✖


Jump to content

Ультраконсервативный элемент

Ультраконсервативный элемент (UCE) — это область генома , которая является общей для эволюционно далеких таксонов и практически не имеет различий между этими таксонами. Эти области и прилегающие к ним области (фланкирующая ДНК) полезны для отслеживания эволюционной истории групп организмов. [ 1 ] [ 2 ] Другой термин для ультраконсервативного элемента — ультраконсервативная область (UCR).

Термин «ультраконсервативный элемент» первоначально определялся как сегмент генома длиной более 200 пар оснований (п.н.), который является абсолютно консервативным, без вставок или делеций и со 100% идентичностью между ортологичными областями геномов человека, крысы и мыши. [ 3 ] [ 4 ] выявлен 481 из этих сегментов В геноме человека . [ 3 ] [ 4 ] Если исключить рибосомальную ДНК (области рДНК), их размер варьируется от 200 до 781 п.н. [ 4 ] UCE обнаружены на всех хромосомах человека , кроме 21 и Y. [ 5 ]

С момента его создания использование этого термина расширилось и теперь включает более отдаленные в эволюционном отношении виды или более короткие сегменты, например, 100 п.н. вместо 200 п.н. [ 3 ] [ 4 ] По некоторым определениям, сегменты не обязательно должны быть синтенными между видами. [ 3 ] Человеческие UCE также демонстрируют высокую степень сохранения более эволюционно далеких видов, таких как курица и фугу . [ 4 ] Из 481 выявленного UCE человека примерно 97% с высокой степенью идентичности соответствуют геному курицы, хотя только 4% генома человека могут быть надежно сопоставлены с геномом курицы. [ 4 ] Точно так же те же последовательности в геноме фугу на 68% идентичны UCE человека, несмотря на то, что геном человека надежно соответствует только 1,8% генома фугу. [ 4 ] часто является Несмотря на то, что ДНК некодирующей , [ 6 ] Было обнаружено, что некоторые ультраконсервативные элементы транскрипционно активны, продуцируя некодирующие молекулы РНК. [ 7 ]

Эволюция

[ редактировать ]

Первоначально исследователи предполагали, что идеальная сохранность этих длинных участков ДНК подразумевает эволюционную важность, поскольку эти регионы, по-видимому, подвергались сильному негативному (очищающему) отбору в течение 300–400 миллионов лет. [ 4 ] [ 6 ] [ 8 ] Совсем недавно это предположение было заменено двумя основными гипотезами: что UCE создаются за счет снижения уровня отрицательного отбора или за счет снижения уровня мутаций, также известного как «холодная точка» эволюции. [ 3 ] [ 4 ] Многие исследования проверяли обоснованность каждой гипотезы. Вероятность случайного обнаружения ультраконсервативных элементов (при нейтральной эволюции ) оценивается менее чем в 10 −22 в 2,9 миллиарда баз. [ 4 ] В подтверждение гипотезы холодных пятен было обнаружено, что UCE мутируют в 20 раз меньше, чем ожидалось в рамках консервативных моделей нейтральной скорости мутаций. [ 4 ] Эта кратная разница в частоте мутаций была одинаковой у людей, шимпанзе и кур. [ 4 ] Ультраконсервативные элементы не освобождаются от мутаций, о чем свидетельствует наличие 29 983 полиморфизмов в областях UCE сборки генома человека GRCh38 . [ 9 ] Однако затронутые фенотипы были вызваны только 112 из этих полиморфизмов , большинство из которых были расположены в кодирующих областях UCE. [ 9 ] Исследование, проведенное на мышах, показало, что удаление UCE из генома не создает очевидных вредных фенотипов, несмотря на удаление UCE вблизи промоторов и генов, кодирующих белки. [ 10 ] Пораженные мыши были фертильными, а целевые скрининги близлежащих кодирующих генов не выявили измененного фенотипа. [ 10 ] Отдельное исследование на мышах продемонстрировало, что ультраконсервативные энхансеры устойчивы к мутагенезу, и был сделан вывод, что идеальная консервативность последовательностей UCE не требуется для их функции, что предполагает еще одну причину согласованности последовательностей, помимо эволюционной важности. [ 11 ] человека Компьютерный анализ ультраконсервативных некодирующих элементов (UCNE) показал, что эти области обогащены AT-последовательностями и, как правило, бедны GC. [ 12 ] Однако было обнаружено, что UNCE обогащены CpG или сильно метилированы . [ 12 ] Это может указывать на то, что в структуре ДНК в этих регионах произошли некоторые изменения, способствующие их точному сохранению, но эта возможность не была подтверждена тестированием. [ 12 ]

Функция

[ редактировать ]

Часто ультраконсервативные элементы располагаются рядом с регуляторами транскрипции или генами развития, выполняющими такие функции, как усиление генов и регуляция сплайсинга . [ 3 ] [ 4 ] [ 13 ] Исследование, сравнивающее ультраконсервативные элементы у людей и японской рыбы-фугу Takifugu Rubripes, показало их важность в развитии позвоночных. [ 14 ] Двойной нокаут UCE вблизи гена ARX у мышей вызывал сморщивание гиппокампа в головном мозге, хотя эффект не был смертельным. [ 15 ] Некоторые UCE не транскрибируются и называются ультраконсервативными некодирующими элементами. [ 12 ] Однако многие UCR у человека широко транскрибируются. [ 7 ] Небольшое количество транскрибируемых, известных как транскрибируемые UCE (T-UCE), связано с карциномами и лейкозами человека . [ 7 ] Например, TUC338 сильно активируется в клетках гепатоцеллюлярной карциномы человека . [ 16 ] Действительно, на UCE часто влияет изменение числа копий в раковых клетках гораздо больше, чем в здоровых условиях, что позволяет предположить, что изменение количества копий T-UCE может быть вредным. [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]

Роль в заболеваниях человека

[ редактировать ]

