Ectobacillus
| Ectobacillus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | Ectobacillus Gupta et al. 2020
|
| Разновидность | |
|
Информация, основанная на LPSN 2021 | |
Ectobacillus является родом грамположительного (за исключением Ectobacillus funiculus , который является грамотрицательным ), бактерий в форме стержней у семейства Bacillaceae в пределах порядка бациллеров . [ 1 ] [ 2 ] Типовым видом для этого рода является Ectobacillus panaciterrae. [ 3 ]
Ectobacillus состоит из видов, первоначально принадлежащих к роду Bacillus . Род Bacillus включает в себя большое количество филогенетически не связанных видов бактерий с разнообразным диапазоном биохимических характеристик. [ 4 ] [ 5 ] Полифилетическая природа рода отчасти обусловлено расплывчатыми критериями, используемыми для назначения видов этому роду (то есть принятие всех видов, способных образовывать эндоспоры в аэробных условиях). [ 6 ] Сравнительный геномный анализ и филогенетические исследования намеревались прояснить сложную таксономическую связь этого рода, что приводит к переносу многих видов в новые роды, такие как Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus и Altibacter . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 1 ] Кроме того, род Bacillus был ограничен, чтобы включить только виды, тесно связанные с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . [ 10 ] [ 1 ]
Название ectobacillus получено из его таксономического положения по отношению к Bacillus . Префикс «ecto-» (который поступает из греческого предлога и переводится как «снаружи») и суффикса «bacillus» (который поступает из латинского существительного Bacillus , ссылаясь на стержень или небольшой персонал, а также Bacillus , бактериальный род) объединяется, чтобы сформировать название ectobacillus, что означает «вне Bacillus ». [ 1 ]
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Члены рода ectobacillus могут быть аэробными или факультативно анаэробными . Все они формируют эндопор, а некоторые члены являются подвижными клетками. Ectobacillus может выжить при температурах в диапазоне от 15 ° C до 45 ° C, но оптимальный рост происходит в диапазоне 28-35 ° C. [ 1 ]
Анализ последовательностей генома из ectobacillus идентифицировал пять консервативных сигнатурных индилей (CSIS), которые являются исключительными для видов эктобациллуса в белках 3-изопропилмалатдегидратазы Маленькая субъединица, биосинтеза биосинтеза, деацетилаза BSHB1, aldo или кеторектораза, цит-склада, коалториза, и-цитол-металл-сгипа, и-кеториза, метиал. -Содержащий белок. Эти CSI могут быть использованы для разграничения эктобацилл из других родов BacillCeae в молекулярных терминах. [ 1 ]
Таксономия
[ редактировать ]насчитывается 4 вида с обоснованно опубликованными названиями По состоянию на май 2021 года в роде Ectobacillus . [ 3 ] Было обнаружено, что члены этой клады группируются в монофилетической ветви в различных филогенетических деревьях, построенных на консервативных последовательностях генома и последовательностях 16S рРНК. [ 1 ] Эта схема ветвления также можно увидеть в базе данных таксономии генома (GTDB), что еще больше поддерживает эту классификацию. [ 11 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон глин Гупта, Радхей С.; Патель, Судип; Саини, Навнет; Чен, Шу (2020-11-01). "Надежная демаркация 17 различных видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, Phylogenomics и сравнительный геномный анализ: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. Nov. И предложение для полученного рода Bacillus, ограничивающий его только членам Subtilis и Cereus clades. видов " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. doi : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . PMID 33112222 .
- ^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфелло, Майкл; Рейни, Фред А.; Schleifer, Karl-Heinz, Eds. (2005). Bergey's Manual® систематической бактериологии . doi : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .
- ^ Jump up to: а беременный «Род: ectobacillus» . lpsn.dsmz.de. Получено 2021-05-25 .
- ^ Logan, NA (2011-12-20). «Bacillus и родственники при борьбе с пищевым дородом» . Журнал прикладной микробиологии . 112 (3): 417–429. doi : 10.1111/j.1365-2672.2011.05204.x . ISSN 1364-5072 . PMID 22121830 .
- ^ LA URC, Myron T; Сатоми, Масатака; Агата, Норо; Венкатсвар, Касттури (март 2004 г.). «Гирб как филогенетический дискриминатор для членов группы Bacillus anthracis - Cereus - Thuringensis » Журнал методов микробиологии 56 (3): 383–394. Doi : 10.1016/ j.mimet.2003.11.0 ISSN 0167-7 14967230PMID
- ^ Эш, Кэрол; Фарроу, Jae; Wallbanks, Салли; Коллинз, MD (2008-06-28). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus выявлена в результате сравнительного анализа последовательностей с малой субъединичной рибосом» . Письма в прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. doi : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
- ^ Heyndrickx, M.; Lebbe, L.; Kersters, K.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; De Vos, P.; Forsyth, G.; Logan, NA (1999-07-01). «Предложение Virgibacillus proomii sp. Nov. И построено описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. doi : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . PMID 10425765 .
- ^ Шида, О.; Takagi, H.; Кадоваки, К.; Kogagata, K. (1996-10-01). «Предложение для двух новых родов, Brevibacillus Gen. Nov. Nov. и Aneurinibacillalus Gen. Nov » Международный журнал систематической бактериологии 46 (4): 939–9 Doi : 10.1099/ 00207713-46-4-9 ISSN 0020-7 PMID 8863420
- ^ Муаль, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Петр; Кришнамурти, Шринивасан; Dastager, Сайед; Mayilraj, Shanmugam (2016-05-01). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis Comb. Nov. И построено описание рода Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. doi : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . PMID 26907585 .
- ^ Патель, Судип; Гупта, Радхей С. (2020-01-01). "Филогеномическая и сравнительная геномная структура для разрешения полифили рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus Gen. Nov., Cytobacillus Gen. Nov., Mesobacillus Gen. Nov., Neobacillus Gen. Nov., Metabacillus. Генерал . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. doi : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . PMID 31617837 .
- ^ "Gtdb - дерево" . gtdb.ecogenomic.org . Получено 2021-05-25 .