БиндингДБ
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Химическая база данных |
| Типы данных захвачен | Молекулы с лекарственными свойствами и биологической активностью |
| Контакт | |
| Авторы | Майкл Гилсон, руководитель группы |
| Первичное цитирование | ПМИД 17145705 |
| Дата выпуска | 1995 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | БиндингДБ |
| URL-адрес загрузки | Загрузки |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Данные BindingDB доступны по Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0. непортированной лицензии |
БиндингДБ [1] [2] [3] [4] представляет собой общедоступную, доступную через Интернет базу данных измеренных аффинностей связывания, в которой основное внимание уделяется взаимодействиям белков, которые считаются кандидатами в качестве мишеней для лекарств, с лигандами, которые представляют собой небольшие молекулы, подобные лекарству. По состоянию на март 2011 года BindingDB содержит около 650 000 данных о связывании для 5700 белков-мишеней и 280 000 малых молекул. BindingDB также включает небольшую коллекцию данных о связывании «гость-хозяин», представляющих интерес для химиков, изучающих супрамолекулярные системы.
Целью BindingDB является поддержка медицинской химии и открытия лекарств посредством изучения литературы и развития отношений структура-активность (SAR и QSAR); проверка подходов вычислительной химии и молекулярного моделирования , таких как методы стыковки , подсчета очков и свободной энергии; химическая биология и химическая геномика; и фундаментальные исследования физической химии молекулярного распознавания .
Сбор данных основан на различных методах измерений, включая ингибирование ферментов и кинетику, изотермическую титровальную калориметрию, ЯМР, а также радиолигандные и конкурентные анализы. BindingDB включает данные, извлеченные из научной литературы в рамках проекта BindingDB, избранных подтверждающих биоанализов PubChem и записей ChEMBL , для которых указан четко определенный целевой белок («TARGET_TYPE='PROTEIN'»).
и финансирование История
Проект BindingDB был задуман в середине 1990-х годов на основе признания широкой ценности количественных данных о сходстве и неадекватности журнальных статей как средства обеспечения доступа к этим данным. Семинар , спонсируемый NIST в сентябре 1997 года, подтвердил эту концепцию, а финансирование со стороны NSF и NIST позволило начать начальную разработку базы данных со сбором данных для систем многих типов, включая белок-лиганд, белок-белок и связывание хозяин-гость. . Однако надежды на то, что база данных будет пополняться преимущественно за счет показаний экспериментаторов, не оправдались, и стало ясно, что проекту придется взять на себя ответственность за извлечение данных из литературы. Учитывая обширность литературы по молекулярному распознаванию и ограниченность доступных ресурсов, это означало, что создание полезной базы данных потребует ограничения внимания к четко определенному набору ценных данных о связывании.
Было принято решение сосредоточиться на данных о связывании малых молекул с белками, которые являются мишенями для лекарств или потенциальными мишенями для лекарств, и для которых трехмерная структура доступна в PDB или потенциально может быть смоделирована с высокой точностью на основе структура аналогичного белка. Этот выбор будет способствовать открытию лекарств для выбранных целей, а также развитию как лигандных, так и структурных методов вычислительного дизайна лигандов. В настоящее время этим занимается компания BindingDB, которую возглавляет Майкл Гилсон , базирующаяся в в Сан-Диего университета Школе фармацевтики и фармацевтических наук Калифорнийского и поддерживаемая грантом Национального института здравоохранения .
Возможности [ править ]
Веб-интерфейс BindingDB предоставляет ряд инструментов просмотра, запросов и загрузки данных. К ним относятся просмотр по названию целевого белка или по цитированию в журнале, запрос по химическому сходству и субструктуре, а также загрузка по целевому объекту или результату запроса.
См. также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Лю, Т., Лин, Ю., Вэнь, X., Йоррисен, Р.Н. и Гилсон, М.К. BindingDB: доступная в Интернете база данных экспериментально определенных сродств связывания белков с лигандами Nucleic Acids Research 35: D198-D201 (2007).
- ^ Чен, X., Лин, Ю. и Гилсон, М.К. База данных связывания: обзор и руководство пользователя Biopolymers Nucleic Acid Sci. 61:127-141 (2002).
- ^ Чен, X., Лин, Ю., Лю, М. и Гилсон, М.К. База данных привязки: управление данными и проектирование интерфейсов, биоинформатика 18: 130-139 (2002).
- ^ Чен, X., Лю, М. и Гилсон, М.К. Binding DB: доступная через Интернет база данных молекулярного распознавания J. Combi. хим. High-Throughput Screen 4:719-725 (2001).