Б.А.; Круше, Андреас; Хиллерт, Рейк; Шуберт, Вальтер; Хан, Майкл (3 декабря 2010 г.). «Система топономной визуализации: картирование белковой сети в нормальной и раковой толстой кишке одного и того же пациента выявляет более пяти тысяч кластеров белков, специфичных для рака, и их субклеточную аннотацию с использованием трехсимвольного кода». Журнал исследований протеома . 9 (12): 6112–6125. дои : 10.1021/pr100157p . ПМИД 20822185 .
Боде, Маркус; Ирмлер, Мартин; Фриденбергер, Мануэла; Мэй, Кэролайн; Юнг, Клаус; Стефан, Кристиан; Мейер, Хельмут Э.; Лах, Кристиана; Хиллерт, Рейк; Круше, Андреас; Беккерс, Йоханнес; Маркус, Катрин; Шуберт, Вальтер (март 2008 г.). «Взаимосвязанные технологии транскриптомики, протеомики и топономики для анализа тканей головного мозга в гиппокампе мышей». Протеомика . 8 (6): 1170–1178. дои : 10.1002/pmic.200700742 . ПМИД 18283665 . S2CID 20000272 .
Боннеко, Б.; Бёкельманн, Р.; Поммер, Эй Джей; Малых Ю.; Филипсен, Л.; Голник, Х. (2007). «Сайт связывания CD11a эфализумаба в псориатической кожной ткани, анализированный с помощью роботизированной картографии с мультиэпитопными лигандами». Кожная фармакология и физиология . 20 (2): 96–111. дои : 10.1159/000097982 . ПМИД 17167274 . S2CID 1381176 .
Боннеко, Бернд; Малых, Янина; Бёкельманн, Райк; Барч, Себастьян; Поммер, Ансгар Дж.; Голник, Харальд. (2006). «Профилирование субпопуляций лимфоцитов в периферической крови при лечении псориаза эфализумабом с помощью роботизированной микроскопии мультиэпитопно-лигандной картографии (MELC)» . Eur J Дерматол . 16 (6): 623–635. ПМИД 17229602 .
Боннеко, Б.; Поммер, Эй Джей; Бёкельманн, Р.; Хофмайстер, Х.; Филипсен, Л.; Голник, Х. (2007). «Топо-протеомный анализ псориатических бляшек in situ при лечении эфализумабом». Кожная фармакология и физиология . 20 (5): 237–252. дои : 10.1159/000104422 . ПМИД 17587888 . S2CID 43539332 .
Боннеко, Бернд; Поммер, Ансгар Дж.; Бёкельманн, Райк; Филипсен, Ларс; Хофмайстер, Хеннинг; Голлник, Харальд (июнь 2008 г.). «Анализ топопротеома in situ лимфом кожи: перспективы помощи в дерматогистологической диагностике с помощью мультиэпитопно-лигандной картографии (MELC)». Журнал Немецкого дерматологического общества . 6 (12): 1038–51. дои : 10.1111/j.1610-0387.2007.06754.x . ПМИД 18540979 .
Косте, О.; Бреннейс, К.; Линке, Б.; Пьер, С.; Мёрер, К.; Беккер, В.; Шмидт, Х.; Гао, В.; Гейслингер, Г.; Шолич, К. (10 сентября 2008 г.). «Сфингозин-1-фосфат модулирует спинальную ноцицептивную обработку» . Журнал биологической химии . 283 (47): 32442–32451. дои : 10.1074/jbc.M806410200 . ПМИД 18805787 .
Платье, Андреас В.М.; Локоть, Т.; Пустыльников, Л.Д.; Шуберт, В. (январь 2005 г.). «Числа Пуассона и распределения Пуассона в подмножестве сюрпризологии». Анналы комбинаторики . 8 (4): 473–485. дои : 10.1007/s00026-004-0234-2 . S2CID 122237186 .
Платье, Андреас; Локоть, Татьяна; Шуберт, Вальтер; Сероцка, Петр (3 октября 2008 г.). «Две теоремы о картах подобия» . Анналы комбинаторики . 12 (3): 279–290. дои : 10.1007/s00026-008-0351-4 .
Эберт, Матиас П.А.; Адеммер, Карин; Мюллер-Остермейер, Фрауке; Фрисс, Хельмут; Бухлер, Маркус В.; Шуберт, Вальтер; Малфертайнер, Питер (ноябрь 1998 г.). «CD8 + CD103 + Т-клетки, аналогичные кишечным интраэпителиальным лимфоцитам, инфильтрируют поджелудочную железу при хроническом панкреатите». Американский журнал гастроэнтерологии . 93 (11): 2141–2147. дои : 10.1111/j.1572-0241.1998.00610.x . ПМИД 9820387 . S2CID 19518135 .
