Сара Харрис (ученый)

Сара Харрис
Сара Харрис
Рожденный	Сара Энн Харрис
Альма-матер	Оксфордский университет (бакалавр) ; Ноттингемский университет (доктор философии)
Награды	Премия избирательной науки (2019)
	Научная карьера
Поля	Биологическая физика ; Молекулярное моделирование
Учреждения	Университетский колледж Лондона ; Университет Лидса
Диссертация	Теоретические исследования структуры и динамики ДНК (2001)
Веб-сайт	Эстбери .Лидс .и .uk /люди /доктор Сара-Харрис /

Сара Энн Харрис — британский физик, доцент кафедры биологической физики в Университете Лидса . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Ее исследования посвящены биомолекулярному моделированию и топологии ДНК. В частности, она использует молекулярную динамику , чтобы исследовать, как ДНК реагирует на стресс. Она является председателем Исследовательского совета инженерных и физических наук совместного вычислительного проекта по биомолекулярному моделированию (EPSRC).

Ранняя жизнь и образование

Харрис был студентом факультета физики Оксфордского университета . ^{[ 3 ]} Она была аспиранткой Ноттингемского университета , где изучала структуру и динамику ДНК . ^{[ 4 ]}

Исследования и карьера

Харрис поступила в Университетский колледж Лондона , где занималась физикой конденсированного состояния . ^{[ 5 ]} Она поступила на факультет Университета Лидса в 2004 году, где занимает совместную должность в Центре структурной и молекулярной биологии Эстбери. ^{[ 6 ]} Ее исследования посвящены разработке теоретических и вычислительных биофизических инструментов для решения открытых вопросов молекулярной биофизики. ^{[ 6 ]} Кольцевые последовательности ДНК присутствуют в бактериальных, митохондриальных и раковых геномах и открывают перспективы для создания векторов генов. ^{[ 6 ]} Эти кольцевые последовательности могут противостоять сверхспиральным напряжениям, что приводит к образованию суперспиралей ДНК . Хотя такие суперспирали часто наблюдаются in vivo , их закрытая топология делает их более сложными для экспериментального изучения, чем их линейные аналоги. ^{[ 6 ]} С этой целью в качестве модельных систем были предложены миникольца ДНК (замкнутые двухцепочечные последовательности ДНК). Харрис разработал математические модели и симуляции атомистической молекулярной динамики, которые могут точно описать эти суперспирали ДНК. ^{[ 7 ]} Харрис участвовал в разработке флуктуирующего анализа конечных элементов , инструмента мезомасштабного моделирования, который использует механику сплошной среды, используемую для прогнозирования бимолекулярной динамики в глобулярных макромолекулах и белках. ^{[ 8 ]} FFEA использует трехмерную объемную информацию, такую как карты криоэлектронной томографии . ^{[ 6 ]}

В 2020 году Харрис был назначен председателем Совета инженерных и физических наук (EPSRC). совместного вычислительного проекта по биомолекулярному моделированию ^{[ 9 ]} Проект объединяет биохимиков, биофизиков и компьютерщиков в стремлении лучше понять биомолекулярные процессы. ^{[ 9 ]} К ним относятся моделирование, которое может описать роль ферментов в биологических реакциях, конфигурацию белков в клеточных мембранах и разработку эффективных фармацевтических препаратов. ^{[ 9 ]} Она входит в состав управляющего комитета High-End Computing Resources Сообщества биомолекулярного моделирования (HECBioSim), которое предоставляет доступ к возможностям высокопроизводительных вычислений ученым, работающим над биомедицинскими проблемами. ^{[ 10 ]}

Помимо научных открытий, которые можно получить с помощью биофизического моделирования, Харрис интересуется художественными результатами теоретической биологии. Она опубликовала коллекцию изображений, полученных в ходе теоретической биологии. ^{[ 3 ]}

Избранные публикации

Ее публикации ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} включать:

