ФитоПат
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Проект PhytoPath собирает и объединяет данные в масштабе генома важных грибковых, оомицетов и бактериальных патогенов растений с литературной информацией о мутантных фенотипах. Данные отображаются с использованием платформы Ensembl Genomes. |
| Типы данных захвачен | Геномные данные, фенотипы микробных мутантов |
| Организмы | 88 грибковых, 24 бактериальных и 23 простейших возбудителя. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI и Rothamsted Research |
| Первичное цитирование | ПМИД 26476449 |
| Дата выпуска | 2012 [ 1 ] |
| Доступ | |
| Формат данных | ФАСТ, ГФФ3 |
| Веб-сайт | ФитоПат |
| Инструменты | |
| Интернет | Поиск PhytoPath в BioMart |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Лицензия на программное обеспечение Apache 2.0 |
| Управление версиями | Да |
| Выпуск данных частота | ежеквартальный |
| Версия | PhytoPath создан на основе 32-й версии (август 2016 г.) Ensembl Genomes и версии 4.2 PHI-base. |
PhytoPath — совместный научный проект Европейского института биоинформатики и Rothamsted Research , работающий с января 2012 года. [ 1 ] по 30 мая 2017 г. [ 2 ] Проект был направлен на то, чтобы обеспечить возможность использования растущего массива данных «-омики», генерируемых для фитопатогенов, их растений-хозяев и связанных с ними модельных видов. Фенотипическая информация о генных мутантах отображается непосредственно в браузерах генома.
Фон
[ редактировать ]PhytoPath — ресурс по биоинформатике, запущенный в 2012 году. [ 1 ] который объединил данные масштаба генома важных патогенных видов растений с литературной информацией о фенотипах инфекции хозяина, доступной из базы данных взаимодействия патоген-хозяин (PHI-база). Он обеспечивает доступ к полной сборке генома и моделям генов приоритетных культур, а также моделям фитопатогенных видов грибов и оомицетов через интерфейс Ensembl Genomes Browser. Phytopath также напрямую связывает модели последовательностей отдельных генов в браузере генома Ensembl с рецензируемой информацией о фенотипах, хранящейся в базе PHI . Ресурс Phytopath призван предоставить инструменты для сравнительного анализа геномов грибов и оомицетов. С момента последнего обновления — в мае 2017 года — база данных делает доступными 275 геномных последовательностей в браузерах генома 113 видов грибов, 25 простейших и 137 видов бактерий. Поддержка аннотаций сообщества для моделей генов была предоставлена с использованием онлайн-редактора генов WebApollo для некоторых видов.
Ссылки
[ редактировать ]- Фличек; и др. (2011). «Ансамбль 2011» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D800–6. дои : 10.1093/нар/gkq1064 . ПМК 3013672 . ПМИД 21045057 .
- Винненбург, Р.; Урбан, М.; Бичем, А.; Болдуин, ТК; Холланд, С.; Линдеберг, М.; Хансен, Х.; Роулингс, К.; Хаммонд-Козак, К.; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных о взаимодействии патогенов с хозяином» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D572–6. дои : 10.1093/nar/gkm858 . ПМК 2238852 . ПМИД 17942425 .
- Болдуин, ТК; Винненбург, Р.; Урбан, М.; Роулингс, К.; Келер, Дж.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2006). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (база PHI) дает представление об общих и новых темах патогенности» . Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 19 (12): 1451–62. дои : 10.1094/mpmi-19-1451 . ПМИД 17153929 .
- ^ Jump up to: а б с Педро, Хелдер; Махешвари, Ума; Урбан, Мартин; Ирвин, Алистер Джордж; Кузик, Алейн; Макдауэлл, Марк Д.; Стейнс, Дэниел М.; Кулеша, Евгений; Хаммонд-Козак, Ким Элизабет; Керси, Пол Джулиан (17 октября 2015 г.). «PhytoPath: интегративный ресурс для геномики патогенов растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1). Издательство Оксфордского университета (OUP): D688–D693. дои : 10.1093/нар/gkv1052 . ISSN 0305-1048 . ПМК 4702788 . ПМИД 26476449 .
- ^ «PhytoPath, инфраструктура для сотен геномов патогенов растений» . Ротамстедские исследования . 31 мая 2014 года . Проверено 19 марта 2021 г.