✖


Jump to content

Секвенирование одиночных молекул в реальном времени

одной молекулы в реальном времени ( SMRT ) Секвенирование — это параллельный метод секвенирования ДНК одной молекулы . Для секвенирования одиночных молекул в реальном времени используется нулевой волновод (ZMW). [1] Один фермент ДНК-полимераза прикреплен к нижней части ZMW с помощью одной молекулы ДНК в качестве матрицы. ZMW — это структура, которая создает освещенный объем наблюдения, который достаточно мал, чтобы наблюдать только один нуклеотид ДНК, включаемый ДНК-полимеразой . Каждое из четырех оснований ДНК присоединено к одному из четырех различных флуоресцентных красителей. Когда нуклеотид включается ДНК-полимеразой, флуоресцентная метка отщепляется и диффундирует за пределы области наблюдения ZMW, где ее флуоресценция больше не наблюдается. Детектор обнаруживает флуоресцентный сигнал включения нуклеотида, и определение оснований производится в соответствии с соответствующей флуоресценцией красителя. [2]

Технология

[ редактировать ]

Секвенирование ДНК проводится на чипе, содержащем множество ZMW. Внутри каждого ZMW одна активная ДНК-полимераза с одной молекулой одноцепочечной ДНК-матрицы иммобилизована внизу, через которую может проникать свет и создавать камеру визуализации, которая позволяет отслеживать активность ДНК-полимеразы на уровне одной молекулы. Сигнал от фосфосвязанного нуклеотида, включенного ДНК-полимеразой, обнаруживается в процессе синтеза ДНК, что приводит к секвенированию ДНК в реальном времени.

Подготовка шаблона

[ редактировать ]

Для подготовки библиотеки фрагментам ДНК придают кольцевую форму с помощью лигирования шпильки-адаптера. [3]

Фосфосвязанный нуклеотид

[ редактировать ]

Для каждого из нуклеотидных оснований существует соответствующая молекула флуоресцентного красителя, которая позволяет детектору идентифицировать основание, включаемое ДНК-полимеразой во время синтеза ДНК . Молекула флуоресцентного красителя прикрепляется к фосфатной цепи нуклеотида. Когда нуклеотид включается ДНК-полимеразой, флуоресцентный краситель отщепляется вместе с фосфатной цепью в рамках естественного процесса синтеза ДНК , во время которого фосфодиэфирная связь создается для удлинения цепи ДНК. Расщепленная молекула флуоресцентного красителя затем диффундирует из объема обнаружения, так что флуоресцентный сигнал больше не обнаруживается. [4]

Нулевой волновод

[ редактировать ]

Нулевой волновод (ZMW) представляет собой нанофотонную ограничительную структуру, состоящую из круглого отверстия в алюминиевой оболочке, нанесенной на прозрачную подложку из кремнезема. [5]

Отверстия ZMW имеют диаметр ~ 70 нм и глубину ~ 100 нм. Из-за поведения света, когда он проходит через маленькую апертуру, оптическое поле экспоненциально затухает внутри камеры. [6] [7]

Объем наблюдения в освещенном ЗМВ составляет ~20 зептолитров (20 х 10 −21 литры). В этом объеме можно легко обнаружить активность ДНК-полимеразы, включающей один нуклеотид. [4] [8]

Производительность секвенирования

[ редактировать ]

Производительность секвенирования можно измерить по длине считывания, точности и общей пропускной способности за эксперимент. Преимуществом систем секвенирования PacBio, использующих ZMW, является большая длина считывания, хотя уровень ошибок составляет порядка 5–15 %, а пропускная способность образцов ниже, чем у платформ секвенирования Illumina . [9]

19 сентября 2018 года компания Pacific Biosciences [PacBio] выпустила химическую версию Sequel 6.0, синхронизировав химическую версию с версией программного обеспечения. Производительность библиотек с большими вставками с ДНК с высокой молекулярной массой отличается от библиотек с более короткими вставками длиной менее ~ 15 000 оснований. Для более крупных шаблонов средняя длина чтения составляет до 30 000 оснований. Для библиотек с более короткими вставками средняя длина чтения составляет до 100 000 оснований при чтении одной и той же молекулы по кругу несколько раз. Последние библиотеки с более короткими вставками затем дают до 50 миллиардов оснований из одной ячейки SMRT. [10]