Экер, Руперт К.; Рогожану, Раду; Стрейт, Марк; Остеррайхер, Катя; Штайнер, Георг Э. (март 2006 г.). «Улучшенный метод распознавания клеточных популяций в срезах тканей с использованием многоцветной цитометрии тканей на основе микроскопии» . Цитометрия Часть А. 69А (3): 119–123. doi : 10.1002/cyto.a.20219 . ПМИД 16479616 . S2CID 22727860 .
Экхардт, Дж.; Осталецкий, К.; Кучера, К.; Шулер, Г.; Поммер, Эй Джей; Лехманн, М. (16 ноября 2012 г.). «Популяции мышиных цельноорганных иммунных клеток, выявленные с помощью мультиэпитопно-лигандной картографии» . Журнал гистохимии и цитохимии . 61 (2): 125–133. дои : 10.1369/0022155412470140 . ПМЦ 3636694 . ПМИД 23160665 .
Эйерих, Килиан; Бёкельманн, Райк; Поммер, Ансгар Дж.; Ферстер, Стефани; Хофмайстер, Хеннинг; Хусс-Марп, Йоханнес; Кавани, Андреа; Берендт, Хайдрун; Ринг, Йоханнес; Голлник, Харальд; Боннеко, Бернд; Трейдл-Хоффманн, Клаудия (15 сентября 2009 г.). «Сравнительный анализ топопротеома in situ выявляет различия в экземе, вызванной патч-тестом: реакция никеля с преобладанием цитотоксичности по сравнению с плейотропной пыльцевой реакцией» . Экспериментальная дерматология . 19 (6): 511–517. дои : 10.1111/j.1600-0625.2009.00980.x . ПМИД 19758337 . S2CID 24515727 .
Гизелер, А (2013). «Топономика клеточных мембран». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 364–366. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_1568 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Гизелер, А (2013). «Синаптические белки». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2034–2036. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_632 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Гизелер, А (2013). «Синаптический топоном». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2036–2038. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_633 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Хаарс, Регина; Шнайдер, Абидат; Боде, Маркус; Шуберт, В. (2000). «Секреция и дифференциальная локализация продуктов протеолитического расщепления Abeta40 и Abeta42 белка-предшественника амилоида Альцгеймера в миогенных клетках плода человека». Европейский журнал клеточной биологии . 79 (6): 400–406. дои : 10.1078/0171-9335-00064 . ПМИД 10928455 .
Герольд, Джулия; Шуберт, Вальтер; Натткемпер, Тим В. (15 сентября 2010 г.). «Автоматическое обнаружение и количественная оценка флуоресцентно меченных синапсов в срезах тканей головного мозга мышей для приложений с высокой пропускной способностью». Журнал биотехнологии . 149 (4): 299–309. doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.03.004 . ПМИД 20230863 .
Хиллерт, Р. (2013). «Комбинаторные молекулярные фенотипы (CMPS)». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 440–441. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_634 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Хиллерт, Р. (2013). «Топономический анализ». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2188–2191. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_635 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Ковачева В.Н.; Хан, AM; Хан, М.; Эпштейн, администратор баз данных; Раджпут, Нью-Мексико (21 ноября 2013 г.). «DiSWOP: новый метод анализа белковых сетей на клеточном уровне в данных локализованных протеомных изображений» . Биоинформатика . 30 (3): 420–427. doi : 10.1093/биоинформатика/btt676 . ПМИД 24273247 .
