Джеймс А. Глейзер

Джеймс А. Глейзер
Джеймс А. Глейзер
Рожденный	Июнь 1962 г. (62 года)
Национальность	олень
Альма-матер	Чикагский университет
	Научная карьера
Учреждения	Университет Индианы
Диссертация	Динамика клеточных структур
Научные консультанты	Альберт Либчабер

Джеймс Александр Глейзер (родился 27 июня 1962 г.) ^{[ 1 ]} — биофизик и биоинженер, автор и педагог, наиболее известный своим вкладом в область многомасштабного моделирования, формирования структур и морфогенеза в биологических системах. Глейзер опубликовал множество статей в ведущих научных журналах, и его работа получила широкое признание в научном сообществе. ^{[ 2 ]} Он также оказал влияние на продвижение использования компьютерного моделирования и симуляции при изучении сложных биологических явлений. ^{[ 3 ]}

Ранняя жизнь и образование

Джеймс А. Глейзер родился в Кембридже, Массачусетс , 27 июня 1962 года в семье Иры А. Глейзер (экономиста и демографа) и Элейн А. Глейзер (психолога, а затем предпринимателя). (Нужна ссылка) Он рано проявил интерес к естественным наукам и математике, что побудило его получить степень бакалавра физики и математики в Гарвардском колледже . Позже он получил докторскую степень. получил степень доктора экспериментальной физики конденсированного состояния в Чикагском университете в 1989 году, где он работал под руководством профессора Альберта Дж. Либчабера , уделяя особое внимание хаотическим потокам в жидкостях и динамике укрупнения жидких пен. ^{[ 4 ]} Во время учебы в Чикагском университете он начал сотрудничество с доктором Гэри Грестом и доктором Дэвидом Сроловицем из Exxon Research, применяя модель Поттса для моделирования динамики укрупнения пены. ^{[ 5 ]} Его работа над пеной ^{[ 6 ]} привело к обширному сотрудничеству с известным теоретиком твердого тела профессором Денисом Вейром из Тринити-колледжа в Дублине. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Карьера

После защиты докторской степени Глейзер занимал постдокторскую должность в AT&T Bell Laboratories (1989–1991), где он прошел переподготовку в области экспериментальной нейробиологии развития под руководством доктора Дэвида В. Танка , а затем получил стипендию NSF/JSPS (1991–1993). ) в Научно-исследовательском институте электросвязи Университета Тохоку, Сендай, Япония, где он изучал регенерацию гидры и в сотрудничестве с доктором Франсуа Гранером разработал клеточную модель Поттса (CPM, также известную как модель Глейзера-Гранера-Хогевега , GGH) формализм для моделирования динамики клеток в биологических тканях. ^{[ 9 ]} В 1993 году он принял должность преподавателя физики в Университете Нотр-Дам . В 2002 году он перешел на факультет физики Университета Индианы , где основал Институт биокомплексности для продвижения междисциплинарных исследований биологических систем. Он занимал должности приглашенных преподавателей в Университете Западной Австралии , Университете Гренобля , Университете Тохоку, Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе и Калифорнийском университете в Санта-Барбаре.

Исследовательские интересы Глейзера лежат на стыке физики, биологии и информатики с упором на понимание фундаментальных принципов, управляющих организацией и динамикой живых систем. Его наиболее заметный вклад был в области многомасштабного моделирования тканей (виртуальные ткани), где он разработал модели, которые дали представление о ряде биологических явлений, таких как морфогенез, развитие тканей, развитие сосудов, заболевания развития, включая рак. ^{[ 10 ]} и поликистоз почек и токсикология. Он также проводил исследования по физике жидких пен. ^{[ 11 ]} турбулентность с высоким числом Рейнольдса в биологических онтологиях, в микрофлюидике и биосенсорах.

Glazier — один из ключевых разработчиков CompuCell3D , ^{[ 12 ]} программная платформа с открытым исходным кодом для моделирования поведения клеток в трехмерной среде на основе методологии CPM/GGH. CompuCell3D предназначен для моделирования клеточных биологических процессов, таких как развитие тканей, морфогенез и клеточная дифференциация. Как профессор и исследователь, доктор Глейзер сыграл значительную роль в разработке и применении CompuCell3D для различных биологических систем. Совсем недавно, с доктором Эндре Сомоджи. ^{[ 13 ]} и д-р Ти Джей Сего, он внес свой вклад в разработку среды моделирования виртуальных тканей Tissue Forge с открытым исходным кодом, основанной на методологиях центральной модели. Его работа способствовала развитию методов компьютерного моделирования и моделирования в области биофизики, биоинженерии, токсикологии и сложных систем.

