ПроБис

ПроБис
Разработчик(и)	Insilab (Национальный институт химии Словении)
Первоначальный выпуск	2010 г .; 14 лет назад
Написано в	С++ , JavaScript , PHP
Операционная система	Unix-подобный , Windows
Тип	Веб-сервер , плагин , алгоритм , база данных
Веб-сайт	тест .см .к .и

ProBiS — это компьютерное программное обеспечение , которое позволяет прогнозировать места связывания и соответствующие им лиганды для заданной структуры белка. Первоначально ProBiS был разработан как алгоритм ProBiS Янезом Концем и Душанкой Янежич в 2010 году. ^{[ 1 ]} и теперь доступен как сервер ProBiS, сервер ProBiS CHARMMing, алгоритм ProBiS и плагин ProBiS. Название ProBiS происходит от цели самого программного обеспечения, а именно прогнозирования для данной и связывания им соответствующих структуры белка сайтов лигандов.

Описание

Программное обеспечение ProBiS началось как алгоритм ProBiS, который обнаруживает структурно схожие сайты на поверхностях белков путем выравнивания локальной структуры поверхности с использованием быстрого алгоритма максимальной клики . За алгоритмом ProBiS следовал сервер ProBiS, который обеспечивает доступ к программе ProBiS, которая обнаруживает сайты связывания белков на основе локальных структурных выравниваний. Доступны два сервера ProBiS: сервер ProBiS и сервер ProBiS CHARMMing. Последний объединяет серверы ProBiS и CHARMMing в один функциональный блок, позволяющий прогнозировать белково-лигандные комплексы, оптимизировать их геометрию и рассчитывать энергию взаимодействия. Сервер ProBiS CHARMMing с этими дополнительными функциями можно использовать только в Национальных институтах здравоохранения США. В остальном он действует как обычный сервер ProBiS. плагин ProBiS PyMOL и плагин ProBiS UCSF Chimera Кроме того , были созданы . Оба плагина подключены через Интернет к недавно подготовленной базе данных предварительно рассчитанных сравнений сайтов связывания, что позволяет быстро прогнозировать сайты связывания в существующих белках из банка данных белков. Они позволяют просматривать предсказанные сайты связывания и положения лигандов в трехмерной графике.

Инструменты для создания протеиновых сайтов

Обнаружение структурно схожих сайтов связывания: Этот инструмент принимает в качестве входных данных белок запроса или сайт связывания. Алгоритм ProBiS структурно сравнивает запрос независимо от последовательности или складки с базой данных неизбыточных белковых структур. Результатом работы этого инструмента является белок трехмерного запроса, окрашенный в зависимости от степени структурной консервативности от синего (неконсервативного) до красного (структурно консервативного) в программе просмотра Jmol, а также таблица подобных белков.
Попарное локальное структурное выравнивание: Этот инструмент принимает в качестве входных данных два белка или сайта связывания. Алгоритм ProBiS сравнивает структуры на основе геометрии, а также физико-химических свойств и возвращает их локальное структурное выравнивание.
Веб-сервер ProBiS Веб-службы RESTful: Веб-сервер ProBiS оснащен веб-сервисами RESTful (передача репрезентативного состояния), которые позволяют легко получить доступ к сходству сайтов связывания и локальному парному выравниванию для любой белковой структуры PDB из любого сценария.
Доступ к базе данных ProBiS: Доступ к базе данных ProBiS можно получить непосредственно с сервера ProBiS (CHARMMing), виджета базы данных ProBiS, который можно включить в любую веб-страницу для обеспечения доступа к базе данных ProBiS, или веб-служб RESTful, которые делают базу данных ProBiS легко доступной из любого места. сценарий.