История

[ редактировать ]

Компания Pacific Biosciences (PacBio) коммерциализировала секвенирование SMRT в 2011 году. [11] после выпуска бета-версии своего инструмента RS в конце 2010 года. [12]

РС и РС II

[ редактировать ]
Ячейка SMRT для секвенатора RS или RS II

На момент коммерциализации длина чтения имела нормальное распределение со средним значением около 1100 оснований. Новый химический набор, выпущенный в начале 2012 года, увеличил длину чтения секвенатора; один из первых исследователей химии указал, что средняя длина чтения составляет от 2500 до 2900 оснований. [13]

Химический набор XL, выпущенный в конце 2012 года, увеличил среднюю длину чтения до более чем 4300 оснований. [14] [15]

21 августа 2013 г. компания PacBio выпустила новый набор для связывания ДНК-полимеразы P4. Этот фермент P4 имеет среднюю длину чтения более 4300 оснований в сочетании с химией секвенирования C2 и более 5000 оснований в сочетании с химией XL. [16] Точность фермента аналогична точности C2, достигая QV50 при охвате от 30 до 40 раз. Полученные атрибуты P4 обеспечили сборки более высокого качества с использованием меньшего количества ячеек SMRT и улучшенным вызовом вариантов. [16] В сочетании с выбором размера входной ДНК (с использованием прибора для электрофореза, такого как BluePippin) средняя длина считывания превышает 7 килобаз. [17]

3 октября 2013 г. PacBio выпустила новую комбинацию реагентов для PacBio RS II, ДНК-полимеразы P5 с химией C3 (P5-C3). Вместе они увеличивают длину считывания секвенирования в среднем примерно до 8500 оснований, при этом самые длинные чтения превышают 30 000 оснований. [18] Пропускная способность на ячейку SMRT составляет около 500 миллионов оснований, о чем свидетельствуют результаты секвенирования клеточной линии CHM1. [19]

15 октября 2014 года PacBio объявила о выпуске нового химического препарата P6-C4 для системы RS II, который представляет собой 6-е поколение полимераз компании и химическое вещество 4-го поколения, что еще больше увеличивает среднюю длину чтения до 10 000–15 000 оснований с самые длинные чтения превышают 40 000 оснований. Пропускная способность нового химического состава оценивалась от 500 миллионов до 1 миллиарда оснований на ячейку SMRT, в зависимости от секвенируемого образца. [20] [21] Это была последняя версия химического анализа, выпущенная для прибора RS.

На производительность эксперимента по этой технологии влияет как длина считывания секвенированных молекул ДНК, так и общий мультиплексор ячейки SMRT. Прототип ячейки SMRT содержал около 3000 отверстий ZMW, что позволяло параллельно секвенировать ДНК. При поступлении в продажу каждая ячейка SMRT имела по 150 000 отверстий ZMW, которые считывались в двух наборах по 75 000. [22] В апреле 2013 года компания выпустила новую версию секвенатора под названием «PacBio RS II», которая одновременно использует все 150 000 отверстий ZMW, что удваивает производительность на эксперимент. [23] [24] В режиме с самой высокой пропускной способностью в ноябре 2013 года использовалось связывание P5, химия C3, выбор размера BluePippin и PacBio RS II, что официально дало 350 миллионов оснований на ячейку SMRT, хотя набор данных человека de novo был опубликован с химическим составом в среднем 500 миллионов оснований на ячейку SMRT. Пропускная способность варьируется в зависимости от типа секвенируемого образца. [25] С внедрением химии P6-C4 типичная пропускная способность на ячейку SMRT увеличилась с 500 миллионов оснований до 1 миллиарда оснований.