Помимо своих исследований, Глейзер был активным участником научного сообщества. Он работал в редакционных советах журналов «Нелинейность» и «Бюллетень математической биологии» , а также в многочисленных комиссиях по рассмотрению грантов и консультативных комитетах. Он также участвовал в организации конференций и семинаров, направленных на развитие междисциплинарного сотрудничества между исследователями, изучающими сложные биологические системы, и организовал более 18 летних школ, обучающих методам многомасштабного моделирования широкому кругу студентов со всего мира. Он занимал должность председателя отдела биологической физики Американского физического общества. В 2020 году он стал соучредителем IMAG/MSM. ^{[ 14 ]} Рабочая группа по многомасштабному моделированию и вирусным пандемиям, ^{[ 15 ]} который обеспечивает форум для применения методологий моделирования для понимания инфекции и иммунного ответа. В 2023 году вместе с профессором Томасом Хеликаром из Университета Небраски , Линкольн, он стал соучредителем Глобального альянса по иммунному прогнозированию и вмешательству, целью которого является разработка медицинских цифровых двойников для оптимизации медицинской помощи конкретному пациенту. ^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Награды и почести

За свою карьеру Джеймс А. Глейзер получил множество наград за свои исследовательские достижения, будучи названным научным сотрудником Института физики (Лондон), Американского физического общества , ^{[ 18 ]} и Американская ассоциация содействия развитию науки . ^{[ 19 ]} Его работы широко цитировались в научной литературе и вдохновили многих исследователей в области биофизики и вычислительной биологии. Ему принадлежит 13 патентов в области биосенсоров, микрофлюидики, разработки лекарств и компьютерного моделирования.

Личная жизнь

Стекольщик с 2002 года живет с Джеймсом Фергюсоном (цитата), художником и фермером. Он предан опере в стиле барокко (он входил в совет директоров Бостонского фестиваля старинной музыки) и путешествиям, проявляя особый интерес к монгольской археологии.

Избранные публикации

«Доказательства против «сверхжесткой» тепловой турбулентности при очень высоких числах Рэлея», Джеймс А. Глейзер, Такехико Сегава, Антуан Наерт и Масаки Сано, Nature 398, 307-310, doi:10.1038/18626 (1999).
«Контактно-ингибированный хемотаксис в De Novo и рост прорастающих кровеносных сосудов», Роланд М.Х. Меркс, Эрика Д. Перрин, Аббас Ширинифард, Джеймс А. Глейзер, PLoS Computational Biology 4, e1000163, doi: 10.1371/journal.pcbi.1000163 ( 2008).
«Многоклеточная многомасштабная модель сегментации позвоночных и формирования сомитов», Сьюзен Д. Хестер, Хулио М. Бельмонте, Дж. Скотт Генс, Шерри Г. Кленденон, Джеймс А. Глейзер, PLoS Computational Biology 7, e1002155, doi: 10.1371/journal.pcbi.1002155 (2011).
«Многомасштабное моделирование тканей с использованием CompuCell3D». Мачей Х. Сват, Жилберто Л. Томас, Хулио М. Бельмонте, Аббас Ширинифард, Дмитрий Хмельяк, Джеймс А. Глейзер, в «Вычислительных методах в клеточной биологии», Ананд Р. Астагири, Адам П. Аркин, редакторы («Методы в клеточной биологии 110», Academic Press , США, 2012), с. 325-366, doi: 10.1016/B978-0-12-388403-9.00013-8.
«Сомиты без часов», Ана С. Диас, Ирен де Алмейда, Хулио М. Бельмонте, Джеймс А. Глейзер, Клаудио Д. Стерн, Science 343, 791–795, doi: 10.1126/science.1247575 (2014).
«Модульная структура для многомасштабного, многоклеточного, пространственно-временного моделирования острой первичной вирусной инфекции и иммунного ответа в эпителиальных тканях и ее применение для определения времени и эффективности лекарственной терапии», Т. Дж. Сего, Хосуа О. Апонте-Серрано, Джулиано Феррари-Джанлупи, Сэмюэл Р. Хипс, Кира Брайтаупт, Лутц Бруш, Джессика Кроушоу, Джеймс М. Осборн, Эллен М. Куардокус, Ричард К. Племпер, Джеймс А. Глейзер, PLoS Computational Biology 16: e1008451. doi:10.1371/journal.pcbi.1008451 (2020).

