База данных частот аллелей STR человека Земли

База данных частот аллелей STR человека Земли
Тип сайта	Проект популяционной генетики
Доступно в	Английский
Штаб-квартира	Румыния
Создано	Станчу Флорин
URL-адрес	www .ehstrafd .org
Регистрация	Необязательный
Запущен	1 января 2009 г.
Текущий статус	Неактивный

База данных частот аллелей STR земного человека ^[1] — научный проект, основанный на динамическом веб-интерфейсе и системе управления реляционными базами данных. Его основная цель — управление популяционными данными STR, поступающими со всего мира, предоставление узкоспециализированных инструментов популяционной генетики, а также обзор генетической структуры мирового населения в глобальном масштабе.

В основе подхода EHSTRAFD лежит тенденция стандартизации рецензируемых журналов при публикации демографических данных. ^[2] и, что наиболее важно, градиентное распределение частот аллелей на обширных географических территориях. ^[3]^[4]^[5]

Инструменты базы данных (модули)

Глобальное отслеживание частот аллелей (AFGT) — позволяет искать распределение частот аллелей на глобальном и региональном уровне. Локусы STR доступны в AFGT, если они зарегистрированы как минимум в десяти популяциях EHSTRAFD. Список локусов AFGT постоянно обновляется с каждым выпуском EHSTRAFD.

Частота регионального профиля (RPF) — позволяет рассчитать частоту генетического профиля на глобальном и региональном уровне на основе текущих записей EHSTRAFD. RPF доступен только для локусов ISSOL ( Интерпола стандартный набор локусов ), ESS (европейский стандартный набор, рекомендованный ENFSI ) и CODIS (комбинированная система индексации ДНК).

Наиболее вероятное географическое происхождение (MPGO) — позволяет искать наиболее вероятное географическое происхождение данного генетического профиля STR. Географическое происхождение оценивается по частоте профиля в разных популяциях. MPGO доступен только для локусов ISSOL ( Интерпола стандартный набор локусов ), ESS (европейский стандартный набор, рекомендованный ENFSI ) и CODIS (комбинированная система индексации ДНК).

См. также

Ссылки

^ EHSTRAFD - База данных частот аллелей STR земного человека. c2009 [цитировано 14 июня 2009 г. – R1]. Доступно на http://www.ehstrafd.org. Архивировано 13 июля 2009 г. на Wayback Machine.
^ Патрик Линкольн, Анхель Карраседо. Публикация популяционных данных о полиморфизмах человека. Судебно-медицинская экспертиза Int. 2000;110(1):3-5.
^ Йейтс ГБ. Теория градиентной корреляции. c1996 [цитата от 16 мая 2009 г.] . Disponibila de la http://www.autismtheory.org/GradientCorrelation.htm. Архивировано 25 июня 2009 г. в Wayback Machine.
^ Серр Д., Паабо С. Доказательства градиентов генетического разнообразия человека внутри и между континентами. Геном Рез. 2004;14(9):1679-85.
^ Рёвер Л., Краучер П.Дж., Уиллувейт С., Лу Т.Т., Кайзер М., Лессиг Р., де Книфф П., Джоблинг М.А., Тайлер-Смит С., Кравчак М. Признаки недавних исторических событий в распределении европейских гаплотипов STR Y-хромосомы. Хм Жене. 2005;116(4):279-91

Внешние ссылки

EHSTRAFD.org

[1] EHSTRAFD - База данных частот аллелей STR земного человека. c2009 [цитировано 14 июня 2009 г. – R1]. Доступно на http://www.ehstrafd.org. Архивировано 13 июля 2009 г. на Wayback Machine.

[2] Патрик Линкольн, Анхель Карраседо. Публикация популяционных данных о полиморфизмах человека. Судебно-медицинская экспертиза Int. 2000;110(1):3-5.

[3] Йейтс ГБ. Теория градиентной корреляции. c1996 [цитата от 16 мая 2009 г.] . Disponibila de la http://www.autismtheory.org/GradientCorrelation.htm. Архивировано 25 июня 2009 г. в Wayback Machine.

[4] Серр Д., Паабо С. Доказательства градиентов генетического разнообразия человека внутри и между континентами. Геном Рез. 2004;14(9):1679-85.

[5] Рёвер Л., Краучер П.Дж., Уиллувейт С., Лу Т.Т., Кайзер М., Лессиг Р., де Книфф П., Джоблинг М.А., Тайлер-Смит С., Кравчак М. Признаки недавних исторических событий в распределении европейских гаплотипов STR Y-хромосомы. Хм Жене. 2005;116(4):279-91

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]