РС Производительность
С1 С2 P4-XL P5-C3 P6-C4
Базы средней длины чтения 1100 2500 - 2900 4300 - 5000 8500 10,000 - 15,000
Пропускная способность на ячейку SMRT 30М - 40М 60М - 100М 250М - 300М 350М - 500М 500М - 1Б

Продолжение

[ редактировать ]
Ячейка SMRT для секвенсора сиквелов

В сентябре 2015 года компания объявила о выпуске нового инструмента для секвенирования Sequel System, который увеличил емкость до 1 миллиона отверстий ZMW. [26] [27]

В приборе Sequel первоначальная длина считывания была сопоставима с RS, затем в более поздних версиях химии длина считывания увеличилась.

23 января 2017 года была выпущена химия V2. Это увеличило среднюю длину чтения до 10 000–18 000 оснований. [28]

8 марта 2018 года вышла химия 2.1. Это увеличило среднюю длину чтения до 20 000 оснований и половину всех чтений длиной более 30 000 оснований. Выход на ячейку SMRT увеличился до 10 или 20 миллиардов оснований как для библиотек с большими вставками, так и для библиотек с более короткими вставками (например, ампликонов ) соответственно. [29]

Наконечник пипетки в ячейке SMRT 8M

19 сентября 2018 года компания объявила о химическом составе Sequel 6.0, в котором средняя длина чтения увеличена до 100 000 оснований для библиотек с более короткими вставками и до 30 000 для библиотек с более длинными вставками. Выход ячеек SMRT увеличился до 50 миллиардов оснований для библиотек с более короткими вставками. [10]

Продолжение выступления
V2 2.1 6.0
Базы средней длины чтения 10,000 - 18,000 20,000 - 30,000 30,000 - 100,000
Пропускная способность на ячейку SMRT 5Б - 8Б 10Б - 20Б 20Б - 50Б

Чип 8М

[ редактировать ]

В апреле 2019 года компания выпустила новую ячейку SMRT с восемью миллионами ZMW. [30] увеличение ожидаемой пропускной способности на ячейку SMRT в восемь раз. [31] Клиенты с ранним доступом в марте 2019 года сообщили о пропускной способности более 58 ячеек, управляемых клиентом: 250 ГБ необработанного выхода на ячейку с шаблонами длиной около 15 КБ и выход 67,4 ГБ на ячейку с шаблонами в молекулах с более высоким весом. [32] О производительности системы теперь сообщают либо в непрерывных длинных считываниях высокомолекулярной массы, либо в предварительно скорректированных считываниях HiFi (также известных как циклическая консенсусная последовательность (CCS)). Для высокомолекулярных ридов примерно половина всех ридов имеет длину более 50 кб.

Высокомолекулярные характеристики Sequel II
Ранний доступ 1.0 2.0
Пропускная способность на ячейку SMRT ~67,4 ГБ До 160 ГБ До 200 ГБ

Производительность HiFi включает исправленные базы с качеством выше балла Phred Q20 с использованием повторных проходов ампликона для коррекции. Они принимают ампликоны длиной до 20 КБ.

Sequel II HiFi с исправленной производительностью чтения
Ранний доступ 1.0 2.0
Необработанные чтения на ячейку SMRT ~250 ГБ До 360 ГБ До 500 ГБ
Исправленные чтения для каждой ячейки SMRT (>Q20) ~25 ГБ До 36 ГБ До 50 ГБ

Приложение

[ редактировать ]

Секвенирование одиночных молекул в реальном времени может быть применимо для широкого спектра геномных исследований.

Для секвенирования генома de novo длины считываний при секвенировании одиночных молекул в реальном времени сопоставимы или превышают длину считывания метода секвенирования Сэнгера, основанного на терминации дидезоксинуклеотидной цепи. Большая длина считывания позволяет секвенировать геном de novo и упрощает сборку генома. [2] [33] [34] Ученые также используют секвенирование одиночных молекул в режиме реального времени в гибридных сборках для геномов de novo, чтобы объединить данные последовательностей короткого считывания с данными последовательностей длительного чтения. [35] [36] В 2012 году было выпущено несколько рецензируемых публикаций, демонстрирующих автоматическую обработку бактериальных геномов. [37] [38] включая одну статью, в которой в Celera Assembler был добавлен конвейер для окончательной обработки генома с использованием длинных чтений SMRT-секвенирования. [39] В 2013 году ученые подсчитали, что длинное секвенирование можно использовать для полной сборки и завершения большинства геномов бактерий и архей. [40]

