База данных частот аллелей STR человека Земли
Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( июнь 2009 г. ) |
Тип сайта | Проект популяционной генетики |
---|---|
Доступно в | Английский |
Штаб-квартира | |
Создано | Станчу Флорин |
URL-адрес | www |
Регистрация | Необязательный |
Запущен | 1 января 2009 г. |
Текущий статус | Неактивный |
База данных частот аллелей STR земного человека [1] — научный проект, основанный на динамическом веб-интерфейсе и системе управления реляционными базами данных. Его основная цель — управление популяционными данными STR, поступающими со всего мира, предоставление узкоспециализированных инструментов популяционной генетики, а также обзор генетической структуры мирового населения в глобальном масштабе.
В основе подхода EHSTRAFD лежит тенденция стандартизации рецензируемых журналов при публикации демографических данных. [2] и, что наиболее важно, градиентное распределение частот аллелей на обширных географических территориях. [3] [4] [5]
Инструменты базы данных (модули)
[ редактировать ]Глобальное отслеживание частот аллелей (AFGT) — позволяет искать распределение частот аллелей на глобальном и региональном уровне. Локусы STR доступны в AFGT, если они зарегистрированы как минимум в десяти популяциях EHSTRAFD. Список локусов AFGT постоянно обновляется с каждым выпуском EHSTRAFD.
Частота регионального профиля (RPF) — позволяет рассчитать частоту генетического профиля на глобальном и региональном уровне на основе текущих записей EHSTRAFD. RPF доступен только для локусов ISSOL ( Интерпола стандартный набор локусов ), ESS (европейский стандартный набор, рекомендованный ENFSI ) и CODIS (комбинированная система индексации ДНК).
Наиболее вероятное географическое происхождение (MPGO) — позволяет искать наиболее вероятное географическое происхождение данного генетического профиля STR. Географическое происхождение оценивается по частоте профиля в разных популяциях. MPGO доступен только для локусов ISSOL ( Интерпола стандартный набор локусов ), ESS (европейский стандартный набор, рекомендованный ENFSI ) и CODIS (комбинированная система индексации ДНК).
См. также
[ редактировать ]- Популяционная генетика
- Профилирование ДНК
- Короткий тандемный повтор
- СПО-анализ
- Мультиплексная система STR
- Снпстр
- Y-STR
- Список маркеров Y-STR
- Список маркеров X-STR
- Стрбаза
- Список онлайн-баз данных
Ссылки
[ редактировать ]- ^ EHSTRAFD - База данных частот аллелей STR земного человека. c2009 [цитировано 14 июня 2009 г. – R1]. Доступно на http://www.ehstrafd.org. Архивировано 13 июля 2009 г. на Wayback Machine.
- ^ Патрик Линкольн, Анхель Карраседо. Публикация популяционных данных о полиморфизмах человека. Судебно-медицинская экспертиза Int. 2000;110(1):3-5.
- ^ Йейтс ГБ. Теория градиентной корреляции. c1996 [цитата от 16 мая 2009 г.] . Disponibila de la http://www.autismtheory.org/GradientCorrelation.htm. Архивировано 25 июня 2009 г. в Wayback Machine.
- ^ Серр Д., Паабо С. Доказательства градиентов генетического разнообразия человека внутри и между континентами. Геном Рез. 2004;14(9):1679-85.
- ^ Рёвер Л., Краучер П.Дж., Уиллувейт С., Лу Т.Т., Кайзер М., Лессиг Р., де Книфф П., Джоблинг М.А., Тайлер-Смит С., Кравчак М. Признаки недавних исторических событий в распределении европейских гаплотипов STR Y-хромосомы. Хм Жене. 2005;116(4):279-91