ВИЧИнструментарий

ВИЧToolbox — это интернет-приложение, которое помогает ученым выявлять и разрабатывать новые гипотезы, а также облегчает интерпретацию экспериментов с целью помочь ученым лучше понять ВИЧ , вирус, вызывающий СПИД , и выявить новые потенциальные мишени для лекарств. ^{[ 1 ]}

Информация о ВИЧ включает в себя различные части белков ВИЧ, часто называемые доменами. Меньшие области белков, называемые минимотивами, также присутствуют в белках ВИЧ. Эти минимотивы, также называемые короткими линейными мотивами, кодируют различные молекулярные функции в белках ВИЧ. ^{[ 2 ]} ВИЧtoolbox — это интернет-приложение, работающее на основе базы данных MySQL , предназначенное для интеграции данных о ВИЧ для белковых последовательностей, полученных из множества различных изолятов, белковых структур , белковых доменов, белок-белковых взаимодействий , функциональных элементов в белках, а также известных и предсказанных минимотивов из Minimotif. База данных майнеров . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Также включены другие аминокислоты, участвующие в молекулярных функциях, таких как катализ, димеризация и т. д. База данных программы также содержит рассчитанные аминокислотные консервации для всех белков ВИЧ. Это помогает идентифицировать регионы вируса, которые не изменяются и поэтому считаются важными регионами. Второй выпуск ВИЧToolbox, ВИЧToolbox2, также содержит информацию о местах на белках, с которыми связываются различные лекарства от ВИЧ, и их пространственном отношении к мутациям, которые возникают в ВИЧ и делают вирус устойчивым к препарату.

Ссылки

^ Сарджант, Дэвид; Деверасетти, Сандип; Ло, Ян; Балета, Анхель В.; Зобрист, Стефани Р.; Ратнаяке, Вирадж; Туссо, Жаклин С.; Вьяс, Джей; Мьюзинг, Марк А.; Шиллер, Мартин Р. (2011). «HITVoolbox, интегрированное веб-приложение для исследования ВИЧ» . ПЛОС ОДИН . 6 (5): e20122. Бибкод : 2011PLoSO...620122S . дои : 10.1371/journal.pone.0020122 . ПМК 3102074 . ПМИД 21647445 .
^ Кадаверу, Кришна; Вьяс, Джей; Шиллер, Мартин Р. (2008). «Вирусная инфекция и болезни человека – выводы из минимотивов» . Границы бионауки . 13 (13): 6455–71. дои : 10.2741/3166 . ПМЦ 2628544 . ПМИД 18508672 .
^ Раджасекаран, Сангутевар; Балла, Судха; Грейди, Патрик; Грик, Майкл Р.; Кадаверу, Кришна; Кундети, Вамси; Маклеевски, Марк В.; Ми, Тиан; Рубино, Николас (2009). «Minimotif miner 2-й выпуск: база данных и веб-система для поиска мотивов» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D185–90. дои : 10.1093/нар/gkn865 . ПМЦ 2686579 . ПМИД 18978024 .
^ Балла, Судха; Тапар, Вишал; Верма, Снигда; Луонг, ТайБинь; Фагри, Таназ; Хуан, Чун-Си; Раджасекаран, Сангутевар; дель Кампо, Джейкоб Дж; Шинн, Джессика Х; Молер, Уильям А; Мациевский, Марк В.; Грик, Майкл Р.; Пиччирилло, Брайан; Шиллер, Стэнли Р.; Шиллер, Мартин Р. (2006). «Minimotif Miner, инструмент для исследования функции белка». Природные методы . 3 (3): 175–177. дои : 10.1038/nmeth856 . ПМИД 16489333 . S2CID 15571142 .

[1] Сарджант, Дэвид; Деверасетти, Сандип; Ло, Ян; Балета, Анхель В.; Зобрист, Стефани Р.; Ратнаяке, Вирадж; Туссо, Жаклин С.; Вьяс, Джей; Мьюзинг, Марк А.; Шиллер, Мартин Р. (2011). «HITVoolbox, интегрированное веб-приложение для исследования ВИЧ» . ПЛОС ОДИН . 6 (5): e20122. Бибкод : 2011PLoSO...620122S . дои : 10.1371/journal.pone.0020122 . ПМК 3102074 . ПМИД 21647445 .

[2] Кадаверу, Кришна; Вьяс, Джей; Шиллер, Мартин Р. (2008). «Вирусная инфекция и болезни человека – выводы из минимотивов» . Границы бионауки . 13 (13): 6455–71. дои : 10.2741/3166 . ПМЦ 2628544 . ПМИД 18508672 .

[3] Раджасекаран, Сангутевар; Балла, Судха; Грейди, Патрик; Грик, Майкл Р.; Кадаверу, Кришна; Кундети, Вамси; Маклеевски, Марк В.; Ми, Тиан; Рубино, Николас (2009). «Minimotif miner 2-й выпуск: база данных и веб-система для поиска мотивов» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D185–90. дои : 10.1093/нар/gkn865 . ПМЦ 2686579 . ПМИД 18978024 .

[4] Балла, Судха; Тапар, Вишал; Верма, Снигда; Луонг, ТайБинь; Фагри, Таназ; Хуан, Чун-Си; Раджасекаран, Сангутевар; дель Кампо, Джейкоб Дж; Шинн, Джессика Х; Молер, Уильям А; Мациевский, Марк В.; Грик, Майкл Р.; Пиччирилло, Брайан; Шиллер, Стэнли Р.; Шиллер, Мартин Р. (2006). «Minimotif Miner, инструмент для исследования функции белка». Природные методы . 3 (3): 175–177. дои : 10.1038/nmeth856 . ПМИД 16489333 . S2CID 15571142 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]