Одну и ту же молекулу ДНК можно повторно секвенировать независимо, создав кольцевую матрицу ДНК и используя фермент, замещающий цепь, который отделяет вновь синтезированную цепь ДНК от матрицы. [41] В августе 2012 года ученые из Института Броуда опубликовали оценку секвенирования SMRT для вызова SNP. [42]

ли основание Динамика полимеразы может указывать на то, метилировано . [43] Ученые продемонстрировали использование секвенирования одиночных молекул в реальном времени для обнаружения метилирования и других модификаций оснований. [44] [45] [46] В 2012 году группа ученых использовала секвенирование SMRT для получения полных метиломов шести бактерий. [47] В ноябре 2012 года ученые опубликовали отчет о полногеномном метилировании вспышки штамма E. coli. [48]

Длинные чтения позволяют секвенировать полные изоформы генов, включая 5'- и 3'-концы. Этот тип секвенирования полезен для захвата изоформ и вариантов сплайсинга. [49] [50]

Секвенирование SMRT имеет несколько применений в исследованиях репродуктивной медицинской генетики при исследовании семей с подозрением на мозаицизм гонад у родителей. Длинные чтения позволяют фазировать гаплотипы у пациентов для исследования происхождения мутаций. Глубокое секвенирование позволяет определить частоты аллелей в клетках спермы, что имеет значение для оценки риска рецидива у будущих больных потомков. [51] [52]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Левен М.Дж., Корлах Дж., Тернер С.В. и др. (2003). «Нулевомодовые волноводы для анализа одиночных молекул при высоких концентрациях». Наука . 299 (5607): 682–6. Бибкод : 2003Sci...299..682L . дои : 10.1126/science.1079700 . ПМИД   12560545 . S2CID   6060239 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Ид Дж., Фер А., Грей Дж. и др. (2009). «Секвенирование ДНК в реальном времени из одиночных молекул полимеразы». Наука . 323 (5910): 133–8. Бибкод : 2009Sci...323..133E . дои : 10.1126/science.1162986 . ПМИД   19023044 . S2CID   54488479 .
  3. ^ Фридманн, Теодор (2012). Достижения генетики (на голландском языке). Оксфорд: Академик. ISBN  978-0-12-394395-8 . OCLC   813987819 .
  4. ^ Перейти обратно: а б «Pacific Biosciences разрабатывает преобразующую технологию секвенирования ДНК» (PDF) . Справочник по тихоокеанским биологическим технологиям . 2008.
  5. ^ Корлах Дж., Маркс П.Дж., Цицерон Р.Л. и др. (2008). «Селективная пассивация алюминием для направленной иммобилизации одиночных молекул ДНК-полимеразы в волноводных наноструктурах с нулевой модой» . ПНАС . 105 (4): 1176–81. Бибкод : 2008PNAS..105.1176K . дои : 10.1073/pnas.0710982105 . ПМК   2234111 . ПМИД   18216253 .
  6. ^ Фоке М., Сами К.Т., Конг X и др. (2008). «Улучшенное изготовление нулевых волноводов для обнаружения одиночных молекул». Дж. Прил. Физ. 103 (3): 034301–034301–9. Бибкод : 2008JAP...103c4301F . дои : 10.1063/1.2831366 . S2CID   38892226 .
  7. ^ Чжу, Пол; Крейгхед, Гарольд Г. (9 июня 2012 г.). «Нулевомодовые волноводы для анализа одиночных молекул». Ежегодный обзор биофизики . 41 (1). Годовые обзоры: 269–293. doi : 10.1146/annurev-biophys-050511-102338 . ISSN   1936-122Х . ПМИД   22577821 .
