Список наборов инструментов химинформатики
Наборы инструментов для хеминформатики представляют собой известные наборы для разработки программного обеспечения , которые позволяют химинформатикам разрабатывать специальные компьютерные приложения для использования в виртуальном скрининге, анализе химических баз данных и исследованиях структурной активности. [1] [2] Наборы инструментов часто используются для экспериментов с новыми методологиями. Их наиболее важные функции связаны с манипулированием химическими структурами и сравнением между структурами. Программный доступ предоставляется к свойствам отдельных связей и атомов.
Функциональность
[ редактировать ]Наборы инструментов предоставляют следующие функциональные возможности:
- Чтение и сохранение структур в различных форматах химических файлов.
- Определите, является ли одна структура подструктурой другой (сопоставление подструктур).
- Определить, равны ли две структуры (точное совпадение).
- Выявление подструктур, общих для структур в наборе (максимально общая подструктура, MCS).
- Разбирайте молекулы, расщепляясь на фрагменты.
- Собирайте молекулы из элементов или субмолекул.
- Применяйте реакции к входным структурам реагентов, что приводит к получению структур продуктов реакции.
- Создавайте молекулярные отпечатки пальцев. Отпечатки пальцев представляют собой битовые векторы, где отдельные биты соответствуют наличию или отсутствию структурных особенностей. Наиболее важным применением отпечатков пальцев является индексирование химических баз данных.
Список известных наборов инструментов химинформатики
[ редактировать ]| Имя | Лицензия | API | Домашняя страница | Примечания |
|---|---|---|---|---|
| СДК | Открытый исходный код | Ява, Р, Питон | https://cdk.github.io/ | [3] [4] [5] |
| Индиго | Открытый исходный код | Ява, .NET, Питон | https://github.com/epam/Indigo | |
| Молекулярная операционная среда (MOE) | Собственный | Научный векторный язык | https://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm | |
| Открытый Вавилон | Открытый исходный код | C++, Python, Java, Perl, C#, Ruby | http://openbabel.org/ | , [6] [7] |
| РДКит | Лицензия BSD-3-пункт | С++, Питон | https://www.rdkit.org/ |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Жан-Лу Фаулон; Андреас Бендер (апрель 2010 г.). Справочник по алгоритмам хемоинформатики . Чепмен и Холл. ISBN 978-1420082920 .
- ^ Иоганн Гастайгер (ноябрь 2003 г.). Хемоинформатика . Вайли-ВЧ. ISBN 3527306811 .
- ^ Стейнбек К., К.; Хан Ю; Кун С; Хорлахер О; Люттманн Э; Уиллигаген Э (2003). «Набор для развития химии» . Дж. Хим. Инф. Вычислить. Наука . 43 (2): 493–500. дои : 10.1021/ci025584y . ПМК 4901983 . ПМИД 12653513 .
- ^ Стейнбек К., Кристоф; Хоппе К.; Кун С.; Флорис М.; Гуха Р.; Уиллигаген Э.Л. (2006). «Последние разработки набора средств разработки химии (CDK) - Java-библиотеки с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Курс. Фарм. Дес . 12 (17): 2111–2120. дои : 10.2174/138161206777585274 . hdl : 2066/35445 . ПМИД 16796559 .
- ^ Уиллигхаген, Эгон Л.; Мэйфилд, Джон В.; Альварссон, Джонатан; Берг, Арвид; Карлссон, Ларс; Желязкова Нина; Кун, Стефан; Плюскаль, Томас; Рохас-Черто, Микель; Спьют, Ола; Торранс, Гиллен; Эвело, Крис Т.; Гуха, Раджарши; Стейнбек, Кристоф (декабрь 2017 г.). «The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, их изображение, молекулярные формулы и поиск субструктур» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 33. дои : 10.1186/s13321-017-0220-4 . ПМЦ 5461230 . ПМИД 29086040 . S2CID 2019985 .
- ^ читает и записывает все химические форматы файлов.
- ^ О'Бойл Н; Банк М; Джеймс С; Морли С; Вандермеерш Т; Хатчисон Дж. (2011). «Открытый Вавилон: открытый химикат» . Журнал хеминформатики . 3 (33): 33. дои : 10.1186/1758-2946-3-33 . ПМК 3198950 . ПМИД 21982300 .