Ссылки

^ ОРЦИД 0000-0003-3634-190X
^ «Гугл Академика» .
^ «Мастерские» .
^ Стекольщик, Джеймс А.; Гросс, Стивен П.; Ставанс, Джоэл (1 июля 1987 г.). «Динамика двумерной мыльной пены». Физический обзор А. 36 (1): 306–312. Бибкод : 1987PhRvA..36..306G . дои : 10.1103/PhysRevA.36.306 . ПМИД 9898684 .
^ Стекольщик, Джеймс А.; Андерсон, Майкл П.; Грест, Гэри С. (декабрь 1990 г.). «Огрубление двумерной мыльной пены и модель большого Q Поттса: подробное сравнение». Философский журнал Б. 62 (6): 615–645. Бибкод : 1990PMagB..62..615G . дои : 10.1080/13642819008215259 .
^ «Нью-Йорк Таймс» . Нью-Йорк Таймс .
^ Стекольщик, Дж.А.; Вейре, Д. (24 февраля 1992 г.). «Кинетика клеточных закономерностей». Физический журнал: конденсированное вещество . 4 (8): 1867–1894. Бибкод : 1992JPCM....4.1867G . дои : 10.1088/0953-8984/4/8/004 .
^ Мэддокс, Джон (1989). [10.1038/338293a0 «Мыльные пузыри создают серьезную физику»]. Природа . 338 (6213): 293. Бибкод : 1989Natur.338..293M . дои : 10.1038/338293a0 . {{cite journal}}: Проверять |url= ценность ( помощь )
^ Гранер, Франсуа; Стекольщик, Джеймс А. (28 сентября 1992 г.). «Моделирование сортировки биологических клеток с использованием двумерной расширенной модели Поттса». Письма о физических отзывах . 69 (13): 2013–2016. Бибкод : 1992PhRvL..69.2013G . doi : 10.1103/PhysRevLett.69.2013 . ПМИД 10046374 .
^ Ширинифард, Аббас; Генс, Дж. Скотт; Зайтлен, Бенджамин Л.; Поплавский, Никодем Ю.; Сват, Мацей; Стекольщик, Джеймс А. (16 октября 2009 г.). «3D-многоклеточное моделирование опухолевого роста и ангиогенеза» . ПЛОС ОДИН 4 (10):e7 Бибкод : 2009PLoSO...4.7190S . дои : 10.1371/journal.pone.0007190 . ПМК 2760204 . ПМИД 19834621 .
^ Мэддокс, Джон (март 1989 г.). «Мыльные пузыри создают серьезную физику» . Природа . 338 (6213): 293. Бибкод : 1989Natur.338..293M . дои : 10.1038/338293a0 .
^ Исагирре, Дж.А.; Чатурведи, Р.; Хуанг, К.; Циковски, Т.; Коффленд, Дж.; Томас, Г.; Форгач, Г.; Альбер, М.; Хентшель, Г.; Ньюман, ЮАР; Стекольщик, Дж. А. (1 мая 2004 г.). «Compu Cell, мультимодельная основа для моделирования морфогенеза». Биоинформатика . 20 (7): 1129–1137. doi : 10.1093/биоинформатика/bth050 . ПМИД 14764549 .
^ Сомоджи, Эндре Т.; Коултер, Джеффри; Сан, Фанбо; Сауро, Герберт М.; Стекольщик, Джеймс А. (2021). «Интерактивное моделирование и моделирование в реальном времени в области биологической физики и активной материи с помощью механики». arXiv : 2105.02476 [ q-bio.SC ].
^ «Главная | Межведомственная группа моделирования и анализа» . www.imagwiki.nibib.nih.gov .
^ «Моделирование вирусных пандемий» .
^ Лаубенбахер, Рейнхард; Слука, Джеймс П.; Стекольщик, Джеймс А. (12 марта 2021 г.). «Использование цифровых двойников при вирусной инфекции» . Наука . 371 (6534): 1105–1106. Бибкод : 2021Sci...371.1105L . дои : 10.1126/science.abf3370 . ПМК 8170388 . ПМИД 33707255 .
^ «Строительство медицинского отсека «Звездный путь»» .
^ «Архив товарищей APS» .
^ «Американская ассоциация науки» .