  8. ^ Байбаков Михаил; Барулин, Александр; Рой, Притху; Клод, Жан-Бенуа; Патра, Сатьяджит; Венгер, Жером (22 февраля 1999 г.). «Нулевомодовые волноводы можно сделать лучше: усиление флуоресценции с помощью прямоугольных алюминиевых наноапертур от видимого диапазона до глубокого ультрафиолета» . Наномасштабные достижения . 2 (9): 4153–4160. дои : 10.1039/D0NA00366B . ПМЦ   9417158 . ПМИД   36132755 .
  9. ^ Поллок, Джолинда; Глендиннинг, Лаура; Виседханвет, Тронг; Уотсон, Мик (2018). «Безумие микробиома: попытка найти консенсус «лучшая практика» для исследований микробиома 16S» . Прикладная и экологическая микробиология . 84 (7): e02627-17. Бибкод : 2018ApEnM..84E2627P . дои : 10.1128/АЕМ.02627-17 . ПМЦ   5861821 . ПМИД   29427429 .
  10. ^ Перейти обратно: а б «ПакБио Пост» . Твиттер . 19 сентября 2018 г.
  11. ^ Кароу Дж. (3 мая 2011 г.). «PacBio поставляет первые две коммерческие системы; количество заказов выросло до 44» . ГеномВеб .
  12. ^ Кароу Дж. (7 декабря 2010 г.). «PacBio раскрывает характеристики бета-системы для RS; сообщает, что коммерческий выпуск ожидается в первой половине 2011 года» . ГеномВеб .
  13. ^ Кароу Дж. (10 января 2012 г.). «После года испытаний двое первых клиентов PacBio ожидают более регулярного использования секвенатора RS в 2012 году» . ГеномВеб .
  14. ^ Хегер М. (13 ноября 2012 г.). «Химический состав XL от PacBio увеличивает длину и пропускную способность считывания; CSHL тестирует эту технологию на геноме риса» . ГеномВеб .
  15. ^ Хегер М. (5 марта 2013 г.). «Пользователи PacBio сообщают о прогрессе в длинных чтениях по сборке генома растений и сложных участках генома человека» . ГеномВеб .
  16. ^ Перейти обратно: а б «Новая ДНК-полимераза P4 обеспечивает сборку более высокого качества с использованием меньшего количества клеток SMRT» . Блог ПакБио . 21 августа 2013 г.
  17. ^ лекснедербрагт (19 июня 2013 г.). «Жажда самого длинного чтения: PacBio и BluePippin» . Между строк кода .
  18. ^ «Новая химия для PacBio RS II обеспечивает среднюю длину чтения 8,5 КБ для сложных исследований генома» . Блог ПакБио . 3 октября 2013 г.
  19. ^ Чейссон М.Дж., Хаддлстон Дж., Деннис М.Ю. и др. (2014). «Разрешение сложности генома человека с помощью секвенирования одиночных молекул» . Природа . 517 (7536): 608–11. Бибкод : 2015Natur.517..608C . дои : 10.1038/nature13907 . ПМК   4317254 . ПМИД   25383537 .
  20. ^ «Pacific Biosciences выпускает новый метод химического секвенирования ДНК, позволяющий увеличить длину и точность считывания при изучении человеческих и других сложных геномов» . Тихоокеанские биологические науки (пресс-релиз). 15 октября 2014 г.
  21. ^ «Новая химия увеличивает среднюю длину чтения до 10–15 КБ для PacBio RS II» . Блог ПакБио . 15 октября 2014 г.
  22. ^ «Клетки SMRT, наборы реагентов для секвенирования и аксессуары для PacBio RS II» . Тихоокеанские биологические науки . 2020. Архивировано из оригинала 21 апреля 2013 г. Проверено 28 апреля 2012 г.
  23. ^ «PacBio запускает секвенатор PacBio RS II» . Поиск следующего поколения . 11 апреля 2013 г. Архивировано из оригинала 19 декабря 2019 г. . Проверено 18 апреля 2013 г.
  24. ^ «Новые продукты: RS II от PacBio; запонки» . ГеномВеб . 16 апреля 2013 г.
  25. ^ «Пост секвенирования герцога» . Твиттер . 30 августа 2013 г.