Круще, А (2013). «ТИС Робот». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2172–2174. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_636 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Лафферс, Вибке; Миттаг, Аня; Ленц, Доминик; Тарнок, Аттила; Герстнер, Андреас Огайо (март 2006 г.). «Итеративное сохранение как основной инструмент n-цветного иммунофенотипирования с помощью цитометрии на предметных стеклах». Цитометрия Часть А. 69А (3): 127–130. doi : 10.1002/cyto.a.20216 . ПМИД 16479595 . S2CID 26740218 .
Миттаг, Аня; Ленц, Доминик; Герстнер, Андреас Огайо; Тарнок, Аттила (июль 2006 г.). «Принципы гиперхроматической цитометрии для цитометрии с использованием цитометрии на предметных стеклах». Цитометрия Часть А. 69А (7): 691–703. doi : 10.1002/cyto.a.20285 . ПМИД 16680709 . S2CID 11529363 .
Мерфи, Роберт Ф. (октябрь 2006 г.). «Нанесение белков на карту». Природная биотехнология . 24 (10): 1223–1224. дои : 10.1038/nbt1006-1223 . ПМИД 17033657 . S2CID 14651141 .
Натткемпер, ТВ; Риттер, HJ; Шуберт, В. (июнь 2001 г.). «Нейронный классификатор, обеспечивающий высокопроизводительный топологический анализ лимфоцитов в срезах тканей». Транзакции IEEE по информационным технологиям в биомедицине . 5 (2): 138–149. дои : 10.1109/4233.924804 . ПМИД 11420992 . S2CID 313376 .
Натткемпер, Тим В.; Твеллманн, Торстен; Риттер, Хельге; Шуберт, Вальтер (январь 2003 г.). «Человек против машины: оценка флуоресцентных микрофотографий». Компьютеры в биологии и медицине . 33 (1): 31–43. CiteSeerX 10.1.1.324.4664 . дои : 10.1016/s0010-4825(02)00060-4 . ПМИД 12485628 .
Ольце, С.; Фрейлер, В.; Хиллерт, Рейк; Долейш, Гельмут; Прейм, Бернхард; Шуберт, Вальтер (декабрь 2011 г.). «Интерактивный графический визуальный анализ многомерных данных многопараметрической флуоресцентной микроскопии в топономике». Транзакции IEEE по визуализации и компьютерной графике . 17 (12): 1882–1891. дои : 10.1109/TVCG.2011.217 . ПМИД 22034305 . S2CID 18790281 .
Осталецкий, Кристиан; Конрад, Андреас; Турау, Элизабет; Шулер, Герольд; Кронер, Роланд С.; Поммер, Ансгар Дж.; Штюрцль, Мишель (август 2013 г.). «Комбинированный мультигенный анализ на уровне РНК и белка в отдельных срезах ткани FFPE». Экспериментальная и молекулярная патология . 95 (1): 1–6. дои : 10.1016/j.yexmp.2013.03.008 . ПМИД 23583336 .
Филипсен, Л.; Энгельс, Т.; Шиллинг, К.; Гурбель, С.; Фишер, К.-Д.; Тедфорд, К.; Шравен, Б.; Гунзер, М.; Райхардт, П. (10 июня 2013 г.). «Мультимолекулярный анализ стабильных иммунологических синапсов показывает устойчивый набор и последовательную сборку сигнальных кластеров» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (9): 2551–2567. дои : 10.1074/mcp.M112.025205 . ПМЦ 3769330 . ПМИД 23754785 .
Рютце, Мартин; Галлинат, Стефан; Венк, Хорст; Депперт, Вольфганг; Нотт, Аня (2010). «Локализация эпидермальных стволовых клеток in situ с использованием нового подхода к картографии мультиэпитопных лигандов». Интегративная биология . 2 (5–6): 241–9. дои : 10.1039/b926147h . ПМИД 20535415 .
Сейдж, Линда (5 июня 2009 г.). «Молекулярное лицо рака простаты» . Журнал исследований протеома . 8 (6): 2616. дои : 10.1021/pr9003129 . ПМИД 19385645 .
Шмид, Ева М.; МакМахон, Харви Т. (23 августа 2007 г.). «Интеграция молекулярной и сетевой биологии для декодирования эндоцитоза». Природа . 448 (7156): 883–888. Бибкод : 2007Natur.448..883S . дои : 10.1038/nature06031 . ПМИД 17713526 . S2CID 4359776 .
Шуберт, Вальтер (2002). «Полимиозит, технология топологической протеомики и парадигма динамики клеточной инвазии» . Журнал теоретической медицины . 4 (1): 75–84. дои : 10.1080/10273660290015224 .
