Jump to content

Адаптивная выборка

Адаптивная выборка — это метод, используемый в вычислительной молекулярной биологии для эффективного моделирования сворачивания белка в сочетании с моделированием молекулярной динамики.

Белки тратят большую часть – почти 96% в некоторых случаях. [1] – времени их складывания «ожидания» в различных термодинамических минимумах свободной энергии . Следовательно, прямое моделирование этого процесса потребовало бы большого объема вычислений для достижения этого состояния, при этом переходы между состояниями (аспекты сворачивания белка, представляющие больший научный интерес) происходят лишь изредка. [2] белка Адаптивная выборка использует это свойство для моделирования фазового пространства между этими состояниями. Используя адаптивный отбор проб, молекулярное моделирование, которое раньше занимало десятилетия, может быть выполнено за считанные недели. [3]

Если белок проходит через метастабильные состояния A -> B -> C, исследователи могут рассчитать продолжительность перехода между A и C, моделируя переход A -> B и переход B -> C. Белок может сворачиваться альтернативными путями, которые могут частично перекрываться с путем A -> B -> C. Декомпозиция проблемы таким образом эффективна, поскольку каждый шаг можно моделировать параллельно. [3]

Приложения

[ редактировать ]

Адаптивная выборка используется проектом распределенных вычислений Folding@home в сочетании с марковскими моделями состояний . [2] [3]

Недостатки

[ редактировать ]

Хотя адаптивный отбор проб полезен для коротких симуляций, более длинные траектории могут оказаться более полезными для решения определенных типов биохимических проблем. [4] [5]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Роберт Б. Бест (2012). «Атомистическое молекулярное моделирование сворачивания белка». Современное мнение в структурной биологии (обзор). 22 (1): 52–61. дои : 10.1016/j.sbi.2011.12.001 . ПМИД   22257762 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Ти Джей Лейн; Грегори Боуман; Роберт МакГиббон; Кристиан Швантес; Виджай Панде; Брюс Борден (10 сентября 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по моделированию Folding@home» . Складной@дома . Стэнфордский университет . Архивировано из оригинала 13 сентября 2012 г. Проверено 10 сентября 2012 г.
  3. ^ Перейти обратно: а б с Г. Боуман; В. Волез; В.С. Панде (2011). «Укрощение сложности сворачивания белка» . Современное мнение в области структурной биологии . 21 (1): 4–11. дои : 10.1016/j.sbi.2010.10.006 . ПМК   3042729 . ПМИД   21081274 .
  4. ^ Дэвид Э. Шоу; Мартин М. Денерофф; Рон О. Дрор; Джеффри С. Каскин; Ричард Х. Ларсон; Джон К. Салмон; Клифф Янг; Брэннон Бэтсон; Кевин Дж. Бауэрс; Джек С. Чао; Майкл П. Иствуд; Джозеф Гальярдо; Дж. П. Гроссман; К. Ричард Хо; Дуглас Дж. Иерарди, Ist (2008). «Антон. Специализированная машина для моделирования молекулярной динамики» . Коммуникации АКМ . 51 (7): 91–97. дои : 10.1145/1364782.1364802 .
  5. ^ Рон О. Дрор; Роберт М. Диркс; Дж. П. Гроссман; Хуафэн Сюй; Дэвид Э. Шоу (2012). «Биомолекулярное моделирование: вычислительный микроскоп для молекулярной биологии». Ежегодный обзор биофизики . 41 : 429–52. doi : 10.1146/annurev-biophys-042910-155245 . ПМИД   22577825 .
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: aef5d86d6b34b2c77c46b16a85bc9c7a__1666089840
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ae/7a/aef5d86d6b34b2c77c46b16a85bc9c7a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Adaptive sampling - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)