Карта биосайта
Карта биосайта — это способ для биомедицинского исследовательского учреждения показать, как биологическая информация распределяется по их системам и сетям информационных технологий . Эта информация может быть передана другим организациям и исследователям.
Карта Biositemap позволяет веб-браузерам , сканерам и роботам легко получать доступ к информации и обрабатывать ее для использования в других системах, медиа и вычислительных форматах. Протоколы Biositemaps предоставляют подсказки для веб-сборщиков Biositemap , позволяя им находить ресурсы и контент по всей взаимосвязи системы Biositemap. Это означает, что люди или пользователи компьютеров могут получить доступ к любой соответствующей информации по любой теме во всех организациях через систему Biositemap и перенести ее в свои собственные системы для усвоения или анализа.
Файловая структура
[ редактировать ]
Информация обычно хранится в файле biositemap.rdf или biositemap.xml, который содержит списки информации о данных, программном обеспечении, инструментах, материалах и услугах, предоставляемых или принадлежащих этой организации. Информация представлена в метаполях и может быть создана онлайн с помощью таких сайтов, как онлайн-редактор biositemaps. [1]
Информация представляет собой смесь карт сайта и RSS-каналов и создается с использованием информационной модели биомедицинских ресурсов (IM) и онтологии (BRO). IM отвечает за определение данных, содержащихся в метаполях, а BRO контролирует терминологию данных, содержащихся в поле resources_type. BRO имеет решающее значение для обеспечения интерактивности как других организаций, так и третьих сторон при поиске и уточнении результатов поиска.
Форматы данных
[ редактировать ]Протокол биосайтов [2] позволяет ученым, инженерам, центрам и учреждениям, занимающимся моделированием, разработкой программных средств и анализом биомедицинских и информатических данных, транслировать и распространять по миру информацию о своих новейших ресурсах вычислительной биологии (данные, программные инструменты и веб-сервисы). Концепция карты биосайтов основана на идеях из книги «Эффективный автоматизированный сбор веб-ресурсов». [3] и Веб-серверы, удобные для сканирования , [4] и он объединяет функции карт сайта и RSS- каналов в децентрализованный механизм, позволяющий компьютерным биологам и биоинформатикам открыто транслировать и получать метаданные о биомедицинских ресурсах.
для конкретных сайтов, учреждений или исследователей Эти описания биосайтов публикуются в формате RDF в Интернете и ищутся, анализируются, отслеживаются и интерпретируются веб-поисковиками, веб-приложениями, специфичными для биосайтов и онтологий, а также другими приложениями, заинтересованными в обнаружении обновленных или новых ресурсов для биоинформатики. и биомедицинские исследования. Механизм biositemap отделяет поставщиков биомедицинских ресурсов (исследователей или учреждений) от потребителей контента ресурсов (исследователей, врачей, средств массовой информации, финансирующих агентств, образовательных и исследовательских инициатив).
Карта биосайта — это файл RDF , в котором перечислены биомедицинские и биоинформатические ресурсы конкретной исследовательской группы или консорциума. Это позволяет разработчикам биомедицинских ресурсов описывать функциональность и удобство использования каждого из своих программных инструментов, баз данных или веб-сервисов. [2] [5]
Карты биосайтов дополняют, а не заменяют существующие системы распространения данных, инструментов и услуг. Использование карты биосайта не гарантирует, что ресурсы будут включены в поисковые индексы, а также не влияет на то, как инструменты ранжируются или воспринимаются сообществом. Протокол Biositemaps будет предоставлять подсказки, информацию и директивы всем веб-сборщикам Biositemap, которые указывают на существование и содержание биомедицинских ресурсов на различных сайтах.
Информационная модель карты биосайта
[ редактировать ]Протокол Biositemap основан на расширяемой информационной модели, которая включает в себя определенные свойства. [6] которые обычно используются и необходимы для характеристики биомедицинских ресурсов:
- Имя
- Описание
- URL-адрес
- Стадия разработки
- Организация
- Метка онтологии ресурса
- Ключевые слова
- Лицензия
Актуальную документацию по информационной модели можно найти на веб-сайте Biositemaps.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ↑ Онлайн-редактор Biositemaps. Архивировано 30 июля 2010 г. в Wayback Machine.
- ^ Jump up to: а б Динов И.Д., Рубин Д., Лоренсен В. и др. (2008). «iTools: основа классификации, категоризации и интеграции ресурсов вычислительной биологии» . ПЛОС ОДИН . 3 (5): е2265. Бибкод : 2008PLoSO...3.2265D . дои : 10.1371/journal.pone.0002265 . ПМК 2386255 . ПМИД 18509477 .
- ^ М.Л. Нельсон; Дж. А. Смит; дель Кампо; Х. Ван де Сомпель; С. Лю (2006). «Эффективный автоматизированный сбор веб-ресурсов» (PDF) . WIDM'06 .
- ^ Брандман О; Чо Дж; Гарсия-Молина Х ; Шивакумар Н. (2000). «Веб-серверы, удобные для сканирования». Обзор оценки производительности ACM SIGMETRICS . 28 (2): 9–14. CiteSeerX 10.1.1.34.7957 . дои : 10.1145/362883.362894 . S2CID 5732912 .
- ^ Канната Н., Мерелли Э., Альтман Р.Б. (декабрь 2005 г.). «Время организовать ресурс по биоинформатике» . ПЛОС Компьютер. Биол . 1 (7): е76. Бибкод : 2005PLSCB...1...76C . дои : 10.1371/journal.pcbi.0010076 . ПМЦ 1323464 . ПМИД 16738704 .
- ^ Чен Ю.Б., Чаттопадхай А., Берген П., Гэдд С., Таннери Н. (январь 2007 г.). «Коллекция онлайн-ресурсов по биоинформатике в библиотечной системе медицинских наук Питтсбургского университета — универсальный шлюз к онлайн-базам данных по биоинформатике и программным инструментам» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D780–5. дои : 10.1093/нар/gkl781 . ПМК 1669712 . ПМИД 17108360 .