Номенклатура символов для гликанов

Цветовой код моносахаридов в Номенклатуре символов гликанов (SNFG)

Номенклатура символов для гликанов ( SNFG ) ^{[ 1 ]} — это разработанный сообществом стандарт для изображения простых моносахаридов и сложных углеводов ( гликанов ) с использованием различных геометрических фигур с цветовой кодировкой и определенных текстовых дополнений. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Он размещен Национальным центром биотехнологической информации на странице NCBI-гликанов. ^{[ 4 ]} Его курируют международные группы исследователей в этой области, которые вместе называются Дискуссионной группой SNFG. Общая цель SNFG заключается в следующем:

Облегчить общение и презентации моносахаридов и гликанов для исследователей в области гликонаук, а также для ученых и студентов, менее знакомых с этой областью.
Обеспечить единообразное использование номенклатуры в литературе, что поможет обеспечить научную точность в журнальных и интернет-публикациях.
Продолжать развивать SNFG и его приложения, чтобы способствовать более широкому использованию его научным сообществом.

Описание и примеры

SNFG состоит из таблицы, в которой представлены цветные символы для различных моносахаридов, которые обычно встречаются в природе. Он также включает набор сносок, описывающих правила отображения гликанов, включая рекомендации по изменению базового набора символов, изображенных в таблице. Эти сноски разбиты на 10 тем, которые содержат четкие рекомендации по: i. общее использование SNFG; ii. CMYK / RGB Цветовые коды ; iii. цвета и формы символов; iv. кольцевые конфигурации; v. представление облигационной связи; VI. сиаловые кислоты ; VII. модификации гликанов; viii. амино замены; ix. обработка неоднозначных или частично определенных гликанов; и х. изображение негликановых объектов с использованием визуализации SNFG. Более подробную информацию можно найти на главной веб-странице SNFG. ^{[ 1 ]} который периодически пополняется дополнительными направлениями.

Моносахариды могут быть связаны вместе, образуя сложные углеводные структуры или гликаны . Более полные случаи для видов млекопитающих , других эукариот , растений и микробов рассмотрены на главной странице SNFG. ^{[ 1 ]}

Программное обеспечение

Для поддержки реализации SNFG сообществом было разработано несколько программных инструментов, в том числе:

GlycoGlyph : инструмент для рисования и именования гликанов с открытым исходным кодом, который позволяет рисовать гликаны в формате SNFG, используя либо графический интерфейс пользователя, либо имена в формате линейной номенклатуры CFG. При рисовании структур приложение создает как линейное имя CFG, так и GlycoCT, которое, в свою очередь, можно использовать для получения идентификационных номеров GlyTouCan для гликана. ^{[ 5 ]}
3D-SNFG: для мультяшного изображения SNFG в атомных моделях углеводов. Здесь моносахариды изображены в виде крупных фигур или значков, сосредоточенных внутри колец. ^{[ 6 ]}
DrawGlycan-SNFG: для преобразования входных строк, сжатых по стандарту IUPAC, для создания рисунков гликанов и гликопептидов. Фрагментация связей, дескрипторы гликанов и другие модификации углеводов могут быть включены с использованием строковых входных данных. ^{[ 7 ]}
GlycanBuilder2: автономная версия GlycanBuilder, поддерживающая расширенную номенклатуру SNFG. ^{[ 8 ]}
Sugarsketcher : интуитивно понятный веб-инструмент перетаскивания для рендеринга изображений SNFG. ^{[ 9 ]}

Номенклатура SNFG также была принята в качестве стандарта основными базами данных и журналами в области биомедицинских наук.

