Энн О'Тейт

Anne O'Tate — бесплатное веб-приложение. ^{[ 1 ]} который анализирует наборы записей, обнаруженных в PubMed , библиографической базе данных статей из более чем 5500 биомедицинских журналов по всему миру. Хотя PubMed имеет собственный широкий спектр параметров поиска для определения наборов записей, соответствующих запросу исследователей, ему не хватает возможности дальнейшего анализа этих наборов записей - процесса, для которого термины интеллектуальный анализ текста и детализация использовались . Энн О'Тейт способна выполнять такой анализ и обрабатывать наборы до 25 000 записей PubMed. ^{[ 1 ]}

Описание

После того, как набор статей был идентифицирован с помощью Anne O'Tate с его интерфейсом, подобным PubMed, и синтаксисом поиска, этот набор можно проанализировать, а слова и понятия, упомянутые в определенных «полях» (разделах) записей PubMed, можно отобразить в порядке частота. ^{[ 2 ]} «Поля», которые Энн О'Тейт может отображать таким образом:

Темы (MeSH)

Эта опция может помочь определить возможные медицинские предметные рубрики (известные как термины MeSH, но названные Энн О'Тейт «Темами») для предмета, для которого нет соответствующего предметного заголовка или «входного термина» (перекрестные ссылки на предпочтительный термин MeSH). существует или где процесс автоматического сопоставления PubMed (идентификация термина MeSH и включение его в формулировку поиска) дает сбой.

Например, поиск статей по теме «Передача знаний» (для которых не существует соответствующего MeSH или термина ввода) приведет к получению набора из примерно 530 исследований в PubMed (по состоянию на август 2011 г.); Анализ Энн О'Тейт предполагает, что такие термины MeSH, как «Распространение инноваций» или «Распространение информации», могут быть подходящими дополнительными понятиями для получения более «чувствительного» (всеобъемлющего) набора ссылок. Этот метод определения возможных терминов MeSH недоступен в PubMed.

Авторы

Эта опция может помочь определить авторов, которые часто пишут на данную тему, или может помочь определить возможных экспертов или рецензентов.

Журналы

Определение журналов, публикующих статьи по исследуемой теме, может помочь в выборе подходящих журналов для размещения рукописей или для детального сканирования соответствующих статей («ручной поиск»). ^{[ 3 ]}) не найдено при поиске в PubMed.

Другие поля

Также можно проанализировать принадлежность авторов (адреса) и годы публикации. «Важные слова» из заголовков и рефератов, которые могут «[...] чаще встречаться в подмножестве результатов, чем в MEDLINE в целом, таким образом, они отличают подмножество результатов от остальной части MEDLINE». ^{[ 4 ]} можно идентифицировать и помочь в дальнейшем уточнении поиска в PubMed. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

История

Anne O'Tate (каламбур от слова «аннотировать») была разработана Нилом Р. Смальхейзером и командой исследователей из Чикагского университета . Это часть проекта Arrowsmith Project, который разработал такие инструменты, как собственно Arrowsmith, приложение для сравнения текстов. ^{[ 8 ]} «Адам», база данных медицинских сокращений, ^{[ 9 ]} и «Авторитет» (инструмент устранения неоднозначности автора), ^{[ 10 ]} «Компендиум», список инструментов биомедицинского анализа текста , и Энн О'Тейт. Проект основан на исследовании, проведенном Доном Р. Свонсоном из Чикагского университета. ^{[ 11 ]} на котором размещался исходный инструмент. ^{[ 12 ]} Дальнейшие исследования возглавил Нил Р. Смальхейзер из Университета Иллинойса в Чикаго при финансовой поддержке Национального института здравоохранения . ^{[ 13 ]}

Другие приложения PubMed для интеллектуального анализа текста

Для PubMed был разработан широкий спектр приложений для интеллектуального анализа текста. ^{[ 4 ]} используя собственный интерфейс, например GoPubMed , ClusterMed или PubReMiner. Только Энн О'Тейт использует стандартный интерфейс PubMed, синтаксис поиска и некоторые его функции.