Исследования показали, что T-UCR обладают тканеспецифичной экспрессией и дифференциальным профилем экспрессии между опухолями и другими заболеваниями. [ 5 ] В таблицах ниже показаны транскрипты и полиморфизмы внутри UCR, которые, как было показано, способствуют развитию заболеваний человека. [ 5 ] [ 9 ] Например, UCR имеют тенденцию накапливать меньше мутаций, чем фланкирующие сегменты, как в неопластических, так и в неопухолевых образцах от людей с наследственным неполипозным колоректальным раком . [ 20 ]

[ редактировать ]
Фактор миР/метилирования/транскрипта, связанный с T-UCR Болезнь Ссылки
миР-24-1/uc.160 Лейкемия Калин и др., 2007 г. [ 7 ]
миР-130б/uc.63 Простата КА Секино и др., 2017 [ 21 ]
миР-153/uc.416 Колоректальный и почечный КА Гото и др., 2016; [ 22 ] Секино и др., 2017 [ 21 ]
миР-155/uc.160 Желудочный КА Калин и др., 2007; [ 7 ] Панг и др., 2018 г. [ 23 ]
миР-155/uc346A Лейкемия Калин и др., 2007 г. [ 7 ]
мир-195/uc.283 Мочевой пузырь КА Лиз и др., 2014 г. [ 24 ]
миР-195, миР-4668/uc.372 Липидный обмен Го и др., 2018 г. [ 25 ]
мир-195/uc.173 Желудочно-кишечный тракт Сяо и др., 2018 г. [ 26 ]
миР-214/uc.276 Колоректальный КА Войчик и др., 2010 г. [ 27 ]
миР-291а-3п/uc.173 Нервная система В и др., 2016 г. [ 28 ]
миР-29б/uc.173 Желудочно-кишечный тракт JY Wang и др., 2018 г. [ 29 ]
миР-339-3п, миР-663б-3п, миР-95-5п/uc.339 Длинная Калифорния Ваннини и др., 2017 г. [ 30 ]
миР-596/uc.8 Мочевой пузырь КА Оливьери и др., 2016 г. [ 31 ]
Метилирование ДНК/uc.160, uc.283 и uc.346 Колоректальный КА Коттору и др., 2018 г. [ 32 ]
Метилирование ДНК/uc.158 + A, uc.160+, uc.241 + A, uc.283 + A, uc.346 + A Желудочный КА Гото и др., 2016; [ 22 ] Луджамбио и др., 2010 г. [ 21 ]
Фактор транскрипции SP1/uc.138 (TRA2β4) Колоректальный КА Каджита и др., 2016 г. [ 33 ]
Транскрипционный фактор YY1/uc.8 Мочевой пузырь КА Террери и др., 2016 г. [ 34 ]