Шуберт, В. (2003). «Топологическая протеомика, топономика, МЭЛК-технология». Протеомика микроорганизмов . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Том. 83. стр. 189–209. дои : 10.1007/3-540-36459-5_8 . ISBN 978-3-540-00546-9 . ПМИД 12934931 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
Шуберт, Вальтер (апрель 2006 г.). «Цитомика в характеристике топономов: к биологическому коду клетки» . Цитометрия Часть А. 69А (4): 209–211. doi : 10.1002/cyto.a.20203 . ПМИД 16498673 . S2CID 42487389 .
Шуберт, Вальтер (март 2006 г.). «Исследование молекулярных сетей непосредственно в клетке» . Цитометрия Часть А. 69А (3): 109–112. дои : 10.1002/cyto.a.20234 . ПМИД 16496422 . S2CID 43428638 .
Шуберт, Вальтер (октябрь 2007 г.). «Нарушение биологического кода» . Цитометрия Часть А. 71А (10): 771–772. дои : 10.1002/cyto.a.20466 . ПМИД 17879221 . S2CID 43594438 .
Шуберт, Вальтер (15 сентября 2010 г.). «О происхождении функций клетки, закодированных в топономе». Журнал биотехнологии . 149 (4): 252–259. doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.03.009 . ПМИД 20362632 .
Шуберт, В. (2012). «Топоноанализ» в Лотшпайхе, Энгельс. Биоаналитика (3-е изд.). Спектр Гейдельберг. стр. 1139–1151. ISBN 978-3-8274-2942-1 .
Шуберт, Вальтер; Боде, Маркус; Хиллерт, Рейк; Круше, Андреас; Фриденбергер, Мануэла (апрель 2008 г.). «Топономика и нейротопономика: новый путь к медицинской системной биологии». Экспертное обозрение по протеомике . 5 (2): 361–369. дои : 10.1586/14789450.5.2.361 . ПМИД 18466063 . S2CID 26013277 .
Шуберт, Вальтер; Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Круше, Андреас; Хиллерт, Рейк (ноябрь 2008 г.). «Функциональная архитектура клеточного ядра: на пути к комплексным справочным топономным картам апоптоза» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1783 (11): 2080–2088. дои : 10.1016/j.bbamcr.2008.07.019 . ПМИД 18718492 .
Шуберт, В.; Фриденбергер, М.; Хаарс, Р.; Боде, М.; Филипсен, Л.; Натткемпер, Т.; Риттер, Х. (2002). «Автоматическое распознавание мышечно-инвазивных Т-лимфоцитов, экспрессирующих дипептидилпептидазу IV (CD26), и анализ связанных фенотипов клеточной поверхности» . Журнал теоретической медицины . 4 (1): 67–74. дои : 10.1080/10273660290015189 .
Шуберт, Вальтер; Гизелер, Энн; Круше, Андреас; Хиллерт, Рейк (5 июня 2009 г.). «Картирование топономов при раке простаты: обнаружение 2000 кластеров белков клеточной поверхности в одном срезе ткани и аннотация, специфичная для типа клеток, с использованием трехсимвольного кода». Журнал исследований протеома . 8 (6): 2696–2707. дои : 10.1021/pr800944f . ПМИД 19275201 .
Шуберт, Вальтер; Гизелер, Энн; Круше, Андреас; Серочка, Петр; Хиллерт, Рейк (июнь 2012 г.). «Биомаркеры нового поколения на основе 100-параметрической функциональной микроскопии сверхвысокого разрешения TIS». Новая биотехнология . 29 (5): 599–610. дои : 10.1016/j.nbt.2011.12.004 . ПМИД 22209707 .
Шуберт, В. (2013). «Топономика». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2191–2212. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_631 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
Шуберт, Вальтер (январь 2014 г.). «Систематическая пространственная визуализация больших мультимолекулярных ансамблей и возникающие принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах» . Журнал молекулярного распознавания . 27 (1): 3–18. дои : 10.1002/jmr.2326 . ПМК 4283051 . ПМИД 24375580 .
Шуберт, В.; де Вит, Северная Каролина; Уолден, П. (2013). «Системная биология рака» в Пеленгарисе, Хане. Молекулярная биология рака: мост от скамейки к постели (2-е изд.). Уайли-Блэквелл, Нью-Йорк. стр. 554–584. ISBN 978-1-118-02287-0 .