  26. ^ «PacBio анонсирует систему секвенирования сиквелов» . Мир БиоИТ . 30 сентября 2015 г. Архивировано из оригинала 29 июля 2020 г. Проверено 16 ноября 2015 г.
  27. ^ Хегер М. (1 октября 2015 г.). «PacBio представляет высокопроизводительную и недорогую систему секвенирования одиночных молекул» . ГеномВеб .
  28. ^ «Новая химия и программное обеспечение для системы сиквелов. Увеличьте длину чтения, снизьте затраты на проект» . Блог ПакБио . 9 января 2017 г.
  29. ^ «Новое программное обеспечение, полимераза для повышения производительности и доступности системы сиквелов» . Блог ПакБио . 7 марта 2018 г.
  30. ^ «PacBio запускает систему Sequel II» . Мир БиоИТ . 26 апреля 2019 г.
  31. ^ «Архивная копия» . Архивировано из оригинала 24 сентября 2018 г. Проверено 24 сентября 2018 г. {{cite web}}: CS1 maint: архивная копия в заголовке ( ссылка )
  32. ^ Хегер М. (7 марта 2019 г.). «PacBio делится опытом работы с клиентами в раннем доступе и новыми приложениями для продолжения II» . ГеномВеб .
  33. ^ Раско Д.А., Вебстер Д.Р., Сахл Дж.В. и др. (2011). «Происхождение штамма E. coli , вызвавшего вспышку гемолитико-уремического синдрома в Германии» . Н. англ. Дж. Мед. 365 (8): 709–17. дои : 10.1056/NEJMoa1106920 . ПМК   3168948 . ПМИД   21793740 .
  34. ^ Чин К.С., Соренсон Дж., Харрис Дж.Б. и др. (2011). «Происхождение штамма гаитянской вспышки холеры» . Н. англ. Дж. Мед. 364 (1): 33–42. дои : 10.1056/NEJMoa1012928 . ПМК   3030187 . ПМИД   21142692 .
  35. ^ Гао Х., Грин С.Дж., Джафари Н. и др. (2012). «Технические советы: секвенирование следующего поколения» . Новости генной инженерии и биотехнологии . 32 (8).
  36. ^ Шац М. (7 сентября 2011 г.). «Подходы к SMRT-сборке» (PDF) . schatzlab.cshl.edu (Собрание пользователей PacBio).
  37. ^ Рибейро Ф.Дж., Пшибильски Д., Инь С. и др. (2012). «Готовые бактериальные геномы на основе данных последовательности дробовика» . Геном Рез. 22 (11): 2270–7. дои : 10.1101/гр.141515.112 . ПМЦ   3483556 . ПМИД   22829535 .
  38. ^ Башир А., Кламмер А., Робинс В.П. и др. (2012). «Гибридный подход к автоматизированной доработке бактериальных геномов» . Нат. Биотехнология. 30 (7): 701–7. дои : 10.1038/nbt.2288 . ПМЦ   3731737 . ПМИД   22750883 .
  39. ^ Корен С., Шац М.К., Валенц Б.П. и др. (2012). «Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo считываний секвенирования одиночных молекул» . Нат. Биотехнология. 30 (7): 693–700. дои : 10.1038/nbt.2280 . ПМК   3707490 . ПМИД   22750884 .
  40. ^ Корен С., Хархей Г.П., Смит Т.П. и др. (2013). «Уменьшение сложности сборки микробных геномов с помощью секвенирования одиночных молекул» . Геном Биол. 14 (9): Р101. arXiv : 1304.3752 . Бибкод : 2013arXiv1304.3752K . дои : 10.1186/gb-2013-14-9-r101 . ПМК   4053942 . ПМИД   24034426 .
  41. ^ Смит CC, Ван Q, Чин CS и др. (2012). «Подтверждение мутаций ITD в FLT3 как терапевтической мишени при остром миелолейкозе человека» . Природа . 485 (7397): 260–3. Бибкод : 2012Natur.485..260S . дои : 10.1038/nature11016 . ПМК   3390926 . ПМИД   22504184 .
