UCbase

UCbase 2.0
Содержание
Описание	база данных ультраконсервативных последовательностей .
Организмы	Мудрый человек ; Мышиная мышца ; Раттус норвегикус
Контакт
Исследовательский центр	Университет штата Огайо
Лаборатория	Профессор Карло М. Кроче , доктор медицинских наук
Авторы	Профессор Кристиан Таччоли, доктор философии
Первичное цитирование	Таччоли, К. и др. (2014)
Дата выпуска	2014
Доступ
Веб-сайт	http://ucbase.unimore.it
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	6 месяцев

UCbase представляет собой базу данных ультраконсервативных последовательностей (UCR или UCE), которые были впервые описаны Bejerano, G. et al. ^{[ 2 ]} в 2004 году. Это высококонсервативные области генома, которые на 100% идентичны у человека, мыши и крысы. UCR представляют собой 481 последовательность длиной более 200 оснований. Они часто расположены в геномных регионах, вовлеченных в рак, дифференциально экспрессируются при лейкозах и карциномах человека и в некоторых случаях регулируются микроРНК. ^{[ 3 ]} Первый выпуск UCbase был опубликован Taccioli, C. et al. в 2009 году. ^{[ 4 ]} Недавние обновления включают в себя новую аннотацию на основе генома человека hg19, информацию о нарушениях, связанных с координатами хромосом с использованием классификации SNOMED CT , инструмент запроса для поиска SNP и новое текстовое поле для прямого запроса базы данных с помощью интерфейса MySQL. Более того, инструмент сравнения последовательностей позволяет исследователям сопоставлять выбранные последовательности с ультраконсервативными элементами, расположенными в геномных регионах, участвующих в конкретных заболеваниях. Чтобы облегчить интерактивную, визуальную интерпретацию хромосомных координат UCR, авторы реализовали функцию визуализации графиков UCbase, создав ссылку на браузер генома UCSC . UCbase 2.0 больше не предоставляет информацию о микроРНК (миРНК), фокусируясь только на UCR. Официальный выпуск UCbase 2.0 вышел в 2014 году. ^{[ 1 ]}

См. также

Сохранение последовательности

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Ломонако, Винченцо; Мартолья Р; Мандреоли Ф; Андерлуччи Л; Эммет В; Биччато С; Таччоли К. (январь 2009 г.). «UCbase 2.0: база данных ультраконсервативных последовательностей (обновление 2014 г.)» . Базы данных . 2014 : bau062. дои : 10.1093/база данных/bau062 . ПМК 4064129 . ПМИД 24951797 .
^ Беджерано, Джилл; Фазан М; Макунин И; Стивен С; Кент У.Дж.; Мэттик Дж.С.; Хаусслер Д. (май 2004 г.). «Ультраконсервативные элементы в геноме человека». Наука . 304 (5675): 1321–5. Бибкод : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . дои : 10.1126/science.1098119 . ПМИД 15131266 . S2CID 2790337 .
^ Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни С., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Э., Симидзу М., Тили Е., Росси С., Таччоли С., Пичиорри Ф., Лю Х., Зупо С. , Херлеа В., Грамантьери Л., Ланца Г., Алдер Х., Рассенти Л., Волиния С., Шмиттген Т.Д., Киппс Т.Дж., Негрини М., Кроче С.М. (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека» . Раковая клетка . 12 (3): 215–29. дои : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . ПМИД 17785203 .
^ Таччоли С., Фаббри Э., Визоне Р., Волиния С., Калин Г.А., Фонг Л.И., Гамбари Р., Боттони А., Акунзо М., Хаган Дж., Иорио М.В., Пиован С., Романо Г., Кроче С.М. (январь 2009 г.). «UCbase & miRfunc: база данных ультраконсервативных последовательностей и функций микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных): D41–8. дои : 10.1093/нар/gkn702 . ПМЦ 2686429 . ПМИД 18945703 .

Внешние ссылки

https://web.archive.org/web/20191109191155/http://ucbase.unimore.it/ (в архиве)
http://ultraconserved.org

[Taccioli2014-1] Jump up to: ^а ^б Ломонако, Винченцо; Мартолья Р; Мандреоли Ф; Андерлуччи Л; Эммет В; Биччато С; Таччоли К. (январь 2009 г.). «UCbase 2.0: база данных ультраконсервативных последовательностей (обновление 2014 г.)» . Базы данных . 2014 : bau062. дои : 10.1093/база данных/bau062 . ПМК 4064129 . ПМИД 24951797 .

[Bejerano-2] Беджерано, Джилл; Фазан М; Макунин И; Стивен С; Кент У.Дж.; Мэттик Дж.С.; Хаусслер Д. (май 2004 г.). «Ультраконсервативные элементы в геноме человека». Наука . 304 (5675): 1321–5. Бибкод : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . дои : 10.1126/science.1098119 . ПМИД 15131266 . S2CID 2790337 .

[Calin-3] Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни С., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Э., Симидзу М., Тили Е., Росси С., Таччоли С., Пичиорри Ф., Лю Х., Зупо С. , Херлеа В., Грамантьери Л., Ланца Г., Алдер Х., Рассенти Л., Волиния С., Шмиттген Т.Д., Киппс Т.Дж., Негрини М., Кроче С.М. (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека» . Раковая клетка . 12 (3): 215–29. дои : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . ПМИД 17785203 .

[Taccioli-4] Таччоли С., Фаббри Э., Визоне Р., Волиния С., Калин Г.А., Фонг Л.И., Гамбари Р., Боттони А., Акунзо М., Хаган Дж., Иорио М.В., Пиован С., Романо Г., Кроче С.М. (январь 2009 г.). «UCbase & miRfunc: база данных ультраконсервативных последовательностей и функций микроРНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 37 (Проблема с базой данных): D41–8. дои : 10.1093/нар/gkn702 . ПМЦ 2686429 . ПМИД 18945703 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]