Внешние ссылки

[1] ОРЦИД 0000-0003-3634-190X

[2] «Гугл Академика» .

[3] «Мастерские» .

[4] Стекольщик, Джеймс А.; Гросс, Стивен П.; Ставанс, Джоэл (1 июля 1987 г.). «Динамика двумерной мыльной пены». Физический обзор А. 36 (1): 306–312. Бибкод : 1987PhRvA..36..306G . дои : 10.1103/PhysRevA.36.306 . ПМИД 9898684 .

[5] Стекольщик, Джеймс А.; Андерсон, Майкл П.; Грест, Гэри С. (декабрь 1990 г.). «Огрубление двумерной мыльной пены и модель большого Q Поттса: подробное сравнение». Философский журнал Б. 62 (6): 615–645. Бибкод : 1990PMagB..62..615G . дои : 10.1080/13642819008215259 .

[6] «Нью-Йорк Таймс» . Нью-Йорк Таймс .

[7] Стекольщик, Дж.А.; Вейре, Д. (24 февраля 1992 г.). «Кинетика клеточных закономерностей». Физический журнал: конденсированное вещество . 4 (8): 1867–1894. Бибкод : 1992JPCM....4.1867G . дои : 10.1088/0953-8984/4/8/004 .

[8] Мэддокс, Джон (1989). [10.1038/338293a0 «Мыльные пузыри создают серьезную физику»]. Природа . 338 (6213): 293. Бибкод : 1989Natur.338..293M . дои : 10.1038/338293a0 . {{cite journal}}: Проверять |url= ценность ( помощь )

[9] Гранер, Франсуа; Стекольщик, Джеймс А. (28 сентября 1992 г.). «Моделирование сортировки биологических клеток с использованием двумерной расширенной модели Поттса». Письма о физических отзывах . 69 (13): 2013–2016. Бибкод : 1992PhRvL..69.2013G . doi : 10.1103/PhysRevLett.69.2013 . ПМИД 10046374 .

[10] Ширинифард, Аббас; Генс, Дж. Скотт; Зайтлен, Бенджамин Л.; Поплавский, Никодем Ю.; Сват, Мацей; Стекольщик, Джеймс А. (16 октября 2009 г.). «3D-многоклеточное моделирование опухолевого роста и ангиогенеза» . ПЛОС ОДИН 4 (10):e7 Бибкод : 2009PLoSO...4.7190S . дои : 10.1371/journal.pone.0007190 . ПМК 2760204 . ПМИД 19834621 .

[11] Мэддокс, Джон (март 1989 г.). «Мыльные пузыри создают серьезную физику» . Природа . 338 (6213): 293. Бибкод : 1989Natur.338..293M . дои : 10.1038/338293a0 .

[12] Исагирре, Дж.А.; Чатурведи, Р.; Хуанг, К.; Циковски, Т.; Коффленд, Дж.; Томас, Г.; Форгач, Г.; Альбер, М.; Хентшель, Г.; Ньюман, ЮАР; Стекольщик, Дж. А. (1 мая 2004 г.). «Compu Cell, мультимодельная основа для моделирования морфогенеза». Биоинформатика . 20 (7): 1129–1137. doi : 10.1093/биоинформатика/bth050 . ПМИД 14764549 .

[13] Сомоджи, Эндре Т.; Коултер, Джеффри; Сан, Фанбо; Сауро, Герберт М.; Стекольщик, Джеймс А. (2021). «Интерактивное моделирование и моделирование в реальном времени в области биологической физики и активной материи с помощью механики». arXiv : 2105.02476 [ q-bio.SC ].

[14] «Главная | Межведомственная группа моделирования и анализа» . www.imagwiki.nibib.nih.gov .

[15] «Моделирование вирусных пандемий» .

[16] Лаубенбахер, Рейнхард; Слука, Джеймс П.; Стекольщик, Джеймс А. (12 марта 2021 г.). «Использование цифровых двойников при вирусной инфекции» . Наука . 371 (6534): 1105–1106. Бибкод : 2021Sci...371.1105L . дои : 10.1126/science.abf3370 . ПМК 8170388 . ПМИД 33707255 .

[17] «Строительство медицинского отсека «Звездный путь»» .

[18] «Архив товарищей APS» .

[19] «Американская ассоциация науки» .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]