История

В 1978 году Стюарт Корнфельд и его коллеги из Медицинской школы Вашингтонского университета представили систему символического представления гликанов позвоночных. ^{[ 10 ]} Эта система приобрела популярность, когда она была реализована в качестве основного метода представления гликанов в учебнике NCBI «Основы гликобиологии» под редакцией Аджита Варки (Калифорнийский университет, Сан-Диего) и его коллег. ^{[ 11 ]} Хотя в первом издании этого текста, опубликованном в 1999 г., использовались черно-белые символы, аналогичные системе Корнфельда, во втором издании текста (2009 г.) был введен цвет. Преимущество цвета в том, что теперь разные стереоизомеры моносахаридов можно было изображать одной и той же формой, только разными цветами. Система представления углеводов была принята и широко распространена многими, включая финансируемый NIGMS Консорциум функциональной гликомики , и поэтому ее часто называли «Номенклатурой CFG». Это цветовое представление было значительно расширено в третьем издании текста и включило 49 новых моносахаридов, которые появляются в основном у беспозвоночных, микробов и растений. В эту реализацию были включены материалы и рекомендации ряда ученых, помимо редакторов учебника Essentials, а выпуск расширенной системы символов гликанов был скоординирован с комитетом по номенклатуре углеводов IUPAC . Для долгосрочной разработки этой номенклатуры символов и стандартизации представления гликанов в Glycosciences в 2015 году редакторы Essentials предложили официально назвать это представление SNFG («Символическая номенклатура для гликанов»), а будущую разработку поручить мировому сообществу. ученых. Чтобы способствовать этому развитию, каждый из символов моносахарида SNFG был связан с Записи PubChem в NCBI/NLM и специальный веб-сайт NCBI были созданы для будущих обновлений SNFG. ^{[ 1 ]} Таким образом, разработкой SNFG в настоящее время занимается международное сообщество ученых, называемое Дискуссионной группой SNFG.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Символическая номенклатура гликанов (SNFG) - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 августа 2019 г.
^ Варки, А; Каммингс, РД; Эби, М; Пакер, Нью-Хэмпшир; Сибергер, PH; Эско, доктор медицинских наук; Стэнли, П; Харт, Дж; Дарвилл, А; Киношита, Т; Престегард, Джей Джей; Шнаар, РЛ; Замри, ХХ; Март, доктор медицинских наук; Бертоцци, ЧР; Этцлер, Мэн; Франк, М; Влигентхарт, Дж. Ф.; Люттеке, Т; Перес, С; Болтон, Э; Радд, П; Полсон, Дж; Канехиса, М; Тукач, П; Аоки-Киношита, К.Ф.; Делл, А; Наримацу, Х; Йорк, Вт; Танигучи, Н; Корнфельд, С. (декабрь 2015 г.). «Символическая номенклатура графических изображений гликанов» . Гликобиология . 25 (12): 1323–4. дои : 10.1093/гликоб/cwv091 . ПМЦ 4643639 . ПМИД 26543186 .
^ Ниламегэм, С; Аоки-Киношита, К; Болтон, Э; Франк, М; Лисачек, Ф; Люттеке, Т; О'Бойл, Н.; Пакер, Н.; Стэнли, П; Тукач, П; Варки, А; Вудс, Р.Дж.; СНФГ Дискуссия, группа. (11 июня 2019 г.). «Обновления к рекомендациям по номенклатуре символов для гликанов (SNFG)» . Гликобиология . 29 (9): 620–624. дои : 10.1093/гликоб/cwz045 . ПМЦ 7335484 . ПМИД 31184695 .
^ «NCBI-гликаны» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 августа 2019 г.
^ Мехта, AY; Каммингс, Р.Д. (14 марта 2020 г.). «GlycoGlyph: приложение для визуализации, рисования и именования гликанов» . Биоинформатика . 36 (11): 3613–3614. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa190 . ПМЦ 7267839 . ПМИД 32170934 .
^ Тикер, Д.Ф.; Хадден, Дж.А.; Шультен, К; Вудс, Р.Дж. (август 2016 г.). «3D-реализация номенклатуры символов для графического представления гликанов» . Гликобиология . 26 (8): 786–7. дои : 10.1093/гликоб/cww076 . ПМК 5018049 . ПМИД 27514939 .
^ Ченг, К; Чжоу, Ю; Ниламегэм, С. (15 марта 2017 г.). «DrawGlycan-SNFG: надежный инструмент для визуализации гликанов и гликопептидов с информацией о фрагментации» . Гликобиология . 27 (3): 200–205. дои : 10.1093/гликоб/cww115 . ПМК 6410959 . ПМИД 28177454 .
^ Цучия, С; Аоки, НП; Шинмачи, Д; Мацубара, М; Ямада, я; Аоки-Киношита, К.Ф.; Наримацу, Х. (5 июня 2017 г.). «Реализация GlycanBuilder для рисования широкого спектра неоднозначных гликанов» . Исследование углеводов . 445 : 104–116. дои : 10.1016/j.carres.2017.04.015 . ПМИД 28525772 .
^ Алоччи, Д; Суханкова, П; Коста, Р; Горы, С.; Мариетоз, Дж; Варжекова, Р.С.; Тукач, П; Лисачек, Ф (5 декабря 2018 г.). «SugarSketcher: быстрое и интуитивно понятное онлайн-рисование гликанов» . Молекулы (Базель, Швейцария) . 23 (12): 3206. doi : 10,3390/molecules23123206 . ПМК 6320881 . ПМИД 30563078 .
^ Корнфельд, С; Ложь; Табас, I (10 ноября 1978 г.). «Синтез олигосахаридов сложного типа. II. Характеристика промежуточных продуктов процесса синтеза сложных олигосахаридных единиц G-белка вируса везикулярного стоматита» . Журнал биологической химии . 253 (21): 7771–8. дои : 10.1016/S0021-9258(17)34436-8 . ПМИД 212435 .
^ «Основы гликобиологии, 3-е изд.» . Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. 2015 . Проверено 19 августа 2019 г.

