График гидрофильности
 | Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( сентябрь 2014 г. ) |
График гидрофильности представляет анализ степени гидрофобности или гидрофильности аминокислот белка собой количественный . Он используется для характеристики или идентификации возможной структуры или доменов белка.
расположена аминокислотная последовательность белка На графике по оси X степень гидрофобности и гидрофильности , а по оси Y — . Существует ряд методов измерения степени взаимодействия полярных растворителей, таких как вода, с конкретными аминокислотами. Например, шкала Кайта-Дулитла указывает на гидрофобные аминокислоты, тогда как шкала Хоппа-Вудса измеряет гидрофильные остатки.
Анализ формы графика дает информацию о частичной структуре белка. Например, если участок из примерно 20 аминокислот демонстрирует положительную гидрофобность, эти аминокислоты могут быть частью альфа-спирали, проходящей через липидный бислой , который состоит из гидрофобных жирных кислот. И наоборот, аминокислоты с высокой гидрофильностью указывают на то, что эти остатки находятся в контакте с растворителем или водой и, следовательно, могут находиться на внешней поверхности белка.
| Аминокислота | Однобуквенный код | Оценка гидропатии |
|---|---|---|
| изолейцин | я | 4.5 |
| Валин | V | 4.2 |
| Лейцин | л | 3.8 |
| Фенилаланин | Ф | 2.8 |
| Цистеин | С | 2.5 |
| Метионин | М | 1.9 |
| Аланин | А | 1.8 |
| Глицин | Г | -0.4 |
| Треонин | Т | -0.7 |
| Серин | С | -0.8 |
| Триптофан | В | -0.9 |
| Тирозин | И | -1.3 |
| Пролин | П | -1.6 |
| Гистидин | ЧАС | -3.2 |
| Глутаминовая кислота | И | -3.5 |
| Глютамин | вопрос | -3.5 |
| Аспарагиновая кислота | Д | -3.5 |
| Аспарагин | Н | -3.5 |
| Лизин | К | -3.9 |
| Аргинин | Р | -4.5 |
Данные в приведенной выше таблице были получены с использованием компьютерной программы, которая оценивает среднюю гидрофобность сегментов белка и использует данные, собранные из литературы.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кайт, Дж; Дулитл, РФ (1982). «Простой метод отображения гидропатического характера белка». Журнал молекулярной биологии . 157 (1): 105–32. CiteSeerX 10.1.1.458.454 . дои : 10.1016/0022-2836(82)90515-0 . ПМИД 7108955 .