Y-STR

Диапазон ставок STR по состоянию на 2008 год для 16 Y-STR.
СТР сайт	Скорость мутации (x 10 ⁻³)
СТР сайт	ЛБ-96%ДИ	'ставка'	УБ-96%ДИ	Примечания
ДИС19	1.5	2.4	3.5	23 из 9658
ДИС385	1.4	2.1	3.0	31 из 14896
ДИС389И	0.95	1.8	3.0	14 из 7862
ДИС389II	1.8	2.8	4.2	22 из 7849
ДИС390	1.4	2.3	3.5	21 из 9140
ДИС391	2.0	3.0	4.5	28 из 9089
ДИС392	0.18	0.55	1.3	5 из 9053
ДИС393	0.36	0.89	1.8	7 из 7842
ДИС437	0.60	1.5	3.1	7 из 4672
ДИС438	0.051	0.43	1.5	2 из 4709
ДИС439	3.8	5.7	8.4	27 из 4686
ДИС448	0.19	1.6	5.7	2 из 1258
ДИС456	1.8	4.8	10	6 из 1258
ДИС458	2.8	6.4	12	8 из 1258
ДИС635	1.6	3.8	7.4	8 из 2131
ГАТА H4.1	0.71	2.2	5.1	5 из 2294
Из таблицы 1. Sanchez-Diz et al. 2008. Обратите внимание, что некоторые из N в 17 STR имеют довольно низкую частоту.

Y -STR — это короткий тандемный повтор (STR) на Y-хромосоме . Y-STR часто используются в судебно-медицинской экспертизе , установлении отцовства и генеалогическом тестировании ДНК .Y-STR взяты конкретно из мужской Y-хромосомы. Эти Y-STR обеспечивают более слабый анализ, чем аутосомные STR, поскольку Y-хромосома обнаруживается только у мужчин и передается только от отца, что делает Y-хромосому в любой отцовской линии практически идентичной. Это приводит к значительно меньшему различию между выборками Y-STR. Аутосомные STR обеспечивают гораздо более сильную аналитическую силу из-за случайного совпадения, которое происходит между парами хромосом во время процесса образования зиготы . ^[1]

Номенклатура

Имена Y-STR присвоены комитетом по номенклатуре генов HUGO (HGNC).

Некоторые компании, занимающиеся тестированием, используют разные форматы написания маркеров STR. Например, маркер DYS455 может быть записан как DYS455, DYS 455, DYS#455 или DYS#455. Научным стандартом, принятым HUGO и NIST, является DYS455. ^[2]

ДИС

DYS — это вариант жаргона, используемого при тестировании STR на аутосомном уровне у человека, где второй символ обычно зарезервирован для номера хромосомы (например, D8S1179).

Д = ДНК
Y = Y-хромосома
S = (уникальный) сегмент

Y-STR-анализ

В ДНК есть участки, состоящие из множества копий коротких повторяющихся последовательностей оснований (например, TATT), которые повторяются разное количество раз в зависимости от человека. Эти области, называемые «короткими тандемными повторами с переменным количеством», и являются тем, что рассматривается при выполнении STR-анализа. Вероятность того, что у двух людей будет одинаковое количество повторяющихся последовательностей, чрезвычайно мала и становится еще меньше, чем больше областей анализируется. Это составляет основу анализа коротких тандемных повторов. ^[1] Однако краеугольным камнем этого процесса является полимеразная цепная реакция (ПЦР). Это позволяет судебно-медицинским экспертам делать миллионы копий регионов STR. Затем гель-электрофорез «показывает, сколько раз каждая повторяющаяся единица появляется во фрагменте». Это позволяет легко сравнивать ДНК. ^[3]

СПО и судебная экспертиза

В Соединенных Штатах 13 различных аутосомных локусов STR используются в качестве основы для анализа в судебно-медицинских целях. Если ДНК на месте преступления достаточно и все 13 аутосомных локусов доступны, вероятность того, что два неродственных человека совпадут с одним и тем же образцом, составляет примерно один к одному миллиарду. ^[1]