Фенотипически-ассоциированные полиморфизмы внутри ультраконсервативных элементов

[ редактировать ]
Название полиморфизма Описание связанного фенотипа Источник
rs17105335 Боковой амиотрофический склероз Кронин и др. (2008) [ 35 ]
rs2020906 синдром Линча Хансен и др. (2014) [ 36 ]
rs10496382 Высота Чанг и др. (2012) [ 37 ]
rs13382811 Тяжелая близорукость Хор и др. (2013) [ 38 ]
rs104893634 Вертикальная таранная кость врожденная Доббс и др. (2006); [ 39 ] Шримптон и др. (2004) [ 39 ]
rs2307121 Толщина центральной роговицы Лу и др. (2013) [ 40 ]
рс587777277 Синдром атрофии зрительного нерва Боша-Бунстра-Шаафа Бош и др. (2014) [ 41 ]
рс587777275 Синдром атрофии зрительного нерва Боша-Бунстра-Шаафа Бош и др. (2014) [ 41 ]
рс587777274 Синдром атрофии зрительного нерва Боша-Бунстра-Шаафа Бош и др. (2014) [ 41 ]
рс387906239 Семейный аденоматозный полипоз 1 степени ослабления Соравия и др. (1999) [ 42 ]
rs3797704 Никакой связи с раком молочной железы Чанг и др. (2016) [ 43 ]
рс387906232 Семейный аденоматозный полипоз 1 Фодде и др. (1992) [ 44 ]
рс387906237 Семейный аденоматозный полипоз 1 степени ослабления Корт и др. (1998) [ 45 ]
рс121434591 Дистальная миопатия Сендерек и др. (2009) [ 13 ]
рс587777300 Боковой амиотрофический склероз 21 Джонсон и др. (2014) [ 46 ]
rs863223403 Синдром О-Клайна Ау и др. (2015) [ 47 ]
rs121917900 Синдром Кокейна Б Маллери и др. (1998) [ 48 ]
rs75462234 Папиллоренальный синдром Шимменти и др. (1999) [ 49 ]
rs77453353 Синдром почечной колобомы Амиэль и др. (2000) [ 50 ]
rs76675173 Папиллоренальный синдром Шимменти и др. (1997) [ 51 ]
рс587777708 Фокальный сегментарный гломерулосклероз 7 Баруа и др. (2014) [ 52 ]
rs11190870 Подростковый идиопатический сколиоз, связи с раком молочной железы нет. Четтье и др. (2015); [ 53 ] Гао и др. (2013); [ 54 ] Грауэр и др. (2015); [ 55 ] Цзян и др. (2013); [ 56 ] Лондон и др. (2014); [ 57 ] Мияке и др. (2013); [ 58 ] Шен и др. (2011); [ 59 ] Такахаши и др. (2011) [ 60 ]
rs724159963 Пероксисомальное заболевание жирной ацил-КоА-редуктазы 1 Бухер и др. (2014) [ 61 ]
rs16932455 Чувствительность к капецитабину О'Доннелл и др. (2012) [ 62 ]
rs997295 укачивание; ИМТ Из и др. (2015); [ 63 ] Го и др. (2013); [ 64 ] Хроматка и др. [ 65 ]
рс587777373 Врожденные пороки сердца множественных типов 4 Аль Турки и др. (2014) [ 66 ]
рс398123839 мышечная дистрофия Дюшенна Хофстра и др. (2004); [ 67 ] Робертс и др. (1992) [ 68 ]
rs863224976 Мышечная дистрофия Беккера Таффери-Жиро и др. (2005) [ 69 ]
рс132630295 Спастическая параплегия 2 Х-сцепленная Горман и др. (2007) [ 70 ]
рс132630287 Спастическая параплегия 2 Х-сцепленная Saugier-Veber et al. (1994) [ 71 ]
рс132630292 Атипичная болезнь Пелицеуса/Мерцбахера Ходес и др. (1997) [ 72 ]
рс137852350 Умственная отсталость Х-сцепленная 94 Ву и др. (2007) [ 73 ]
рс122459149 Мышечная дистрофия Эмери-Дрейфуса 6 Х-сцепленная Гено и др. (2009); [ 74 ] Кноблаух и др. (2010) [ 75 ]
rs122458141 Миопатия Х-сцепленная с атрофией постуральных мышц Шозер и др. (2009); [ 76 ] Виндпассинджер и др. (2008). [ 77 ]
rs786200914 Миопатия Х-сцепленная с атрофией постуральных мышц Шозер и др. (2009) [ 76 ]
рс267606811 Миопатия Х-сцепленная с атрофией постуральных мышц Виндпассинджер и др. (2008). [ 77 ]
rs62621672 Синдром Ретта (непатогенный вариант) Загоракова и др. (2007) [ 78 ]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Фэрклот, Британская Колумбия; МакКормак, Дж. Э.; Кроуфорд, Нью-Йорк; Харви, МГ; Брумфилд, RT; Гленн, TC (октябрь 2012 г.). «Ультраконсервативные элементы закрепляют тысячи генетических маркеров, охватывающих множество эволюционных временных рамок». Систематическая биология . 61 (5): 717–26. дои : 10.1093/sysbio/sys004 . ПМИД   22232343 .
  2. ^ Чжан, Ю. Майлз; Уильямс, Джейсон Л.; Лаки, Андреа (3 сентября 2019 г.). «Понимание UCE: комплексное руководство по использованию ультраконсервативных элементов для филогеномики членистоногих». Систематика и разнообразие насекомых . 3 (5). дои : 10.1093/isd/ixz016 .
  3. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Ренекер Дж., Лайонс Э., Конант Г.К., Пирес Дж.К., Фрилинг М., Шью Ч.Р., Коркин Д. (май 2012 г.). «Длинные идентичные многовидовые элементы в геномах растений и животных» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (19): E1183–E1191. дои : 10.1073/pnas.1121356109 . ПМЦ   3358895 . ПМИД   22496592 .
  4. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м Беджерано Г., Фазан М., Макунин И., Стивен С., Кент В.Дж., Маттик Дж.С., Хаусслер Д. (май 2004 г.). «Ультраконсервативные элементы в геноме человека». Наука . 304 (5675): 1321–1325. Бибкод : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX   10.1.1.380.9305 . дои : 10.1126/science.1098119 . ПМИД   15131266 . S2CID   2790337 .
