Отношения конформация-деятельность
В биохимии взаимосвязь конформация -активность это связь между биологической активностью и химической структурой или конформационными изменениями биомолекулы — . Эта терминология подчеркивает важность динамических конформационных изменений для биологической функции, а не важность статической трехмерной структуры, используемой при анализе взаимосвязей структура-активность . [1]
Конформационные изменения обычно происходят во время межмолекулярной ассоциации , такой как взаимодействие белок-белок или связывание белок-лиганд . Партнер по связыванию изменяет конформацию биомолекулы (например, белка), чтобы включить или отключить ее биохимическую активность.
Методы анализа взаимосвязи конформационной активности различаются in silico. [2] или использование экспериментальных методов, таких как рентгеновская кристаллография и ЯМР , где конформацию до и после активности можно сравнить статически, или использование динамических методов, таких как многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , интерферометрия двойной поляризации или круговой дихроизм , где кинетика, а также степень конформационные изменения могут быть оценены количественно.
Экспериментальные методы
[ редактировать ]Статический
[ редактировать ]Статические экспериментальные методы включают рентгеновскую кристаллографию и ЯМР .
Динамический
[ редактировать ]Динамические экспериментальные методы включают многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , интерферометрию двойной поляризации и круговой дихроизм .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тейлор, Р.Э.; Чен, Ю; Битти, А; Майлз, округ Колумбия; Чжоу, Ю (2003). «Взаимоотношения конформация-активность в натуральных продуктах из поликетидов: новый взгляд на рациональный дизайн аналогов эпотилона». Журнал Американского химического общества . 125 (1): 26–7. дои : 10.1021/ja028196l . ПМИД 12515494 .
- ^ Каротенуто, Альфонсо; Д'урси, Анна Мария; Мулиначчи, Барбара; Паолини, Илария; Лолли, Франческо; Папини, Анна Мария; Новеллино, Этторе; Роверо, Паоло (2006). «Взаимосвязь конформации и активности разработанных гликопептидов как синтетических зондов для обнаружения аутоантител, биомаркеров рассеянного склероза». Журнал медицинской химии . 49 (17): 5072–9. дои : 10.1021/jm060117j . ПМИД 16913697 .