[ref1-1] Jump up to: ^а ^б Шуберт В. (1997) Автоматизированное устройство и способ измерения и идентификации молекул или их фрагментов. Европейский патент EP 0810428 B1 [см. также патент США Schubert W. 6150173 (2000); Патент Японии 3739528 (1998 г.)].

[ref2-2] Jump up to: ^а ^б Коттингем, Кэти (май 2008 г.). «Проект «Человеческий топоном | Человеческая протеинпедия» открыта для (бесплатного) бизнеса» . Журнал исследований протеома . 7 (5): 1806. doi : 10.1021/pr083701k .

[ref3-3] Jump up to: ^а ^б Шуберт, Вальтер; Боннеко, Бернд; Поммер, Ансгар Дж.; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Платье, Андреас В.М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природная биотехнология . 24 (10): 1270–1278. дои : 10.1038/nbt1250 . ПМИД 17013374 . S2CID 30436820 .

[ref4-4] Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Круше, Андреас; Шуберт, Вальтер (сентябрь 2007 г.). «Флуоресцентное обнаружение кластеров белков в отдельных клетках и срезах тканей с помощью системы топономной визуализации: процедуры подготовки проб и измерений». Протоколы природы . 2 (9): 2285–2294. дои : 10.1038/nprot.2007.320 . ПМИД 17853885 . S2CID 10987767 .

[ref5-5] Jump up to: ^а ^б Шуберт, В. «Прямое пространственное изображение случайно больших супермолекул с помощью циклической микроскопии TIS с неограниченным параметром» (PDF) . Международная конференция по микроскопии 2013 . Проверено 23 сентября 2013 г.

[ref6-6] Шуберт, В. (2014). «Систематическая пространственная визуализация больших мультимолекулярных ансамблей и возникающие принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах» . Журнал молекулярного распознавания . 27 (1): 3–18. дои : 10.1002/jmr.2326 . ПМК 4283051 . ПМИД 24375580 .

[ref7-7] Мичева Кристина Д.; Смит, Стивен Дж. (июль 2007 г.). «Матричная томография: новый инструмент для визуализации молекулярной архитектуры и ультраструктуры нейронных цепей» . Нейрон . 55 (1): 25–36. дои : 10.1016/j.neuron.2007.06.014 . ПМК 2080672 . ПМИД 17610815 .

[ref8-8] Гердес, MJ; Севинский, CJ; Суд, А.; Адак, С.; Белло, Миссури; Бордвелл, А.; Джан, А.; Корвин, А.; Динн, С.; Филкинс, Р.Дж.; Холлман, Д.; Камат, В.; Каанумалле, С.; Кенни, К.; Ларсен, М.; Лазар, М.; Ли, К.; Лоус, К.; Маккалок, CC; Макдонаф, Э.; Монтальто, MC; Панг, З.; Ритчер, Дж.; Сантамария-Панг, А.; Сарачан, Б.Д.; Сил, МЛ; Сеппо, А.; Шейх, К.; Суй, Ю.; Чжан, Дж.; Джинти, Ф. (1 июля 2013 г.). «Высокомультиплексный одноклеточный анализ фиксированной формалином и залитой в парафин раковой ткани» . Труды Национальной академии наук . 110 (29): 11982–11987. Бибкод : 2013PNAS..11011982G . дои : 10.1073/pnas.1300136110 . ПМЦ 3718135 . ПМИД 23818604 .

[ref9-9] Шуберт, В.; Платье, А.; Руонала, М.; Круще, А.; Хиллерт, Р.; Гизелер, А.; Уолден, П. (7 января 2014 г.). «Визуализирующая циклическая микроскопия» . Труды Национальной академии наук . 111 (2): Е215. Бибкод : 2014PNAS..111E.215S . дои : 10.1073/pnas.1319017111 . ПМЦ 3896151 . ПМИД 24398531 .

[ref10-10] Гердес, MJ (7 января 2014 г.). «Ответ Шуберту и др.: Относительно критики сильно мультиплексированных технологий» . Труды Национальной академии наук . 111 (2): Е216. Бибкод : 2014PNAS..111E.216G . дои : 10.1073/pnas.1319622111 . ПМК 3896205 . ПМИД 24571024 .

[ref11-11] Шуберт, Вальтер (июнь 2007 г.). «Трёхсимвольный код для организованных протеомов, основанный на циклическом отображении местоположений белков» . Цитометрия Часть А. 71А (6): 352–360. doi : 10.1002/cyto.a.20281 . ПМИД 17326231 . S2CID 3132423 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]