  5. ^ Перейти обратно: а б с Перейра Самбальде Э., Матиас К., Родригес АС, де Соуза Фонсека Рибейру ЕМ, Фиори Градия Д, Калин Г.А., Карвалью де Оливейра Х (март 2020 г.). «Выделение транскрибируемых ультраконсервативных областей при заболеваниях человека». Междисциплинарные обзоры Wiley. РНК . 11 (2): e1567. дои : 10.1002/wrna.1567 . ПМИД   31489780 . S2CID   201844414 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Кацман С., Керн А.Д., Беджерано Г., Фьюэлл Г., Фултон Л., Уилсон Р.К. и др. (август 2007 г.). «Ультраконсервативные элементы генома человека являются ультраселектированными». Наука . 317 (5840): 915. Бибкод : 2007Sci...317..915K . дои : 10.1126/science.1142430 . ПМИД   17702936 . S2CID   35322654 .
  7. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни С. и др. (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека» . Раковая клетка . 12 (3): 215–229. дои : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . ПМИД   17785203 .
  8. ^ Сатирапонгсасути Дж. Ф., Сатира Н., Судзуки Ю., Хаттенхауэр С., Сугано С. (март 2011 г.). «Ультраконсервативные сегменты кДНК в транскриптоме человека проявляют устойчивость к сворачиванию и участвуют в трансляции и альтернативном сплайсинге» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (6): 1967–1979. дои : 10.1093/нар/gkq949 . ПМК   3064809 . ПМИД   21062826 .
  9. ^ Перейти обратно: а б с Хабич А., Маттик Дж.С., Калин Г.А., Крезе Р., Конц Дж., Куней Т. (ноябрь 2019 г.). «Генетические вариации ультраконсервативных элементов генома человека» . Омикс . 23 (11): 549–559. дои : 10.1089/omi.2019.0156 . ПМЦ   6857462 . ПМИД   31689173 .
  10. ^ Перейти обратно: а б Ахитув Н., Чжу Ю., Висел А., Холт А., Афзал В., Пеннаккио Л.А., Рубин Э.М. (сентябрь 2007 г.). «Удаление ультраконсервативных элементов дает жизнеспособных мышей» . ПЛОС Биология . 5 (9): е234. doi : 10.1371/journal.pbio.0050234 . ЧВК   1964772 . ПМИД   17803355 .
  11. ^ Снеткова В., Ипсиланти А.Р., Акияма Дж.А., Маннион Б.Дж., Плайзер-Фрик И., Новак К.С. и др. (апрель 2021 г.). «Ультраконсервативная функция энхансера не требует идеального сохранения последовательности» . Природная генетика . 53 (4): 521–528. дои : 10.1038/s41588-021-00812-3 . ПМК   8038972 . ПМИД   33782603 .
  12. ^ Перейти обратно: а б с д Федорова Л., Муляр О.А., Лим Дж., Федоров А. (ноябрь 2022 г.). «Нуклеотидный состав ультраконсервативных элементов показывает избыток GpC и истощение динуклеотидов GG и CC» . Гены . 13 (11): 2053. doi : 10.3390/genes13112053 . ПМЦ   9690913 . ПМИД   36360290 .
  13. ^ Перейти обратно: а б Сайгин Д., Табиб Т., Биттар Х.Э., Валензи Э., Сембрат Дж., Чан С.Ю. и др. (январь 2005 г.). «Транскрипционное профилирование популяций клеток легких при идиопатической легочной артериальной гипертензии» . Легочное кровообращение . 10 (1): е19. дои : 10.1371/journal.pbio.0030019 . ПМЦ   544543 . ПМИД   32166015 . Значок открытого доступа
  14. ^ Вулф А., Гудсон М., Гуд Д.К., Снелл П., МакИвен Г.К., Вавури Т. и др. (январь 2005 г.). «Высококонсервативные некодирующие последовательности связаны с развитием позвоночных» . ПЛОС Биология . 3 (1): e7. doi : 10.1371/journal.pbio.0030007 . ПМК   526512 . ПМИД   15630479 . Значок открытого доступа
  15. ↑ Элизабет Пенниси (2017) Таинственная неизменная ДНК обретает смысл в жизни , Наука , 2 июня 2017 г.]
  16. ^ Бракони С., Валери Н., Когуре Т., Гаспарини П., Хуанг Н., Нуово Г.Дж. и др. (январь 2011 г.). «Экспрессия и функциональная роль транскрибируемой некодирующей РНК с ультраконсервативным элементом при гепатоцеллюлярной карциноме» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (2): 786–791. Бибкод : 2011PNAS..108..786B . дои : 10.1073/pnas.1011098108 . ПМК   3021052 . ПМИД   21187392 .
  17. ^ МакКоул Р.Б., Фонсека С.Ю., Корен А., Ву CT (октябрь 2014 г.). «Аномальная дозировка ультраконсервативных элементов крайне нежелательна для здоровых клеток, но не для раковых» . ПЛОС Генетика . 10 (10): e1004646. дои : 10.1371/journal.pgen.1004646 . ПМК   4207606 . ПМИД   25340765 .
  18. ^ Дерти А., Рот Ф.П., генеральный директор Черча, Ву CT (октябрь 2006 г.). «Ультраконсервативные элементы млекопитающих сильно истощены среди сегментных дупликаций и вариантов числа копий». Природная генетика . 38 (10): 1216–1220. дои : 10.1038/ng1888 . ПМИД   16998490 . S2CID   10671674 .
  19. ^ Чан К.В., Дерти А., Шварц Д., Чжоу М.Ф., Хиршхорн Дж.Н., Ву КТ (декабрь 2008 г.). «Ультраконсервативные элементы: анализ чувствительности к дозировке, мотивы и границы» . Генетика . 180 (4): 2277–2293. doi : 10.1534/genetics.108.096537 . ПМК   2600958 . ПМИД   18957701 .
  20. ^ Де Грасси А., Сегала С., Яннелли Ф., Волорио С., Бертарио Л., Радиче П. и др. (январь 2010 г.). Хасти Н. (ред.). «Сверхглубокое секвенирование ультраконсервативной области человека выявляет соматическую и конституциональную геномную нестабильность» . ПЛОС Биология . 8 (1): e1000275. дои : 10.1371/journal.pbio.1000275 . ПМЦ   2794366 . ПМИД   20052272 .