  42. ^ Карнейро М.О., Расс С., Росс М.Г. и др. (2012). «Тихоокеанская технология секвенирования биологических наук для генотипирования и обнаружения вариаций в человеческих данных» . БМК Геном. 13 (1): 375. дои : 10.1186/1471-2164-13-375 . ПМК   3443046 . ПМИД   22863213 .
  43. ^ Флюсберг Б.А., Вебстер Д.Р., Ли Дж.Х. и др. (2010). «Прямое обнаружение метилирования ДНК во время секвенирования одиночных молекул в реальном времени» . Нат. Методы . 7 (6): 461–5. дои : 10.1038/nmeth.1459 . ПМЦ   2879396 . ПМИД   20453866 .
  44. ^ Кларк Т.А., Мюррей И.А., Морган Р.Д. и др. (2012). «Характеристика особенностей ДНК-метилтрансферазы с использованием одномолекулярного секвенирования ДНК в реальном времени» . Нуклеиновые кислоты Рез. 40 (4): е29. дои : 10.1093/nar/gkr1146 . ПМК   3287169 . ПМИД   22156058 .
  45. ^ Сонг CX, Кларк Т.А., Лу XY и др. (2011). «Чувствительное и специфическое секвенирование одиночных молекул 5-гидроксиметилцитозина» . Нат-методы . 9 (1): 75–7. дои : 10.1038/nmeth.1779 . ПМЦ   3646335 . ПМИД   22101853 .
  46. ^ Кларк Т.А., Спиттл К.Е., Тернер С.В. и др. (2011). «Прямое обнаружение и секвенирование поврежденных оснований ДНК» . Геномная интеграция. 2 (1): 10. дои : 10.1186/2041-9414-2-10 . ПМК   3264494 . ПМИД   22185597 .
  47. ^ Мюррей И.А., Кларк Т.А., Морган Р.Д. и др. (2012). «Метиломы шести бактерий» . Нуклеиновые кислоты Рез. 40 (22): 11450–62. дои : 10.1093/nar/gks891 . ПМК   3526280 . ПМИД   23034806 .
  48. ^ Фанг Г., Мунера Д., Фридман Д.И. и др. (2012). «Полногеномное картирование остатков метилированного аденина в патогенной Escherichia Coli с использованием одномолекулярного секвенирования в реальном времени» . Нат. Биотехнология. 30 (12): 1232–9. дои : 10.1038/nbt.2432 . ПМЦ   3879109 . ПМИД   23138224 .
  49. ^ Шэрон Д., Тилгнер Х., Груберт Ф. и др. (2013). «Одномолекулярный подробный обзор человеческого транскриптома» . Нат. Биотехнология. 31 (11): 1009–14. дои : 10.1038/nbt.2705 . ПМК   4075632 . ПМИД   24108091 .
  50. ^ Ау К.Ф., Себастьяно В., Афшар П.Т. и др. (2013). «Характеристика транскриптома ЭСК человека с помощью гибридного секвенирования» . ПНАС . 110 (50): E4821–30. Бибкод : 2013PNAS..110E4821A . дои : 10.1073/pnas.1320101110 . ПМЦ   3864310 . ПМИД   24282307 .
  51. ^ Ардуи С., Амер А., Вермиш Дж.Р. и др. (2018). «Секвенирование одиночных молекул в реальном времени (SMRT) достигает зрелости: приложения и утилиты для медицинской диагностики» . Нуклеиновые кислоты Рез. 46 (5): 2159–68. дои : 10.1093/nar/gky066 . ПМК   5861413 . ПМИД   29401301 .
  52. ^ Уилбе М., Гудмундссон С., Йоханссон Дж. и др. (2017). «Новый подход с использованием долгосрочного секвенирования и ddPCR для исследования мозаицизма гонад и оценки риска рецидива в двух семьях с нарушениями развития» . Пренатальная диагностика . 37 (11): 1146–54. дои : 10.1002/pd.5156 . ПМК   5725701 . ПМИД   28921562 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Single-molecule_real-time_sequencing&oldid=1181897431"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: c093bd69bb46266265b8a78bd946682b__1698259800
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/c0/2b/c093bd69bb46266265b8a78bd946682b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Single-molecule real-time sequencing - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)