Внешние ссылки

Сайт «Номенклатура символов гликанов» (SNFG) на сайте NCBI-Glycans.

[SNFG-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Символическая номенклатура гликанов (SNFG) - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 августа 2019 г.

[2] Варки, А; Каммингс, РД; Эби, М; Пакер, Нью-Хэмпшир; Сибергер, PH; Эско, доктор медицинских наук; Стэнли, П; Харт, Дж; Дарвилл, А; Киношита, Т; Престегард, Джей Джей; Шнаар, РЛ; Замри, ХХ; Март, доктор медицинских наук; Бертоцци, ЧР; Этцлер, Мэн; Франк, М; Влигентхарт, Дж. Ф.; Люттеке, Т; Перес, С; Болтон, Э; Радд, П; Полсон, Дж; Канехиса, М; Тукач, П; Аоки-Киношита, К.Ф.; Делл, А; Наримацу, Х; Йорк, Вт; Танигучи, Н; Корнфельд, С. (декабрь 2015 г.). «Символическая номенклатура графических изображений гликанов» . Гликобиология . 25 (12): 1323–4. дои : 10.1093/гликоб/cwv091 . ПМЦ 4643639 . ПМИД 26543186 .

[3] Ниламегэм, С; Аоки-Киношита, К; Болтон, Э; Франк, М; Лисачек, Ф; Люттеке, Т; О'Бойл, Н.; Пакер, Н.; Стэнли, П; Тукач, П; Варки, А; Вудс, Р.Дж.; СНФГ Дискуссия, группа. (11 июня 2019 г.). «Обновления к рекомендациям по номенклатуре символов для гликанов (SNFG)» . Гликобиология . 29 (9): 620–624. дои : 10.1093/гликоб/cwz045 . ПМЦ 7335484 . ПМИД 31184695 .

[4] «NCBI-гликаны» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 августа 2019 г.

[5] Мехта, AY; Каммингс, Р.Д. (14 марта 2020 г.). «GlycoGlyph: приложение для визуализации, рисования и именования гликанов» . Биоинформатика . 36 (11): 3613–3614. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa190 . ПМЦ 7267839 . ПМИД 32170934 .

[6] Тикер, Д.Ф.; Хадден, Дж.А.; Шультен, К; Вудс, Р.Дж. (август 2016 г.). «3D-реализация номенклатуры символов для графического представления гликанов» . Гликобиология . 26 (8): 786–7. дои : 10.1093/гликоб/cww076 . ПМК 5018049 . ПМИД 27514939 .

[7] Ченг, К; Чжоу, Ю; Ниламегэм, С. (15 марта 2017 г.). «DrawGlycan-SNFG: надежный инструмент для визуализации гликанов и гликопептидов с информацией о фрагментации» . Гликобиология . 27 (3): 200–205. дои : 10.1093/гликоб/cww115 . ПМК 6410959 . ПМИД 28177454 .

[8] Цучия, С; Аоки, НП; Шинмачи, Д; Мацубара, М; Ямада, я; Аоки-Киношита, К.Ф.; Наримацу, Х. (5 июня 2017 г.). «Реализация GlycanBuilder для рисования широкого спектра неоднозначных гликанов» . Исследование углеводов . 445 : 104–116. дои : 10.1016/j.carres.2017.04.015 . ПМИД 28525772 .

[9] Алоччи, Д; Суханкова, П; Коста, Р; Горы, С.; Мариетоз, Дж; Варжекова, Р.С.; Тукач, П; Лисачек, Ф (5 декабря 2018 г.). «SugarSketcher: быстрое и интуитивно понятное онлайн-рисование гликанов» . Молекулы (Базель, Швейцария) . 23 (12): 3206. doi : 10,3390/molecules23123206 . ПМК 6320881 . ПМИД 30563078 .

[10] Корнфельд, С; Ложь; Табас, I (10 ноября 1978 г.). «Синтез олигосахаридов сложного типа. II. Характеристика промежуточных продуктов процесса синтеза сложных олигосахаридных единиц G-белка вируса везикулярного стоматита» . Журнал биологической химии . 253 (21): 7771–8. дои : 10.1016/S0021-9258(17)34436-8 . ПМИД 212435 .

[11] «Основы гликобиологии, 3-е изд.» . Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. 2015 . Проверено 19 августа 2019 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]