Parmbsc1: усовершенствованное силовое поле для моделирования ДНК ^{[ 11 ]}
Кооперативность в распознавании лекарств и ДНК: исследование молекулярной динамики ^{[ 12 ]}
Структурное разнообразие суперспиральной ДНК ^{[ 13 ]}

Награды и почести

В 2019 году она выиграла премию Suffrage Science . ^{[ 14 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Публикации Сары Харрис, индексируемые Google Scholar
^ Jump up to: ^а ^б Сары Харрис Публикации из Европы PubMed Central
^ Jump up to: ^а ^б Искусство теоретической биологии . Франциска Маттеус, Себастьян Маттеус, Сара Харрис, Томас Хиллен. Чам: Спрингер. 2020. ISBN 978-3-030-33471-0 . OCLC 1152056183 . {{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )
^ Харрис, Сара Энн (2001). Теоретические исследования структуры и динамики ДНК (кандидатская диссертация). OCLC 53587989 . ЭТОС 368362 .
^ Харрис, Сара Энн (1 января 2004 г.). «Физика растяжения ДНК» . Современная физика . 45 (1): 11–30. Бибкод : 2004ConPh..45...11H . дои : 10.1080/00107510310001624478 . ISSN 0010-7514 . S2CID 121070947 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Доктор Сара Харрис» . Центр структурной молекулярной биологии Эстбери . Проверено 20 ноября 2021 г.
^ Суттибутпонг, Т.; Ной, А.; Харрис, С. (2016). «Атомистическое молекулярно-динамическое моделирование топоизомеров миникольца ДНК: практическое руководство по настройке, работе и анализу». Хромосомная архитектура . Методы молекулярной биологии. Том. 1431. стр. 195–219. дои : 10.1007/978-1-4939-3631-1_15 . ISBN 978-1-4939-3629-8 . ПМИД 27283311 . Проверено 20 ноября 2021 г.
^ Солерну, Альберт; Хэнсон, Бенджамин С.; Ричардсон, Робин А.; Уэлч, Роберт; Прочтите, Дэниел Дж.; Харлен, Оливер Г.; Харрис, Сара А. (23 марта 2018 г.). «Анализ флуктуирующих конечных элементов (FFEA): программный инструмент механики сплошной среды для мезомасштабного моделирования биомолекул» . PLOS Вычислительная биология . 14 (3): e1005897. Бибкод : 2018PLSCB..14E5897S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005897 . ISSN 1553-7358 . ПМК 5891030 . ПМИД 29570700 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Структура управления» . ccpbiosim.ac.uk . Проверено 20 ноября 2021 г.
^ "Дом" . hecbiosim.ac.uk . Проверено 20 ноября 2021 г.
^ Иван Ивани; Пол Д. Дэнс; Агнес Ной; и др. (16 ноября 2015 г.). «Parmbsc1: усовершенствованное силовое поле для моделирования ДНК» . Природные методы 13 (1): 55–58. дои : 10.1038/NMETH.3658 . ISSN 1548-7091 . ПМК 4700514 . ПМИД 26569599 . Викиданные, третий квартал
^ Харрис С.А.; Гаватиотис Е; Сирл М.С.; Ороско М; Лотон, Калифорния (1 декабря 2001 г.). «Кооперативность в распознавании лекарств и ДНК: исследование молекулярной динамики». Журнал Американского химического общества . 123 (50): 12658–12663. дои : 10.1021/JA016233N . ISSN 0002-7863 . ПМИД 11741431 . Викиданные Q33183169 .
^ Россица Н. Иробалиева; Джонатан М. Фогг; Дэниел Дж. Катанезе; и др. (12 октября 2015 г.). «Структурное разнообразие суперспиральной ДНК» . Природные коммуникации . 6 : 8440. Бибкод : 2015NatCo...6.8440I . дои : 10.1038/NCOMMS9440 . ISSN 2041-1723 . ПМК 4608029 . ПМИД 26455586 . Викиданные , второй квартал (ошибка)
^ «Ведущие женщины в области инженерных и физических наук получили награды к десятому юбилею программы» . 8 марта 2021 г.