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Смальхейзер, Северная Каролина; Чжоу, В.; Торвик, В.И. (2008). «Энн О'Тейт: инструмент для поддержки пользовательского обобщения, детализации и просмотра результатов поиска PubMed» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 3 :2. дои : 10.1186/1747-5333-3-2 . ПМК 2276193 . ПМИД 18279519 .
^ Палидвор, Джорджия; Андраде-Наварро, Массачусетс (2010). «MLTrends: график использования терминов MEDLINE с течением времени» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 5 : 1–6. дои : 10.5210/disco.v5i0.2680 . ПМК 2990277 . ПМИД 20333611 .
^ Лэнгэм, Дж.; Томпсон, Э.; Роуэн, К. (1999). «Идентификация рандомизированных контролируемых исследований из литературы по неотложной медицине: сравнение ручного поиска и поиска в MEDLINE». Анналы неотложной медицины . 34 (1): 25–34. дои : 10.1016/s0196-0644(99)70268-4 . ПМИД 10381991 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Лу, З. (2011). «PubMed и не только: обзор веб-инструментов для поиска биомедицинской литературы» . База данных . 2011 : baq036. дои : 10.1093/база данных/baq036 . ПМК 3025693 . ПМИД 21245076 .
^ Вильчински, Нидерланды; Уокер, CJ; Маккиббон, Калифорния; Хейнс, РБ (1995). «Причины потери чувствительности и специфичности методических MeSH-терминов и текстовых слов в MEDLINE» . Слушания. Симпозиум по компьютерным приложениям в медицине : 436–440. ПМК 2579130 . ПМИД 8563319 .
^ Гринхал, Т. (1997). «Как читать газету. База данных Medline» . BMJ (Клинические исследования под ред.) . 315 (7101): 180–183. дои : 10.1136/bmj.315.7101.180 . ПМК 2127107 . ПМИД 9251552 .
^ Смальхейзер, Северная Каролина; Чжоу, В.; Торвик, В.И. (2011). «Распространение «характерных» терминов в литературе MEDLINE» . Информация . 2 (4): 266–276. дои : 10.3390/info2020266 .
^ Смальхейзер, Северная Каролина; Торвик, В.И.; Чжоу, В. (2009). «Двухузловой поисковый интерфейс Arrowsmith: руководство по поиску значимых связей между двумя разрозненными наборами статей в MEDLINE» . Компьютерные методы и программы в биомедицине . 94 (2): 190–197. дои : 10.1016/j.cmpb.2008.12.006 . ПМЦ 2693227 . ПМИД 19185946 .
^ Чжоу, В.; Торвик, В.И.; Смальхейзер, NR (2006). «АДАМ: Еще одна база данных сокращений в MEDLINE» . Биоинформатика . 22 (22): 2813–2818. doi : 10.1093/биоинформатика/btl480 . ПМИД 16982707 .
^ Торвик, В.И.; Смальхейзер, NR (2009). «Устранение неоднозначности имени автора в MEDLINE» . Транзакции ACM по извлечению знаний из данных . 3 (3): 1–29. дои : 10.1145/1552303.1552304 . ПМК 2805000 . ПМИД 20072710 .
^ Суонсон, ДР; Смальхейзер, Северная Каролина (лето 1999 г.). «Неявные текстовые связи между записями медицинской линии: использование Arrowsmith как помощь в научных открытиях» (PDF) . Библиотечные тенденции . 48 (1): 48–59 . Проверено 4 июля 2011 г.
^ «Стрела-2 на Linux» . Чикагский университет. Архивировано из оригинала 18 июня 2009 года . Проверено 4 июля 2011 г.
^ Смальхейзер, Северная Каролина (октябрь 2005 г.). «Проект Эрроусмит: отчет о состоянии за 2005 год» . Наука открытий . 8-я международная конференция по науке открытий. Конспекты лекций по информатике. Том. 3735. стр. 26–43. дои : 10.1007/11563983_5 . ISBN 978-3-540-29230-2 .

Внешние ссылки

Энн О'Тейт
Домашняя страница ПабМед
Информационный бюллетень по медицинским предметным рубрикам
«Домашняя страница проекта Arrowsmith» . Университет Иллинойса в Чикаго, факультет психиатрии. 20 декабря 2007 года . Проверено 4 июля 2011 г.