  21. ^ Перейти обратно: а б с Секино Ю., Сакамото Н., Гото К., Хонма Р., Сигемацу Ю., Сентани К. и др. (ноябрь 2017 г.). «Транскрибируемая ультраконсервативная область Uc.63+ способствует устойчивости к доцетакселу посредством регуляции передачи сигналов андрогенных рецепторов при раке простаты» . Онкотаргет . 8 (55): 94259–94270. дои : 10.18632/oncotarget.21688 . ПМК   5706872 . ПМИД   29212226 .
  22. ^ Перейти обратно: а б Гото К., Исикава С., Хонма Р., Танимото К., Сакамото Н., Сентани К. и др. (июль 2016 г.). «Транскрибируемые ультраконсервативные области при раке простаты и желудка: гиперметилирование ДНК и регуляция, связанная с микроРНК» (PDF) . Онкоген . 35 (27): 3598–3606. дои : 10.1038/onc.2015.445 . ПМИД   26640143 . S2CID   8494774 .
  23. ^ Пан В., Су Дж., Ван Ю., Фэн Х., Дай Икс., Юань Ю. и др. (октябрь 2015 г.). «МиР-155, секретируемая раком поджелудочной железы, участвует в преобразовании нормальных фибробластов в ассоциированные с раком фибробласты» . Раковая наука . 106 (10): 1362–1369. дои : 10.1111/cas.12747 . ПМК   4638007 . ПМИД   26195069 .
  24. ^ Лиз Дж., Портела А., Солер М., Гомес А., Линг Х., Михлевски Г. и др. (июль 2014 г.). «Регуляция процессинга при-миРНК с помощью длинной некодирующей РНК, транскрибируемой из ультраконсервативной области» . Молекулярная клетка . 55 (1): 138–147. doi : 10.1016/j.molcel.2014.05.005 . ПМИД   24910097 .
  25. ^ Го Дж, Фан В, Сунь Л, Лу Ю, Доу Л, Хуан Икс и др. (февраль 2018 г.). «Ультраконсервативный элемент uc.372 стимулирует накопление липидов в печени путем подавления созревания миР-195/миР4668» . Природные коммуникации . 9 (1): 612. Бибкод : 2018NatCo...9..612G . дои : 10.1038/s41467-018-03072-8 . ПМК   5807361 . ПМИД   29426937 .
  26. ^ Сяо Л., Ву Дж., Ван Цзюй, Чунг Х.К., Калаконда С., Рао Дж.Н. и др. (февраль 2018 г.). «Длинная некодирующая РНК uc.173 способствует обновлению слизистой оболочки кишечника, вызывая деградацию микроРНК 195» . Гастроэнтерология . 154 (3): 599–611. дои : 10.1053/j.gastro.2017.10.009 . ПМЦ   5811324 . ПМИД   29042220 .
  27. ^ Войчик С.Е., Росси С., Симидзу М., Николосо М.С., Чиммино А., Олдер Х. и др. (февраль 2010 г.). «Вариации последовательности некодирующей РНК при хроническом лимфоцитарном лейкозе человека и колоректальном раке» . Канцерогенез . 31 (2): 208–215. дои : 10.1093/carcin/bgp209 . ПМК   2812567 . ПМИД   19926640 .
  28. ^ Нан А., Чжоу Х, Чен Л., Лю М., Чжан Н., Чжан Л. и др. (январь 2016 г.). «Транскрибируемая ультраконсервативная некодирующая РНК, Uc.173, является ключевой молекулой для ингибирования индуцированного свинцом апоптоза нейронов» . Онкотаргет . 7 (1): 112–124. дои : 10.18632/oncotarget.6590 . ПМК   4807986 . ПМИД   26683706 .
  29. ^ Ван Цзи, Цуй Ю.Х., Сяо Л., Чунг Х.К., Чжан Ю., Рао Дж.Н. и др. (июль 2018 г.). «Регуляция барьерной функции эпителия кишечника с помощью длинной некодирующей РНК uc.173 посредством взаимодействия с микроРНК 29b» . Молекулярная и клеточная биология . 38 (13): e00010–18. дои : 10.1128/MCB.00010-18 . ПМК   6002690 . ПМИД   29632078 .
  30. ^ Ваннини I, Wise PM, Challagundla KB, Plousiou M, Raffini M, Bandini E и др. (ноябрь 2017 г.). «Транскрибируемая ультраконсервативная область 339 способствует канцерогенезу путем модуляции микроРНК-супрессоров опухоли» . Природные коммуникации . 8 (1): 1801. Бибкод : 2017NatCo...8.1801V . дои : 10.1038/s41467-017-01562-9 . ПМЦ   5703849 . ПМИД   29180617 .
  31. ^ Оливьери М., Ферро М., Террери С., Дюрсо М., Романелли А., Авитабиле С. и др. (апрель 2016 г.). «Длинная некодирующая РНК, содержащая ультраконсервативную геномную область 8, способствует онкогенезу рака мочевого пузыря» . Онкотаргет . 7 (15): 20636–20654. дои : 10.18632/oncotarget.7833 . ПМЦ   4991481 . ПМИД   26943042 .
  32. ^ Коттору А.Е., Антонакопулу А.Г., Димитракопулос Ф.Д., Диамантопулу Г., Сириниан С., Калофону М. и др. (апрель 2018 г.). «Дерегуляция метилирования транскрибируемых ультраконсервативных областей при колоректальном раке и их значение для обнаружения аденом и аденокарцином» . Онкотаргет . 9 (30): 21411–21428. дои : 10.18632/oncotarget.25115 . ПМЦ   5940382 . ПМИД   29765549 .
  33. ^ Кадзита К., Кувано Ю., Сатаке Ю., Кано С., Курокава К., Акаике Ю. и др. (апрель 2016 г.). «Ультраконсервативный участок, содержащий трансформер 2β4, контролирует старение клеток рака толстой кишки» . Онкогенез . 5 (4): e2 дои : 10.1038/oncsis.2016.18 . ПМЦ   4848834 . ПМИД   27043659 .
  34. ^ Террери С., Дюрсо М., Колонна В., Романелли А., Терраччано Д., Ферро М. и др. (декабрь 2016 г.). «Новый слой перекрестных помех между ультраконсервативными некодирующими РНК, микроРНК и белком Polycomb YY1 при раке мочевого пузыря» . Гены . 7 (12): 127. doi : 10.3390/genes7120127 . ПМК   5192503 . ПМИД   27983635 .
  35. ^ Кронин С., Бергер С., Дин Дж., Шимик Дж.К., Вашачка Н., Эрнандес Д.Г. и др. (март 2008 г.). «Полногеномное исследование ассоциации спорадического БАС в однородной ирландской популяции» . Молекулярная генетика человека . 17 (5): 768–774. дои : 10.1093/hmg/ddm361 . ПМИД   18057069 .