[gs-1] Jump up to: ^а ^б ^с Публикации Сары Харрис, индексируемые Google Scholar

[epmc-2] Jump up to: ^а ^б Сары Харрис Публикации из Европы PubMed Central

[The_art_of_theoretical_biology-3] Jump up to: ^а ^б Искусство теоретической биологии . Франциска Маттеус, Себастьян Маттеус, Сара Харрис, Томас Хиллен. Чам: Спрингер. 2020. ISBN 978-3-030-33471-0 . OCLC 1152056183 . {{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )

[4] Харрис, Сара Энн (2001). Теоретические исследования структуры и динамики ДНК (кандидатская диссертация). OCLC 53587989 . ЭТОС 368362 .

[5] Харрис, Сара Энн (1 января 2004 г.). «Физика растяжения ДНК» . Современная физика . 45 (1): 11–30. Бибкод : 2004ConPh..45...11H . дои : 10.1080/00107510310001624478 . ISSN 0010-7514 . S2CID 121070947 .

[:0-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Доктор Сара Харрис» . Центр структурной молекулярной биологии Эстбери . Проверено 20 ноября 2021 г.

[7] Суттибутпонг, Т.; Ной, А.; Харрис, С. (2016). «Атомистическое молекулярно-динамическое моделирование топоизомеров миникольца ДНК: практическое руководство по настройке, работе и анализу». Хромосомная архитектура . Методы молекулярной биологии. Том. 1431. стр. 195–219. дои : 10.1007/978-1-4939-3631-1_15 . ISBN 978-1-4939-3629-8 . ПМИД 27283311 . Проверено 20 ноября 2021 г.

[8] Солерну, Альберт; Хэнсон, Бенджамин С.; Ричардсон, Робин А.; Уэлч, Роберт; Прочтите, Дэниел Дж.; Харлен, Оливер Г.; Харрис, Сара А. (23 марта 2018 г.). «Анализ флуктуирующих конечных элементов (FFEA): программный инструмент механики сплошной среды для мезомасштабного моделирования биомолекул» . PLOS Вычислительная биология . 14 (3): e1005897. Бибкод : 2018PLSCB..14E5897S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005897 . ISSN 1553-7358 . ПМК 5891030 . ПМИД 29570700 .

[:1-9] Jump up to: ^а ^б ^с «Структура управления» . ccpbiosim.ac.uk . Проверено 20 ноября 2021 г.

[10] "Дом" . hecbiosim.ac.uk . Проверено 20 ноября 2021 г.

[11] Иван Ивани; Пол Д. Дэнс; Агнес Ной; и др. (16 ноября 2015 г.). «Parmbsc1: усовершенствованное силовое поле для моделирования ДНК» . Природные методы 13 (1): 55–58. дои : 10.1038/NMETH.3658 . ISSN 1548-7091 . ПМК 4700514 . ПМИД 26569599 . Викиданные, третий квартал

[12] Харрис С.А.; Гаватиотис Е; Сирл М.С.; Ороско М; Лотон, Калифорния (1 декабря 2001 г.). «Кооперативность в распознавании лекарств и ДНК: исследование молекулярной динамики». Журнал Американского химического общества . 123 (50): 12658–12663. дои : 10.1021/JA016233N . ISSN 0002-7863 . ПМИД 11741431 . Викиданные Q33183169 .

[13] Россица Н. Иробалиева; Джонатан М. Фогг; Дэниел Дж. Катанезе; и др. (12 октября 2015 г.). «Структурное разнообразие суперспиральной ДНК» . Природные коммуникации . 6 : 8440. Бибкод : 2015NatCo...6.8440I . дои : 10.1038/NCOMMS9440 . ISSN 2041-1723 . ПМК 4608029 . ПМИД 26455586 . Викиданные , второй квартал (ошибка)

[14] «Ведущие женщины в области инженерных и физических наук получили награды к десятому юбилею программы» . 8 марта 2021 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]