ПротCID
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Подобные взаимодействия гомологичных белков в множественных кристаллических формах |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Онкологический центр Фокса Чейза |
| Лаборатория | Институт исследований рака |
| Авторы | Цифан Сюй, Роланд Данбрек |
| Первичное цитирование | Сюй и Данбрек (2011) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://dunbrack2.fccc.edu/protcid |
База данных общих интерфейсов белков ( ProtCID ) — это база данных сходных межбелковых интерфейсов в кристаллических структурах гомологичных белков . [ 1 ] [ 5 ]
Его основная цель — идентифицировать и кластеризовать гомодимерные и гетеродимерные интерфейсы, наблюдаемые во множественных кристаллических формах гомологичных белков. Такие интерфейсы, особенно неидентичных белков или белковых комплексов, связаны с биологически значимыми взаимодействиями. [ 6 ]
Общий интерфейс в ProtCID указывает на взаимодействия цепочка-цепочка или домен-домен, которые происходят в различных кристаллических формах. Все белковые последовательности известной структуры в Банке данных белков (PDB) [ 7 ] присваивается « архитектура цепочки Pfam », которая обозначает упорядоченную структуру Pfam. [ 8 ] назначения для этой последовательности, например (Pkinase) или (Cyclin_N)_(Cyclin_C). Сравниваются гомодимерные интерфейсы во всех кристаллах, которые содержат определенную архитектуру доменов или цепей, независимо от того, присутствуют ли в кристаллах другие типы белков. Также сравниваются все интерфейсы между двумя разными доменами Pfam или архитектурами Pfam во всех записях PDB, которые их содержат (например, (Pkinase) и (Cyclin_N)_(Cyclin_C) ). Как для гомодимеров, так и для гетеродимеров интерфейсы группируются в общие интерфейсы на основе показателя сходства.
ProtCID сообщает о количестве кристаллических форм, содержащих общий интерфейс, количестве записей PDB, количестве PDB и PISA. [ 9 ] аннотации биологической сборки, которые содержат одинаковый интерфейс, среднюю площадь поверхности и минимальную идентичность последовательностей белков, содержащих интерфейс. ProtCID обеспечивает независимую проверку общедоступных аннотаций биологических взаимодействий для записей PDB.
ProtCID также содержит кластеры интерфейсов между белковыми доменами и пептидами, нуклеиновыми кислотами и лигандами.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Сюй, Кью; Данбрэк, РЛ (2010). «База данных общего интерфейса белков (ProtCID) — комплексная база данных о взаимодействиях гомологичных белков в множественных кристаллических формах» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D761–70. дои : 10.1093/nar/gkq1059 . ПМК 3013667 . ПМИД 21036862 .
- ^ Чжан, X.; Гуряско, Дж.; Шен, К.; Коул, Пенсильвания; Куриян, Дж. (2006). «Аллостерический механизм активации киназного домена рецептора эпидермального фактора роста» . Клетка . 125 (6): 1137–1149. дои : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . ПМИД 16777603 .
- ^ Аертгертс, К.; Скин, Р.; Яно, Дж.; Санг, Британская Колумбия; Цзоу, Х.; Снелл, Г.; Дженнингс, А.; Ивамото, К.; Хабука, Н.; Хирокава, А.; Исикава, Т.; Танака, Т.; Микки, Х.; Охта, Ю.; Согабе, С. (2011). «Структурный анализ механизма ингибирования и аллостерической активации киназного домена белка HER2» . Журнал биологической химии . 286 (21): 18756–18765. дои : 10.1074/jbc.M110.206193 . ПМК 3099692 . ПМИД 21454582 .
- ^ Цю, К.; Таррант, МК; Чой, С.Х.; Сатьямурти, А.; Бозе, Р.; Банджаде, С.; Пал, А.; Борнманн, WG; Леммон, Массачусетс ; Коул, Пенсильвания; Лихи, диджей (2008). «Механизм активации и ингибирования киназы HER4/ErbB4» . Структура . 16 (3): 460–467. дои : 10.1016/j.str.2007.12.016 . ПМЦ 2858219 . ПМИД 18334220 .
- ^ Сюй, Кью; Данбрэк, РЛ (5 февраля 2020 г.). «ProtCID: ресурс данных для структурной информации о взаимодействиях белков» . Природные коммуникации . 11 (1): 711. Бибкод : 2020NatCo..11..711X . дои : 10.1038/s41467-020-14301-4 . ПМК 7002494 . ПМИД 32024829 .
- ^ Сюй, Цифан; Канутеску, Адриан А.; Ван, Гуоли; Шаповалов, Максим; Обрадович, Зоран; Данбрэк, Роланд Л. (2008). «Статистический анализ сходства интерфейсов в кристаллах гомологичных белков» . Журнал молекулярной биологии . 381 (2): 487–507. дои : 10.1016/j.jmb.2008.06.002 . ПМЦ 2573399 . ПМИД 18599072 .
- ^ Берман, HM; Баттистуз, Т.; Бхат, Теннесси; Блюм, ВФ; Борн, ЧП; Буркхардт, К.; Фэн, З.; Гиллиланд, GL; Айпе, Л.; Джайн, С.; Фэган, П.; Марвин, Дж.; Падилья, Д.; Равичандран, В.; Шнайдер, Б.; Спасибо, Н.; Вайссиг, Х.; Уэстбрук, JD; Зардецки, К. (2002). «Банк данных о белках» . Acta Crystallographica Раздел D. 58 (Часть 6 № 1): 899–907. дои : 10.1107/S0907444902003451 . ПМИД 12037327 .
- ^ Пунта, М.; Коггилл, ПК; Эберхардт, РЮ; Мистри, Дж.; Тейт, Дж.; Бурснелл, К.; Панг, Н.; Форслунд, К.; Церик, Г.; Клементс, Дж.; Хегер, А.; Холм, Л.; Зоннхаммер, ELL; Эдди, СР; Бейтман, А.; Финн, Р.Д. (2011). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с базой данных): D290–D301. дои : 10.1093/nar/gkr1065 . ПМЦ 3245129 . ПМИД 22127870 .
- ^ Криссинель, Э.; Хенрик, К. (2007). «Вывод макромолекулярных ансамблей из кристаллического состояния». Журнал молекулярной биологии . 372 (3): 774–797. дои : 10.1016/j.jmb.2007.05.022 . ПМИД 17681537 .