Список маркеров Y-STR

Маркеры Y-STR в следующем списке обычно используются в судебно-медицинской экспертизе. ^{[ 1 ]} и генеалогическое тестирование ДНК .

DYS454 является наименее разнообразным, а многокопийный маркер DYS464 является наиболее разнообразным маркером Y-STR .

Местоположение на Y-хромосоме пронумерованных маркеров Y-STR можно грубо определить с помощью цитогенетической локализации . Например, DYS449 расположен на Yp11.2 – что означает Y-хромосому, маленькое плечо, полоса 1, поддиапазон 1, субподдиапазон 2 – DYS449. ^{[ 2 ]}

Судебно-медицинские лаборатории обычно используют комплекты PowerPlex Y (Promega Corporation) и Yfiler (Applied Biosystems), которые исследуют 12 или 17 Y-STR соответственно. Лаборатории генеалогического анализа ДНК исследуют до 700 Y-STR.

Скорость мутаций

По оценкам Чендлера (2006), скорость мутаций указана на поколение. ^{[ 3 ]} Приведенные оценки ошибок обычно составляют +/- 15–20%. Альтернативные оценки (для судебно-медицинской экспертизы, поэтому не все маркеры охвачены) на основе наблюдаемых родословных также доступны в Справочной базе данных гаплотипов Y-хромосомы .

Похоже, что некоторые тринуклеотидные маркеры могут иметь гораздо более высокую частоту мутаций при одних длинах повторов, чем при других. Например, вариация тринуклеотида DYS388 вообще очень медленная в большинстве гаплогрупп, когда он принимает значения 11–13. гораздо больше вариаций и более быстрые мутации Но, по-видимому, в гаплогруппе J , где она обычно имеет значения 14–18. Аналогично, тринуклеотид DYS392 считается «быстрым» в гаплогруппах N и Q , где он принимает значения 14–16, что редко встречается в других группах. ^{[ 4 ]}