  36. ^ Хансен М.Ф., Некманн У., Лавик Л.А., Волд Т., Гильде Б., Тофт Р.К., Сьюрсен В. (март 2014 г.). «Массовый параллельный процесс секвенирования для диагностического генетического тестирования генов восстановления несоответствия» . Молекулярная генетика и геномная медицина . 2 (2): 186–200. дои : 10.1002/mgg3.62 . ПМЦ   3960061 . ПМИД   24689082 .
  37. ^ Чан К.В., Лю К.Т., Леттре Дж., Ланге Л.А., Йоргенсен Н.В., Китинг Б.Дж. и др. (сентябрь 2012 г.). «Ультраконсервативные элементы в геноме человека: анализ ассоциации и передачи сильно ограниченных однонуклеотидных полиморфизмов» . Генетика . 192 (1): 253–266. дои : 10.1534/genetics.112.141945 . ПМК   3430540 . ПМИД   22714408 .
  38. ^ Хор С.С., Мияке М., Чен Л.Дж., Ши Ю, Барати В.А., Цяо Ф. и др. (декабрь 2013 г.). «Полногеномное исследование ассоциации идентифицирует ZFHX1B как локус предрасположенности к тяжелой близорукости» . Молекулярная генетика человека . 22 (25): 5288–5294. дои : 10.1093/hmg/ddt385 . ПМИД   23933737 .
  39. ^ Перейти обратно: а б Доббс М.Б., Гернетт К.А., Пирс Б., Экснер Г.Ю., Робардж Дж., Моркуэнде Дж.А. и др. (март 2006 г.). «Мутация HOXD10 M319K в семье с изолированной врожденной вертикальной таранной костью» . Журнал ортопедических исследований 24 (3): 448–453. дои : 10.1002/вс.20052 . ПМИД   16450407 . S2CID   28670628 .
  40. ^ Лу Ю., Витарт В., Бурдон К.П., Хор С.С., Быховская Ю., Миршахи А. и др. (февраль 2013 г.). «Общегеномный анализ ассоциаций идентифицирует множественные локусы, связанные с толщиной центральной части роговицы и кератоконусом» . Природная генетика . 45 (2): 155–163. дои : 10.1038/ng.2506 . ПМК   3720123 . ПМИД   23291589 .
  41. ^ Перейти обратно: а б с Бош Д.Г., Бунстра Ф.Н., Гонзага-Хореги С., Сюй М., де Лигт Дж., Джхангиани С. и др. (февраль 2014 г.). «Мутации NR2F1 вызывают атрофию зрительного нерва с умственной отсталостью» . Американский журнал генетики человека . 94 (2): 303–309. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.01.002 . ПМЦ   3928641 . ПМИД   24462372 .
  42. ^ Соравия С., Сагг С.Л., Берк Т., Митри А., Ченг Х., Галлинджер С. и др. (январь 1999 г.). «Рак щитовидной железы, связанный с семейным аденоматозным полипозом: клиническое, патологическое и молекулярно-генетическое исследование» . Американский журнал патологии . 154 (1): 127–135. дои : 10.1016/S0002-9440(10)65259-5 . ПМЦ   1853451 . ПМИД   9916927 .
  43. ^ Чанг Ю.С., Линь С.И., Ян С.Ф., Хо СМ, Чанг Дж.Г. (28 марта 2016 г.). «Анализ мутационного статуса гена аденоматозного полипоза coli (APC) при раке молочной железы» . Международная организация раковых клеток . 16:23 . дои : 10.1186/s12935-016-0297-2 . ПМЦ   4810512 . ПМИД   27028212 .
  44. ^ Фодде Р., ван дер Люйт Р., Вейнен Дж., Топс С., ван дер Клифт Х., ван Леувен-Корнелисс И. и др. (август 1992 г.). «Восемь новых инактивирующих мутаций зародышевой линии гена APC, выявленных с помощью электрофореза в денатурирующем градиентном геле». Геномика . 13 (4): 1162–1168. дои : 10.1016/0888-7543(92)90032-н . ПМИД   1324223 .
  45. ^ Curia MC, Esposito DL, Aceto G, Palmirotta R, Crognale S, Valanzano R и др. (1998). «Эффект дозировки транскрипта при семейном аденоматозном полипозе: модель, предложенная двумя родственниками с мутациями гена APC в экзоне 9». Человеческая мутация . 11 (3): 197–201. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(1998)11:3<197::AID-HUMU3>3.0.CO;2-F . ПМИД   9521420 . S2CID   7241178 .
  46. ^ Джонсон Дж.О., Пиоро Е.П., Берингер А., Чиа Р., Фейт Х., Рентон А.Е. и др. (май 2014 г.). «Мутации в гене Matrin 3 вызывают семейный боковой амиотрофический склероз» . Природная неврология . 17 (5): 664–666. дои : 10.1038/nn.3688 . ПМЦ   4000579 . ПМИД   24686783 .
  47. ^ Au PY, Ю Дж., Калусериу О., Шварцентрубер Дж., Маевски Дж., Бернье Ф.П. и др. (октябрь 2015 г.). «GeneMatcher помогает идентифицировать новый синдром порока развития с умственной отсталостью, уникальными дисморфизмами лица, а также аномалиями скелетной и соединительной ткани, вызванными вариантами de novo HNRNPK» . Человеческая мутация . 36 (10): 1009–1014. дои : 10.1002/humu.22837 . ПМК   4589226 . ПМИД   26173930 .
  48. ^ Маллери Д.Л., Танганелли Б., Колелла С., Стейнгримсдоттир Х., ван Гул А.Дж., Троелстра С. и др. (январь 1998 г.). «Молекулярный анализ мутаций гена CSB (ERCC6) у пациентов с синдромом Коккейна» . Американский журнал генетики человека . 62 (1): 77–85. дои : 10.1086/301686 . ПМК   1376810 . ПМИД   9443879 .
  49. ^ Шимменти Л.А., Шим Х.Х., Виртшафтер Дж.Д., Панзарино В.А., Каштан К.Э., Киркпатрик С.Дж. и др. (1999). «Гомонуклеотидные мутации расширения и сокращения PAX2 и включение порока развития Киари 1 как часть синдрома почечной колобомы» . Человеческая мутация . 14 (5): 369–376. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(199911)14:5<369::AID-HUMU2>3.0.CO;2-E . ПМИД   10533062 . S2CID   25564812 .
  50. ^ Амиэль Дж., Одоллент С., Жоли Д., Дюро П., Саломон Р., Телье А.Л. и др. (ноябрь 2000 г.). «Мутации PAX2 при синдроме почечной колобомы: мутационная горячая точка и зародышевый мозаицизм» . Европейский журнал генетики человека . 8 (11): 820–826. дои : 10.1038/sj.ejhg.5200539 . ПМИД   11093271 . S2CID   30359554 .