Основой оценки вероятности профиля для анализа Y-STR является метод подсчета. ^[4] Применение доверительного интервала учитывает размер базы данных и вариации выборки. Y Частота гаплотипа (p) рассчитывается по формуле p = x/N, где x равно количеству раз, когда гаплотип наблюдается в базе данных, содержащей N гаплотипов. Например, если гаплотип дважды наблюдался в базе данных N = 2000, частота этого гаплотипа будет: 2/2000 = 0,001. Сообщение о частоте гаплотипа Y без доверительного интервала приемлемо, но дает только фактическое утверждение относительно наблюдений гаплотипа Y в базе данных. Верхний доверительный предел вероятности появления гаплотипа Y в популяции следует рассчитывать с использованием метода, описанного Клоппером и Пирсоном (1934). ^[5] При этом используется биномиальное распределение вероятностей подсчетов, включая ноль или другие небольшие числа, обнаруженные для гаплотипов Y.

Базы данных

Криминалистические базы данных (без индивидуальной информации, для частоты):

В генетической генеалогии Ysearch была последней спонсируемой базой данных, содержащей публично представленные фамилии и гаплотипы Y-STR , до ее вывода из эксплуатации 24 мая 2018 года, что на день предшествовало введению Общего регламента защиты данных в Европейском Союзе после длительного периода период отсутствия поддержки со стороны его создателя, Family Tree DNA . База данных была основана в 2003 году и до закрытия насчитывала 219 тысяч записей (среди которых 152 тысячи уникальных гаплотипов). Другие подобные базы данных ранее исчезли. ^[7]^[8]

Конкретные данные гаплогруппы (Y-SNP):

Гаплозона: Проект филогении E-M35 (бывший проект E3b)

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с [1] «Анализ STR»
^ «Информационные бюллетени Y-STR» .
^ [2] «Новое поколение высокотехнологичных детективов»
^ [3] «Руководство по интерпретации SWGDAM для STR-типирование Y-хромосомы»
^ Клоппер, К. и Пирсон, Э. Использование доверительных или фидуциальных пределов, проиллюстрированное в случае бинома, Biometrika (1934) 26:404-413.
^ Ревер, Саша Виллювейт и Лутц. «YHRD: Справочная база данных гаплотипов STR Y-хромосомы» . yhrd.org .
^ Эстес, Роберта (14 мая 2018 г.). «World Families Network, Ysearch и Mitosearch отходят на второй план – большое спасибо GDPR» . DNAeXplained — Генетическая генеалогия .
^ «Япоиск» .

Внешние ссылки

Диаграммы

Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – позиции Y STR вдоль Y-хромосомы

Информационные бюллетени

Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – сводный список STR-локусов Y-хромосомы и доступные информационные бюллетени
Национальный институт стандартов и технологий (NIST) – Информационные бюллетени STR
dna.reinyday.com – DYS464
Маркеры Y-STR – Подробности и статистика

Базы данных

yhrd.org - Справочная база данных гаплотипов Y-хромосомы
usystrdatabase.org - база данных Y-STR США
[4] - База данных YFiler по прикладным биосистемам.
ysearch.org - база данных Y-ДНК

Учебники

[auto-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с [1] «Анализ STR»

[2] «Информационные бюллетени Y-STR» .

[3] [2] «Новое поколение высокотехнологичных детективов»

[4] [3] «Руководство по интерпретации SWGDAM для STR-типирование Y-хромосомы»

[5] Клоппер, К. и Пирсон, Э. Использование доверительных или фидуциальных пределов, проиллюстрированное в случае бинома, Biometrika (1934) 26:404-413.

[6] Ревер, Саша Виллювейт и Лутц. «YHRD: Справочная база данных гаплотипов STR Y-хромосомы» . yhrd.org .

[7] Эстес, Роберта (14 мая 2018 г.). «World Families Network, Ysearch и Mitosearch отходят на второй план – большое спасибо GDPR» . DNAeXplained — Генетическая генеалогия .

[8] «Япоиск» .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]