[cite_pmid|_18279519-1] Перейти обратно: ^а ^б Смальхейзер, Северная Каролина; Чжоу, В.; Торвик, В.И. (2008). «Энн О'Тейт: инструмент для поддержки пользовательского обобщения, детализации и просмотра результатов поиска PubMed» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 3 :2. дои : 10.1186/1747-5333-3-2 . ПМК 2276193 . ПМИД 18279519 .

[cite_pmid|_20333611-2] Палидвор, Джорджия; Андраде-Наварро, Массачусетс (2010). «MLTrends: график использования терминов MEDLINE с течением времени» . Журнал биомедицинских открытий и сотрудничества . 5 : 1–6. дои : 10.5210/disco.v5i0.2680 . ПМК 2990277 . ПМИД 20333611 .

[cite_pmid|_10381991-3] Лэнгэм, Дж.; Томпсон, Э.; Роуэн, К. (1999). «Идентификация рандомизированных контролируемых исследований из литературы по неотложной медицине: сравнение ручного поиска и поиска в MEDLINE». Анналы неотложной медицины . 34 (1): 25–34. дои : 10.1016/s0196-0644(99)70268-4 . ПМИД 10381991 .

[cite_pmid|_21245076-4] Перейти обратно: ^а ^б Лу, З. (2011). «PubMed и не только: обзор веб-инструментов для поиска биомедицинской литературы» . База данных . 2011 : baq036. дои : 10.1093/база данных/baq036 . ПМК 3025693 . ПМИД 21245076 .

[cite_pmid|_8563319-5] Вильчински, Нидерланды; Уокер, CJ; Маккиббон, Калифорния; Хейнс, РБ (1995). «Причины потери чувствительности и специфичности методических MeSH-терминов и текстовых слов в MEDLINE» . Слушания. Симпозиум по компьютерным приложениям в медицине : 436–440. ПМК 2579130 . ПМИД 8563319 .

[cite_pmid|_9251552-6] Гринхал, Т. (1997). «Как читать газету. База данных Medline» . BMJ (Клинические исследования под ред.) . 315 (7101): 180–183. дои : 10.1136/bmj.315.7101.180 . ПМК 2127107 . ПМИД 9251552 .

[7] Смальхейзер, Северная Каролина; Чжоу, В.; Торвик, В.И. (2011). «Распространение «характерных» терминов в литературе MEDLINE» . Информация . 2 (4): 266–276. дои : 10.3390/info2020266 .

[cite_pmid|_19185946-8] Смальхейзер, Северная Каролина; Торвик, В.И.; Чжоу, В. (2009). «Двухузловой поисковый интерфейс Arrowsmith: руководство по поиску значимых связей между двумя разрозненными наборами статей в MEDLINE» . Компьютерные методы и программы в биомедицине . 94 (2): 190–197. дои : 10.1016/j.cmpb.2008.12.006 . ПМЦ 2693227 . ПМИД 19185946 .

[cite_pmid|_16982707-9] Чжоу, В.; Торвик, В.И.; Смальхейзер, NR (2006). «АДАМ: Еще одна база данных сокращений в MEDLINE» . Биоинформатика . 22 (22): 2813–2818. doi : 10.1093/биоинформатика/btl480 . ПМИД 16982707 .

[cite_pmid|_20072710-10] Торвик, В.И.; Смальхейзер, NR (2009). «Устранение неоднозначности имени автора в MEDLINE» . Транзакции ACM по извлечению знаний из данных . 3 (3): 1–29. дои : 10.1145/1552303.1552304 . ПМК 2805000 . ПМИД 20072710 .

[11] Суонсон, ДР; Смальхейзер, Северная Каролина (лето 1999 г.). «Неявные текстовые связи между записями медицинской линии: использование Arrowsmith как помощь в научных открытиях» (PDF) . Библиотечные тенденции . 48 (1): 48–59 . Проверено 4 июля 2011 г.

[12] «Стрела-2 на Linux» . Чикагский университет. Архивировано из оригинала 18 июня 2009 года . Проверено 4 июля 2011 г.

[13] Смальхейзер, Северная Каролина (октябрь 2005 г.). «Проект Эрроусмит: отчет о состоянии за 2005 год» . Наука открытий . 8-я международная конференция по науке открытий. Конспекты лекций по информатике. Том. 3735. стр. 26–43. дои : 10.1007/11563983_5 . ISBN 978-3-540-29230-2 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]