  51. ^ Шимменти Л.А., Канлифф Х.Э., Макно Л.А., Уорд Т.А., Френч М.С., Шим Х.Х. и др. (апрель 1997 г.). «Дальнейшее определение синдрома почечной колобомы у пациентов с крайней вариабельностью фенотипа и идентичными мутациями PAX2» . Американский журнал генетики человека . 60 (4): 869–878. ПМК   1712484 . ПМИД   9106533 .
  52. ^ Баруа М., Стеллаччи Е., Стелла Л., Вейнс А., Дженовезе Г., Муто В. и др. (сентябрь 2014 г.). «Мутации в PAX2, связанные с ФСГС у взрослых» . Журнал Американского общества нефрологов . 25 (9): 1942–1953. дои : 10.1681/ASN.2013070686 . ПМК   4147972 . ПМИД   24676634 .
  53. ^ Четтье Р., Нельсон Л., Огилви Дж.В., Альбертсен Х.М., Уорд К. (12 февраля 2015 г.). Фанг С. (ред.). «Гаплотипы LBX1 имеют различные модели наследования с противоположными эффектами при идиопатическом сколиозе у подростков» . ПЛОС ОДИН . 10 (2): e0117708. Бибкод : 2015PLoSO..1017708C . дои : 10.1371/journal.pone.0117708 . ПМЦ   4326419 . ПМИД   25675428 .
  54. ^ Гао В., Пэн Ю., Лян Г., Лян А., Е В., Чжан Л. и др. (04.01.2013). «Связь между распространенными вариантами, близкими к LBX1, и подростковым идиопатическим сколиозом, воспроизведенная в китайской популяции хань» . ПЛОС ОДИН . 8 (1): e53234. Бибкод : 2013PLoSO...853234G . дои : 10.1371/journal.pone.0053234 . ПМЦ   3537668 . ПМИД   23308168 .
  55. ^ Грауэрс А., Ван Дж., Эйнарсдоттир Е., Симони А., Дэниелссон А., Окессон К. и др. (октябрь 2015 г.). «Анализ гена-кандидата и секвенирование экзома подтверждают, что LBX1 является геном предрасположенности к идиопатическому сколиозу». Журнал позвоночника . 15 (10): 2239–2246. дои : 10.1016/j.spinee.2015.05.013 . hdl : 10616/44765 . ПМИД   25987191 .
  56. ^ Цзян Х, Цю Икс, Дай Дж, Ян Х, Чжу Цзы, Цянь Б, Цю Ю (февраль 2013 г.). «Ассоциация rs11190870 рядом с LBX1 с предрасположенностью подростков к идиопатическому сколиозу у ханьской популяции» . Европейский журнал позвоночника . 22 (2): 282–286. дои : 10.1007/s00586-012-2532-4 . ПМЦ   3555620 . ПМИД   23096252 .
  57. ^ Лондоно Д., Коу И., Джонсон Т.А., Шарма С., Огура Ю., Цунода Т. и др. (июнь 2014 г.). «Метаанализ выявил ассоциацию подросткового идиопатического сколиоза с локусом LBX1 в нескольких этнических группах». Журнал медицинской генетики . 51 (6): 401–406. doi : 10.1136/jmedgenet-2013-102067 . ПМИД   24721834 . S2CID   23646905 .
  58. ^ Мияке А., Коу И., Такахаси Ю., Джонсон Т.А., Огура Ю., Дай Дж. и др. (04 сентября 2013 г.). «Идентификация локуса предрасположенности к тяжелому подростковому идиопатическому сколиозу на хромосоме 17q24.3» . ПЛОС ОДИН . 8 (9): е72802. Бибкод : 2013PLoSO...872802M . дои : 10.1371/journal.pone.0072802 . ПМЦ   3762929 . ПМИД   24023777 .
  59. ^ Цзян Ю, Бен Ц, Шен Х, Лу В, Чжан Ю, Чжу Дж (ноябрь 2011 г.). «Сахарный диабет, заболеваемость и смертность от колоректального рака: систематический обзор и метаанализ когортных исследований». Европейский журнал эпидемиологии . 26 (11): 863–876. дои : 10.1007/s10654-011-9617-y . ПМИД   21938478 . S2CID   99605 .
  60. ^ Такахаши Ю., Коу И., Такахаши А., Джонсон Т.А., Коно К., Каваками Н. и др. (октябрь 2011 г.). «Полногеномное исследование ассоциации выявило распространенные варианты рядом с LBX1, связанные с подростковым идиопатическим сколиозом». Природная генетика . 43 (12): 1237–1240. дои : 10.1038/ng.974 . ПМИД   22019779 . S2CID   7533298 .
  61. ^ Бушерт Р., Тавами Х., Смит С., Уэбе С., Иннес А.М., Эл Халлак Б. и др. (ноябрь 2014 г.). «Пероксисомальное заболевание, вызывающее тяжелую умственную отсталость, эпилепсию и катаракту, вызванное дефицитом жирной ацил-КоА-редуктазы 1» . Американский журнал генетики человека . 95 (5): 602–610. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.10.003 . ПМЦ   4225589 . ПМИД   25439727 .
  62. ^ О'Доннелл П.Х., Старк А.Л., Гамазон Э.Р., Уиллер Х.Э., Макилви Б.Е., Горсик Л. и др. (август 2012 г.). «Идентификация новых полиморфизмов зародышевой линии, регулирующих чувствительность к капецитабину» . Рак . 118 (16): 4063–4073. дои : 10.1002/cncr.26737 . ПМЦ   3413892 . ПМИД   22864933 .
  63. ^ Де Р., Верма С.С., Дренос Ф., Холцингер Э.Р., Холмс М.В., Холл М.А. и др. (июнь 2015 г.). «Идентификация межгенных взаимодействий, которые тесно связаны с индексом массы тела, с использованием количественного многофакторного уменьшения размерности (QMDR)» . Добыча биоданных . 8 (1): 41. дои : 10.1186/s13040-015-0074-0 . ПМЦ   4678717 . ПМИД   26674805 .
  64. ^ Го Ю, Лэнктри М.Б., Тейлор К.К., Хаконарсон Х., Ланге Л.А., Китинг Б.Дж. (январь 2013 г.). «Геноцентрический метаанализ 108 912 человек подтверждает известные локусы индекса массы тела и выявляет три новых сигнала» . Молекулярная генетика человека . 22 (1): 184–201. дои : 10.1093/hmg/dds396 . ПМЦ   3522401 . ПМИД   23001569 .
