КиберСелл

База данных CyberCell
Содержание
Описание	База данных, предоставляющая количественные геномные, протеомные и метаболомные данные E. coli.
Типы данных ; захвачен	Данные о генах и белках; функциональная или онтологическая информация; положение гена и расположение белка; уровни экспрессии белка, метаболитов и РНК; информация о взаимодействии белков и стехиометрии белков; константы скорости ферментов; структуры, реакции и пути метаболитов; списки кофакторов и лигандов; другие молекулярные данные.
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование
Доступ
Веб-сайт	http://ccdb.wishartlab.com/CCDB/
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Последнее обновление: 2006 г.

База данных CyberCell (CCDB) — это свободно доступная в Интернете база данных, которая предоставляет количественные геномные , протеомные и метаболомные данные по Escherichia coli. ^[1] Escherichia coli (штамм K12), возможно, является наиболее изученной бактерией на планете и была выбрана в качестве организма для нескольких международных усилий по моделированию клеток. Эти усилия по моделированию клеток требуют современных доступных в Интернете ресурсов, которые предоставляют полные, неизбыточные и количественные данные об этой бактерии. Целью CCDB является облегчение сбора, пересмотра, координации и хранения ключевой информации, необходимой для моделирования E. coli in silico. ^[1]

Содержание

CCDB содержит четыре различные доступные для просмотра базы данных, предоставляющие информацию о генах/белках (CCDB), данные о трехмерной структуре белков (CC3D), информацию о тРНК и рРНК (CCRD) и данные о метаболитах (CCMD) соответственно. Данные были собраны или сгенерированы с использованием различных источников и инструментов, включая учебники, опубликованные научные статьи, электронные базы данных, собственное программное обеспечение, а также веб-программы. Каждая база данных существует в виде переформатируемой, легко просматриваемой сводной таблицы, которая позволяет пользователям легко просматривать различные базы данных. Подробную информацию о каждом гене, белке, РНК, трехмерной структуре или метаболите можно получить, нажав на «ColiCard» в левом столбце. Каждая карточка содержит более 60 полей, касающихся всех аспектов последовательности, функции или структуры данной молекулы, а также гиперссылки на другие источники информации, такие как EcoGene. ^[2] и ЭкоЦик, ^[3] научные рефераты и интерактивные апплеты для просмотра структур или хромосомных карт. Одной из наиболее привлекательных характеристик CCDB является ее способность поддерживать поиск и сортировку в базе данных. Он предлагает утилиты для локального поиска BLAST , логического текстового поиска, поиска химической структуры и извлечения реляционной базы данных . Результаты последнего можно экспортировать в различные форматы, включая HTML , Excel и представление апплета с кольцевой хромосомой . Одной из самых популярных функций CCDB является «E. coli «Статистика» (доступна по ссылке «Статистика» в верхней части домашней страницы CCDB). Эта ссылка предоставляет богатый источник информации о содержании, размерах и физико-химических характеристиках клетки E. coli.

Аннотация сообщества

Чтобы облегчить исправление и отправку данных, база данных CyberCell позволяет пользователям редактировать или обновлять «ColiCards» в электронном виде. Эти изменения добавляются навсегда только после того, как они будут проверены и приняты архивариусом. Помимо изменений, вносимых пользователями, CCDB также регулярно выполняет автоматические операции самообновления, что поддерживает актуальность базы данных.

Область применения и доступ

Все данные в CCDB не являются собственностью или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоначальный источник. Данные CCDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Сундарарадж, С; Го А; Хабиби-Нажад Б; Руани М; Стотхард П; Эллисон М; Уишарт Д.С. (2004). «База данных CyberCell (CCDB): комплексная, самообновляющаяся реляционная база данных для координации и облегчения моделирования Escherichia coli in silico» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (Проблема с базой данных): D293-5. дои : 10.1093/nar/gkh108 . ПМК 308842 . ПМИД 14681416 .
^ Радд, К.Э. (2000). «EcoGene: база данных последовательностей генома Escherichia coli K-12» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (1): 60–64. дои : 10.1093/нар/28.1.60 . ПМЦ 102481 . ПМИД 10592181 .
^ Карп, П.Д.; Райли М; Сайер М; Полсен ИТ; Кольядо-Видес Дж; Палей С.М.; Пеллегрини-Тул А; Бонавидес С; Гама-Кастро С. (2002). «База данных EcoCyc» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (1): 56–8. дои : 10.1093/нар/30.1.56 . ПМК 99147 . ПМИД 11752253 .

[ref_14681416-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с Сундарарадж, С; Го А; Хабиби-Нажад Б; Руани М; Стотхард П; Эллисон М; Уишарт Д.С. (2004). «База данных CyberCell (CCDB): комплексная, самообновляющаяся реляционная база данных для координации и облегчения моделирования Escherichia coli in silico» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (Проблема с базой данных): D293-5. дои : 10.1093/nar/gkh108 . ПМК 308842 . ПМИД 14681416 .

[ref_10592181-2] Радд, К.Э. (2000). «EcoGene: база данных последовательностей генома Escherichia coli K-12» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (1): 60–64. дои : 10.1093/нар/28.1.60 . ПМЦ 102481 . ПМИД 10592181 .

[ref_11752253-3] Карп, П.Д.; Райли М; Сайер М; Полсен ИТ; Кольядо-Видес Дж; Палей С.М.; Пеллегрини-Тул А; Бонавидес С; Гама-Кастро С. (2002). «База данных EcoCyc» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (1): 56–8. дои : 10.1093/нар/30.1.56 . ПМК 99147 . ПМИД 11752253 .

[1]

[2]

[3]