Маркеры Y-STR

СТР	Примечания	последовательности ДНК Мотив повторения	Аллели	Скорость мутации	Ссылки
ДИС19=14	см. DYS394	—	—	—	—
ДИС385	DYS385 представляет собой маркер с возможностью многократного копирования и включает DYS385a и DYS385b. Порядок DYS385a и DYS385b может быть обратным, их последовательность называется порядком Киттлера.	ДОСТАТОЧНЫЙ	13-18	0.00226	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС388		К	17	0.00022 ^{[ 5 ]}
ДИС389	DYS389 представляет собой маркер с возможностью многократного копирования и включает DYS389i и DYS389ii. DYS389ii относится к общей длине DYS389. Следовательно, если произойдет одношаговая мутация в DYS389i, она также появится в DYS389ii.	(TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA)	я:13 2:30	0.00186, 0.00242	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС390		(TCTA) (TCTG)	23	0.00311	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС391		ТКТА	11	0.00265	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС392		ТАТ	11	0.00052 ^{[ 5 ]}	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС393	DYS393 также известен как DYS395 .	ТЫ	12	0.00076	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС394	DYS394 также известен как DYS19 .	ПОЗАДИ	14	0.00151	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС413	Обнаружен в палиндромной области Y-ДНК.		21-22
ДИС425	DYS425, если его можно измерить, очень стабилен. Однако на самом деле это одна копия маркера, состоящего из нескольких частей, DYF371 (ниже), и поэтому мутации RecLOH часто могут сделать его неизмеримым, когда другие копии перезаписывают его. Например, он связан с определяющим SNP для I-M38 (I2a2a1a1; ранее I1b2a1), поскольку SNP M284 может отображать нулевое значение в этом маркере. Большинство представителей E-M96 и субкладов также отображают нулевые значения. Тем не менее, это был один из небольшого числа маркеров, первоначально предложенных Оксфордскими предками , а позже компания Family Tree DNA решила предложить его также специалистам по генеалогии.	ТГТ	12	^{[ 5 ]}
ДИС426		ГТТ	11	0.00009 ^{[ 5 ]}	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС434		ТААТ (СТАТ)	9		Информационный бюллетень НИСТ
ДИС435		ТГГА 11
ДИС436		ГТТ	12	^{[ 5 ]}
ДИС437		ТКТА	14	0.00099	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС438		ТТТТК	10	0.00055	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС439	DYS439 также известен как Y-GATA-A4 . DYS439 связан с определяющим SNP для гаплогруппы R1b1c9a, поскольку SNP может отображать нулевое значение по этому маркеру.	ТЫ	12	0.00477	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС441		ККТТ	15		Новая система мультиплексной ПЦР
ДИС442		ТАТК	11	0.00324	Новая система мультиплексной ПЦР
ДИС443		ТТСС 0
ДИС444		ПОЗАДИ	11		Новая система мультиплексной ПЦР
ДИС445		ТТТА	11		Новая система мультиплексной ПЦР
ДИС446		ТКТКТ	14		Детали маркера Соренсона
ДИС447		ТАА В А	26	0.00264	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС448		как можно скорее	20	0.00135	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС449		ТТТС	25	0.00838	Детали маркера Соренсона
ДИС450		ТТТТА	8
ДИС452		Я АТАК	29
ДИС453		АААТ	0
ДИС454	DYS454 является наименее изменяющимся маркером Y-STR, обычно используемым при генеалогическом тестировании ДНК. Из записей для DYS454 на Ybase 96% имеют 11 повторов, 3% — 10 повторов и 2% — 12 повторов ( источник ).	АААТ	11	0.00016
ДИС455		АААТ	11	0.00016	Детали маркера Соренсона
ДИС456		ТЫ	14	0.00735	Детали маркера Соренсона
ДИС458		ДОСТАТОЧНЫЙ	18	0.00814	Детали маркера Соренсона
ДИС459	Это маркер с несколькими копиями, включающий DYS459a и DYS459b.	ТААА	8-9	0.00132
ДИС460	DYS460 изначально был известен как Y-GATA-A7.1.	АТАГ	10	0.00402	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС461	DYS461 изначально был известен как Y-GATA-A7.2.	(ОХРАННИК) ЦАГА	11		Информационный бюллетень НИСТ
ДИС462		ТАТГ	11
ДИС463		АА Р ГГ	22
ДИС464	DYS464 — это палиндромный маркер с несколькими копиями. У мужчин обычно есть четыре копии, известные в таких случаях как DYS464a, DYS464b, DYS464c и DYS464d. Копий может быть менее четырех или более, что в таких случаях будет известно как DYS464e, DYS464f и т. д. DYS464 — это самый разнообразный диапазон значений любого маркера Y-STR ( источник ). Этот маркер также иногда может быть напечатан отдельными типами g и c для увеличения разрешения. Типовая вариативность основана на SNP, который можно найти у большинства мужчин с гаплогруппой R1b. Это часть палиндромной области Y-ДНК.	ККТТ	12-14-16-17	0.00566	Криминалистическая ценность мультикопийного маркера Y-STR DYS464 Тестирование DYS464X Расхождения в DYS464
ДИС481		СТТ	26	^{[ 5 ]}
ДИС485		ТТА	15	^{[ 5 ]}
ДИС487		К	13	^{[ 5 ]}
ДИС490		ТТА	12	^{[ 5 ]}
ДИС494		ТАТ	9	^{[ 5 ]}
ДИС495		ААТ	15	^{[ 5 ]}
ДИС497		ТАТ	15	^{[ 5 ]}
ДИС504		14
ДИС505		TCCT	13
ДИС508		ТАТК	0
ДИС518		АААГ	0		NIST Comm. Комплекты
ДИС520		АТА С	21
ДИС522		Змея	13
ДИС525		ПОЗАДИ	10
ДИС531		АААТ	11
ДИС532		КТТТ	10
ДИС533		АТКТ	11
ДИС534		КТТТ	15
ДИС540		ТТАТ	11
ДИС549		ТЫ	13
ДИС556		ААТА	12
ДИС557		ТТТС	18
ДИС565		ТААА	11
ДИС570		ТТТС	12-23	0.00790
ДИС572		АААТ	12
ДИС573		ТТТА	0
ДИС575		АААТ	8-12
ДИС576		АААГ	17	0.01022
ДИС578		АААТ	8
ДИС589		ТТАТТ	11
ДИС590		ТТТТГ	8
ДИС594		ТАААА	10
ДИС607		ААГГ	14	0.00411
ДИС612
ДИС614
ДИС626		АААГ
ДИС627		АААГ	0		NIST Comm. Комплекты
ДИС632		КАТТ	8
ДИС635	Также известен как Y-GATA-C4.	Т С ТА соединение	21	0.0046	Информационный бюллетень НИСТ
ДИС636			11
ДИС638		ТТТА	11
ДИС641		ТААА	10
ДИС643		КТТТТ	9
ДИС710		ДОСТАТОЧНЫЙ	36
ДИС714		ТТТТК	25
ДИС716		ККАТТ	27
ДИС717		ТГТАТ	20
ДИС724	Палиндромный; также известный как CDY		33-35	0.03531
ДИС725	палиндромный
ДИС726	Маркер YSTR в прицентромерной области.		12
ДИФ371	DYF371 представляет собой многокопийный маркер палиндромной области. Включает маркер DYS425 и может быть информативным в случаях нулевых значений этого маркера.		12
ДИФ385С1	Дублированный маркер YSTR в непосредственной близости от DYS459.		8-9
DYF387S1 а/б		РААГ	0		NIST Comm. Комплекты
ДYF397	DYF397 представляет собой маркер палиндромной области.
ДЮФ399	Асимметричный трехаллельный локус STR, который можно использовать для наблюдения делеций и рекомбинационных перестроек в палиндромной области Y-хромосомы.		17–29 (много неполных аллелей)		номенклатура
ДИФ401	DYF401 представляет собой маркер палиндромной области.
ДИФ406С1			11
ДYF408	DYF408 представляет собой маркер палиндромной области.
ДYF411	DYF411 представляет собой маркер палиндромной области.
DXYS156
YCAII	YCAII — это маркер с множеством копий, который включает YCAIIa и YCAIIb.		22-22	0.00123
Y-ГАТА-H4		ПОЗАДИ	10	0.00208	Информационный бюллетень НИСТ
Y-ГАТА-C4	см. DYS635
Y-ГАТА-A10		ПОЗАДИ	14		Информационный бюллетень НИСТ
Y-GGAAT-1B07			11

