Биопэннинг
Биопэннинг — это метод селекции по аффинности, который отбирает пептиды , которые связываются с заданной мишенью . [ 1 ] Все пептидные последовательности, полученные в результате биопэннинга с использованием комбинаторных пептидных библиотек, хранятся в специальной свободно доступной базе данных под названием BDB . [ 2 ] [ 3 ] Этот метод часто используется и для отбора антител .
Биопэннинг включает в себя 4 основных этапа отбора пептидов. [ 4 ] Первым шагом является подготовка библиотек фагового дисплея . Это включает в себя вставку чужеродных желаемых генных сегментов в область генома бактериофага , так что пептидный продукт будет отображаться на поверхности вириона бактериофага. Наиболее часто используются гены pIII или pVIII бактериофага М13 . [ 5 ] Следующий шаг – это этап захвата. Он включает в себя конъюгацию фаговой библиотеки с желаемой мишенью. Эта процедура называется панорамированием. Он использует связывающие взаимодействия, так что с мишенью связываются только определенные пептиды, представленные бактериофагом. Например, отбор антитела, представленного бактериофагом с покрытым антигеном в микротитровальных планшетах.
Этап промывки следует за этапом захвата, чтобы смыть несвязавшиеся фаги с твердой поверхности. Сохраняются только связанные фаги с сильным сродством. Последний этап включает этап элюирования, на котором связанные фаги элюируются за счет изменения pH или других условий окружающей среды.
Конечным результатом является то, что пептиды, продуцируемые бактериофагом, специфичны. Полученные нитчатые фаги могут инфицировать грамотрицательные снова бактерии с образованием фаговых библиотек. Цикл может повторяться много раз, что приводит к сильному сродству связывания пептидов с мишенью.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Эрлих Г.К., Бертольд В. и Бейлон П. Технология фагового дисплея. Отбор по аффинности методом биопэннинга. Методы молекулярной биологии. 2000. 147:195-208.
- ^ ; Лю, Цзэчунь; Хэ, Цян, Кэ (04.01.2016). Хэ, Бифанг; Дуань, Яокун; Цю, Люян . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1127–1132 . 10.1093 gkv1100 ISSN 1362-4962 . PMC 4702802 / нар /
- ^ Хуанг, Дж.; Ру, Б; Чжу, П; Не, Ф; Ян, Дж; Ван, X; Дай, П; Лин, Х; Го, ФБ; Рао, Н. (3 ноября 2011 г.). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только » Исследования нуклеиновых кислот . 40 (1):D271–7. дои : 10.1093/nar/gkr922 . ПМК 3245166 . ПМИД 22053087 .
- ^ Мандеки В., Чен Ю.К. и Грихальде Н. Математическая модель биопэннинга (аффинного отбора) с использованием пептидных библиотек на нитчатом фаге. Журнал теоретической биологии . 1995. 176:523-530.
- ^ Смит ГП и Скотт Дж.К. Библиотеки пептидов и белков, представленные на нитчатом фаге . Методы энзимологии . 1993. 217:228-257.