  65. ^ Хроматка Б.С., Тунг Дж.Ю., Кифер А.К., До CB, Хиндс Д.А., Эрикссон Н. (май 2015 г.). «Генетические варианты, связанные с морской болезнью, указывают на роль в развитии внутреннего уха, неврологических процессах и гомеостазе глюкозы» . Молекулярная генетика человека . 24 (9): 2700–2708. дои : 10.1093/hmg/ddv028 . ПМЦ   4383869 . ПМИД   25628336 .
  66. ^ Аль Турки С., Маникарадж А.К., Мерсер К.Л., Герети С.С., Хитц М.П., ​​Линдси С. и др. (апрель 2014 г.). «Редкие варианты NR2F2 вызывают врожденные пороки сердца у людей» . Американский журнал генетики человека . 94 (4): 574–585. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.03.007 . ПМЦ   3980509 . ПМИД   24702954 .
  67. ^ Хофстра Р.М., Малдер И.М., Воссен Р., де Конинг-Ганс П.А., Краак М., Гиндьяар И.Б. и др. (январь 2004 г.). «Сканирование цельных мутаций гена дистрофина на основе DGGE у пациентов с мышечной дистрофией Дюшенна и Беккера» . Человеческая мутация . 23 (1): 57–66. дои : 10.1002/humu.10283 . ПМИД   14695533 . S2CID   36020079 .
  68. ^ Робертс Р.Г., Бобров М., Бентли Д.Р. (март 1992 г.). «Точечные мутации в гене дистрофина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2331–2335. Бибкод : 1992PNAS...89.2331R . дои : 10.1073/pnas.89.6.2331 . ПМК   48651 . ПМИД   1549596 .
  69. ^ Таффери-Жиро С., Саке С., Торель Д., Диссет А., Ривье Ф., Малкольм С., Клаустр М. (декабрь 2005 г.). «Спектр мутаций, приводящий к ослабленному фенотипу при дистрофинопатиях» . Европейский журнал генетики человека . 13 (12): 1254–1260. дои : 10.1038/sj.ejhg.5201478 . ПМИД   16077730 . S2CID   22585201 .
  70. ^ Горман М.П., ​​Голомб М.Р., Уолш Л.Е., Хобсон Г.М., Гарберн Дж.Ю., Кинкель Р.П. и др. (апрель 2007 г.). «Стероид-зависимые неврологические рецидивы у ребенка с мутацией протеолипидного белка-1». Неврология . 68 (16): 1305–1307. дои : 10.1212/01.wnl.0000259522.49388.53 . ПМИД   17438221 . S2CID   45639125 .
  71. ^ Сожер-Вебер П., Мюнних А., Бонно Д., Розе Ж.М., Ле Меррер М., Жиль Р., Боспфлюг-Танги О. (март 1994 г.). «Х-сцепленная спастическая параплегия и болезнь Пелицеуса-Мерцбахера представляют собой аллельные нарушения в локусе протеолипидного белка». Природная генетика . 6 (3): 257–262. дои : 10.1038/ng0394-257 . ПМИД   8012387 . S2CID   13607673 .
  72. ^ Ходс М.Э., Бланк К.А., Пратт В.М., Моралес Дж., Нэпьер Дж., Длоуи С.Р. (март 1997 г.). «Нонсенс-мутация в экзоне 3 гена протеолипидного белка (PLP) в семье с необычной формой болезни Пелицеуса-Мерцбахера» . Американский журнал медицинской генетики . 69 (2): 121–125. doi : 10.1002/(SICI)1096-8628(19970317)69:2<121::AID-AJMG2>3.0.CO;2-S . ПМИД   9056547 .
  73. ^ Ву Ю, Арай А.С., Рамбо Г., Шривастава А.К., Тернер Г., Хаяши Т. и др. (ноябрь 2007 г.). «Мутации в ионотропном рецепторе AMPA 3 изменяют свойства каналов и связаны с умеренными когнитивными нарушениями у людей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (46): 18163–18168. Бибкод : 2007PNAS..10418163W . дои : 10.1073/pnas.0708699104 . ПМК   2084314 . ПМИД   17989220 .
  74. ^ Гено Л., Бертран А.Т., Джаис Дж.П., Салих М.А., Стойкович Т., Венерт М. и др. (сентябрь 2009 г.). «Мутации гена FHL1 вызывают мышечную дистрофию Эмери-Дрейфуса» . Американский журнал генетики человека . 85 (3): 338–353. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.07.015 . ПМЦ   2771595 . ПМИД   19716112 .
  75. ^ Кноблаух Х., Гейер С., Адамс С., Бадд Б., Рудольф А., Захариас У. и др. (январь 2010 г.). «Контрактуры и гипертрофическая кардиомиопатия при новой мутации FHL1». Анналы неврологии . 67 (1): 136–140. дои : 10.1002/ana.21839 . ПМИД   20186852 . S2CID   30441775 .
  76. ^ Перейти обратно: а б Шозер Б., Гебель Х.Х., Яниш И., Квастхофф С., Ротер Дж., Бергманн М. и др. (август 2009 г.). «Последствия мутаций на С-конце гена FHL1». Неврология . 73 (7): 543–551. дои : 10.1212/WNL.0b013e3181b2a4b3 . ПМИД   19687455 . S2CID   13107330 .
  77. ^ Перейти обратно: а б Windpassinger C, Schoser B, Straub V, Hochmeister S, Noor A, Lohberger B и др. (январь 2008 г.). «Х-сцепленная миопатия с атрофией постуральных мышц и генерализованной гипертрофией, называемая XMPMA, вызвана мутациями в FHL1» . Американский журнал генетики человека . 82 (1): 88–99. дои : 10.1016/j.ajhg.2007.09.004 . ПМК   2253986 . ПМИД   18179888 .
  78. ^ Заоракова Д., Росипал Р., Хадак Дж., Зумрова А., Бздуч В., Мисовикова Н. и др. (2007). «Мутационный анализ гена MECP2 у пациентов славянского происхождения с синдромом Ретта: новые мутации и полиморфизмы» . Журнал генетики человека . 52 (4): 342–348. дои : 10.1007/s10038-007-0121-x . ПМИД   17387578 . S2CID   7962500 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ultraconserved_element&oldid=1229317272"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 53c9aef3671439065e7e3f0cd647cbdb__1718500080
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/53/db/53c9aef3671439065e7e3f0cd647cbdb.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Ultraconserved element - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)