Анализатор внутреннего шума
 | Эта статья в значительной степени или полностью опирается на один источник . ( июль 2012 г. ) |
| Первоначальный выпуск | 12 апреля 2012 г |
|---|---|
| Стабильная версия | 0.4.3 / 13 марта 2014 г |
| Написано в | С++ |
| Операционная система | Linux , macOS и Microsoft Windows |
| Платформа | Qt |
| Лицензия | лицензия GPL |
| Веб-сайт | www |
В области внутренний биоинформатики анализатор шума (iNA) представляет собой программное обеспечение с открытым исходным кодом для изучения кинетики реакций в живых клетках. [1] Программное обеспечение анализирует математические модели кинетики внутриклеточных реакций, таких как экспрессия генов, регуляторные сети или сигнальные пути, для количественной оценки колебаний концентрации из-за случайного характера химических реакций. [2] [3]
Фон
[ редактировать ]В хорошо перемешанных условиях концентрации в живых клетках часто моделируются набором детерминированных уравнений скорости реакции . Этот подход часто становится неточным, когда некоторые молекулярные виды присутствуют в небольшом количестве молекул на клетку из-за случайности, присущей кинетике химических реакций. Эта случайность приводит к колебаниям количества внутриклеточных молекул и, следовательно, к межклеточной изменчивости . Более точное стохастическое описание этих систем дается главным химическим уравнением. [4] Последнее можно легко смоделировать с помощью методов Монте-Карло, таких как алгоритм стохастического моделирования . [5] Этот метод, однако часто становится вычислительно неэффективным из-за большого объема выборки, необходимого для получения точной статистики. iNA обеспечивает более эффективный способ получения желаемой статистики за счет расширения размера системы с помощью химического основного уравнения, метода систематической аналитической аппроксимации.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Томас П., Матушек Х., Грима Р. (2012). Пекку Дж. (ред.). «Анализатор внутреннего шума: пакет программного обеспечения для исследования стохастической биохимической кинетики с использованием увеличения размера системы» . ПЛОС ОДИН . 7 (6): e38518. Бибкод : 2012PLoSO...738518T . дои : 10.1371/journal.pone.0038518 . ПМЦ 3373587 . ПМИД 22723865 .
- ^ «Статья в Softpedia» . Проверено 25 января 2013 г.
- ^ «Примечания к выпуску на FreeCode.com» . Проверено 25 января 2013 г.
- ^ Гиллеспи, DT (1992). «Строгий вывод химического основного уравнения». Физика А: Статистическая механика и ее приложения . 188 (1): 404–425. Бибкод : 1992PhyA..188..404G . CiteSeerX 10.1.1.159.5220 . дои : 10.1016/0378-4371(92)90283-В .
- ^ Гиллеспи, DT (1976). «Общий метод численного моделирования стохастической временной эволюции связанных химических реакций». Журнал вычислительной физики . 22 (4): 403–434. Бибкод : 1976JCoPh..22..403G . дои : 10.1016/0021-9991(76)90041-3 .