История

Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания (март 2010 г.) ^{[ 1 ]}
ProBiS: веб-сервер для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков (февраль 2010 г.). ^{[ 2 ]}
База данных ProBiS: предварительно рассчитанные сходства сайтов привязки и локальные попарные выравнивания структур Pdb (декабрь 2011 г.) ^{[ 3 ]}
ПроБиС - 2012: Веб-сервер и веб-сервисы для обнаружения структурно сходных сайтов связывания в белках (февраль 2012 г.) ^{[ 4 ]}
Parallel-ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения белковых структур и сайтов связывания (март 2012 г.) ^{[ 5 ]}
ProBiS-лиганды: веб-сервер для прогнозирования лигандов путем исследования сайтов связывания белков (февраль 2014 г.) ^{[ 6 ]}
ProBiS-Charmming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов в сайтах связывания белков (август 2015 г.) ^{[ 7 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания» . Биоинформатика . 26 (9): 1160–1168. doi : 10.1093/биоинформатика/btq100 . ПМЦ 2859123 . ПМИД 20305268 .
^ Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «ProBiS: Веб-сервер для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W436–W440. дои : 10.1093/nar/gkq479 . ПМК 2896105 . ПМИД 20504855 .
^ Томо Чесник; Джоанна Триковска Конц; Матей Пенча; Душанка Янежич (2012). «База данных ProBiS: предварительно рассчитанные сходства сайтов привязки и локальные попарные выравнивания структур Pdb» . Журнал химической информации и моделирования . 52 (2): 604–612. дои : 10.1021/ci2005687 . ПМК 3287116 . ПМИД 22268964 .
^ Янез Конц; Душанка Янежич (2012). «ПроБиС-2012: Веб-сервер и веб-сервисы для обнаружения структурно сходных сайтов связывания в белках» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W214–21. дои : 10.1093/nar/gks435 . ПМЦ 3394329 . ПМИД 22600737 .
^ Янез Конц; Матьяз Деполли; Римская труба; Кати Розман; Душанка Янежич (2012). «Parallel-ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения белковых структур и сайтов связывания» (PDF) . Журнал вычислительной химии . 33 (27): 2199–2203. дои : 10.1002/jcc.23048 . ПМИД 22718529 . S2CID 12067419 .
^ Янез Конц; Душанка Янежич (2014). «ProBiS-лиганды: веб-сервер для прогнозирования лигандов путем исследования сайтов связывания белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (проблема с веб-сервером): W215–20. дои : 10.1093/нар/gku460 . ПМК 4086080 . ПМИД 24861616 .
^ Янез Конц; Бенджамин Т. Миллер; Таня Штулар; Только фундук; Х. Ли Вудкок; Бернард Р. Брукс; Душанка Янежич (2015). «ProBiS-Charming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов в сайтах связывания белков» . Журнал химической информации и моделирования . 55 (11): 2308–2314. doi : 10.1021/acs.jcim.5b00534 . ПМЦ 8725999 . ПМИД 26509288 .

Внешние ссылки

ПроБиС сервер

[Konc2010-1] Jump up to: ^а ^б Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания» . Биоинформатика . 26 (9): 1160–1168. doi : 10.1093/биоинформатика/btq100 . ПМЦ 2859123 . ПМИД 20305268 .

[2] Янез Конц; Душанка Янежич (2010). «ProBiS: Веб-сервер для обнаружения структурно сходных сайтов связывания белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W436–W440. дои : 10.1093/nar/gkq479 . ПМК 2896105 . ПМИД 20504855 .

[3] Томо Чесник; Джоанна Триковска Конц; Матей Пенча; Душанка Янежич (2012). «База данных ProBiS: предварительно рассчитанные сходства сайтов привязки и локальные попарные выравнивания структур Pdb» . Журнал химической информации и моделирования . 52 (2): 604–612. дои : 10.1021/ci2005687 . ПМК 3287116 . ПМИД 22268964 .

[4] Янез Конц; Душанка Янежич (2012). «ПроБиС-2012: Веб-сервер и веб-сервисы для обнаружения структурно сходных сайтов связывания в белках» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W214–21. дои : 10.1093/nar/gks435 . ПМЦ 3394329 . ПМИД 22600737 .

[5] Янез Конц; Матьяз Деполли; Римская труба; Кати Розман; Душанка Янежич (2012). «Parallel-ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения белковых структур и сайтов связывания» (PDF) . Журнал вычислительной химии . 33 (27): 2199–2203. дои : 10.1002/jcc.23048 . ПМИД 22718529 . S2CID 12067419 .

[6] Янез Конц; Душанка Янежич (2014). «ProBiS-лиганды: веб-сервер для прогнозирования лигандов путем исследования сайтов связывания белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (проблема с веб-сервером): W215–20. дои : 10.1093/нар/gku460 . ПМК 4086080 . ПМИД 24861616 .

[7] Янез Конц; Бенджамин Т. Миллер; Таня Штулар; Только фундук; Х. Ли Вудкок; Бернард Р. Брукс; Душанка Янежич (2015). «ProBiS-Charming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов в сайтах связывания белков» . Журнал химической информации и моделирования . 55 (11): 2308–2314. doi : 10.1021/acs.jcim.5b00534 . ПМЦ 8725999 . ПМИД 26509288 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]