Номенклатура аллелей Y-STR

Компании или лаборатории, занимающиеся тестированием ДНК, в некоторых случаях используют разные номенклатуры для обозначения одного и того же аллеля Y-STR. Таким образом, в этих случаях необходимо применять преобразование для точного сравнения результатов Y-STR, полученных от разных компаний. Наиболее распространенная номенклатура основана на рекомендациях NIST для маркеров Y-STR, о которых исторически разные компании сообщали по-разному. Стандарт NIST — это предложение ISOGG (Международного общества генетической генеалогии) для компаний, занимающихся генетической генеалогией. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Примечания и ссылки

^ «Интервью с Джоном Батлером и членами команды проекта NIST по идентификации человека» . ДжоГГ. Архивировано из оригинала 1 июля 2016 года . Проверено 11 августа 2012 г.
^ DYS449 в базе данных генома человека GDB.
^ Чендлер (2006). Архивировано 29 июня 2016 г. на Wayback Machine (но см. также обсуждение в этом списке рассылки ).
^ «Архивы GENEALOGY-DNA-L — Скорость мутации DYS 388?» . Архивировано из оригинала 3 октября 2007 г. Проверено 27 февраля 2007 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Тринуклеотид - см. #Скорость мутаций.
^ «Стандарты маркеров» . Фонд молекулярной генеалогии Соренсона. Архивировано из оригинала 21 июля 2012 года . Проверено 11 августа 2012 г.
^ Маттисен, Дайана Гейл (19 июля 2011 г.). «Преобразование результатов теста STR Y-ДНК между SMGF, AncestryDNA и FamilyTreeDNA» . Проверено 11 августа 2012 г.

Кайзер и др. (2004), Комплексное исследование микросателлитов Y-хромосомы человека Am. Дж. Хум. Генет., 74 1183–1197. только онлайн Примечание: файл данных
Кран, Томас. «Отпечаток пальца Y-STR — Панели» (PDF) . Прайс-лист ДНК-отпечатков пальцев — Услуги по генеалогическому тестированию . Архивировано из оригинала (PDF) 27 марта 2023 года . Проверено 11 августа 2012 г.
Батлер, Джон М. (9 января 2012 г.). «STR Y-хромосомы» . Короткие тандемные повторы ДНК . Стандартная справочная база данных NIST SRD 130. Архивировано из оригинала 5 февраля 2023 года . Проверено 11 августа 2012 г.
Батлер, Джон; Клайн, Декер (29 июня 2009 г.). «Сводный список локусов STR Y-хромосомы и доступные информационные бюллетени» . Стандартная справочная база данных NIST SRD 130. Архивировано из оригинала 9 июня 2019 года . Проверено 11 августа 2012 г.

См. также

Внешние ссылки

[1] «Интервью с Джоном Батлером и членами команды проекта NIST по идентификации человека» . ДжоГГ. Архивировано из оригинала 1 июля 2016 года . Проверено 11 августа 2012 г.

[2] DYS449 в базе данных генома человека GDB.

[3] Чендлер (2006). Архивировано 29 июня 2016 г. на Wayback Machine (но см. также обсуждение в этом списке рассылки ).

[4] «Архивы GENEALOGY-DNA-L — Скорость мутации DYS 388?» . Архивировано из оригинала 3 октября 2007 г. Проверено 27 февраля 2007 г.

[trinucleotide-5] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Тринуклеотид - см. #Скорость мутаций.

[6] «Стандарты маркеров» . Фонд молекулярной генеалогии Соренсона. Архивировано из оригинала 21 июля 2012 года . Проверено 11 августа 2012 г.

[7] Маттисен, Дайана Гейл (19 июля 2011 г.). «Преобразование результатов теста STR Y-ДНК между SMGF, AncestryDNA и FamilyTreeDNA» . Проверено 11 августа 2012 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]