Росс Хардисон
Росс К. Хардисон (родился 29 марта 1951 г.) — американский биохимик и молекулярный биолог , в настоящее время профессор биохимии и молекулярной биологии Т. Мин Чу в Научном колледже Эберли . [ 1 ] из Пенсильванского государственного университета .
Образование и карьера
[ редактировать ]Хардисон получил степень бакалавра химии в Университете Вандербильта в 1973 году, где он проводил исследования аналогов стероидных гормонов. [ 2 ] с профессором Говардом Смитом. Он защитил диссертацию о закономерностях взаимодействия гистонов в хроматине. [ 3 ] [ 4 ] в лаборатории профессора Роджера Чокли в Университете Айовы , получая степень доктора философии. получил степень доктора биохимии в 1977 году. Затем он обучался в качестве Джейн Коффин Чайлдс постдокторанта у профессора Тома Маниатиса в Калифорнийском технологическом институте . Он поступил на факультет Пенсильванского государственного университета в 1980 году и получил звание профессора в 1991 году.
Исследовать
[ редактировать ]Исследовательская лаборатория Хардисона изучает молекулярные основы регуляции генов с использованием геномных и эпигенетических подходов, уделяя особое внимание эритроидным и миелоидным гемопоэтическим линиям мыши и человека. Его исследования в течение пяти десятилетий изучали геномику регуляции генов на многих уровнях, начиная с выделения кластеров генов из репрезентативных библиотек клонов ДНК млекопитающих. [ 5 ] [ 6 ] для полногеномного определения [ 7 ] [ 8 ] и интегративный анализ эпигенетических особенностей и их связи с регулируемыми транскриптомами. [ 9 ] Одной из постоянных тем его исследований является применение геномного и эпигеномного анализа для прогнозирования регуляторных элементов генов, включая дистальные энхансеры, с последующей тщательной экспериментальной проверкой этих прогнозов. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Он и его коллеги показали, что явные признаки эволюционной консервации, возникающие в результате выравнивания целого генома, [ 13 ] являются хорошими предикторами подмножества регуляторных элементов. [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] Кроме того, они использовали систематическую интеграцию эпигеномных данных для прогнозирования более широкого набора регуляторных элементов, которые затем были оценены и аннотированы на предмет потенциальной роли в различных клеточных линиях. [ 17 ] [ 9 ] [ 18 ] [ 19 ] Более подробную информацию о его исследованиях и преподавании можно найти на его веб-сайте . доступны на интеграция совместных исследований , Ресурсы , гематопоэтических эпигеномных VISION (ValI датированная систематическая данных полученные в результате его и ) веб-сайте проекта на ENCODE портале данных .
Хардисон опубликовал множество статей (перечисленных в PubMed по этой ссылке ), которые широко цитировались его коллегами (задокументировано в Google Scholar по этой ссылке ).
Некоторые исследовательские презентации Хардисона доступны в виде видеороликов в Интернете, в том числе основной доклад на встрече по крысиной геномике и моделям в лаборатории Колд-Спринг-Харбор (11 декабря 2013 г.) и доклад на тему «ВИДЕНИЕ интеграции и применения данных ENCODE в дифференциации». клетки крови» для ENCODE встречи пользователей (8 октября 2020 г.).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Держатели одаренных стульев» . science.psu.edu . Проверено 22 августа 2016 г.
- ^ Смит, Ховард Э.; Ниргаард, Джон Р.; Берроуз, Элизабет П.; Хардисон, Росс Г.; Смит, Рой Г. (1975), «Синтез аффинных меток для белков стероидных рецепторов», « Действие гормонов, часть A» , «Методы в энзимологии», том. 36, Elsevier, стр. 411–426, номер документа : 10.1016/s0076-6879(75)36037-0 , ISBN. 978-0-12-181936-1 , PMID 162995 , получено 4 января 2022 г.
- ^ Хардисон, Р.; Цайтлер, ДП; Мерфи, Дж. М.; Чокли, Р. (1977). «Соседи гистонов в ядрах и расширенном хроматине» . Клетка . 12 (2): 417–427. дои : 10.1016/0092-8674(77)90118-0 . ПМИД 912751 . S2CID 623347 .
- ^ Хардисон, Росс К.; Эйхнер, Мэри Эллен; Чалкли, Роджер (1975). «Подход к ближайшим соседям гистонов в расширенном хроматине» . Исследования нуклеиновых кислот . 2 (10): 1751–1770. дои : 10.1093/нар/2.10.1751 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 343543 . ПМИД 1187345 .
- ^ Маниатис, Т.; Хардисон, Колорадо; Лейси, Э.; Лауэр, Дж.; О'Коннелл, К.; Куон, Д.; Сим, ГК; Эфстратиадис, А. (1978). «Выделение структурных генов из библиотек эукариотической ДНК» . Клетка . 15 (2): 687–701. дои : 10.1016/0092-8674(78)90036-3 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 719759 . S2CID 21402986 .
- ^ Хардисон, Колорадо; Батлер, ET; Лейси, Э.; Маниатис, Т.; Розенталь, Н.; Эфстратиадис, А. (1979). «Структура и транскрипция четырех связанных генов кроличьего бета-подобного глобина» . Клетка . 18 (4): 1285–1297. дои : 10.1016/0092-8674(79)90239-3 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 519769 . S2CID 54331923 .
- ^ Ченг, Юн; У, Вэйшэн; Кумар, Свати Ашок; Ю, Дуонан; Дэн, Улань; Трипик, Тамара; Кинг, Дэвид К.; Чен, Куан-Бей; Чжан, Ин; Драуц, Даниэла; Джардин, Белинда (2009). «Функция эритроидного GATA1 выявляется с помощью полногеномного анализа занятости факторов транскрипции, модификаций гистонов и экспрессии мРНК» . Геномные исследования . 19 (12): 2172–2184. дои : 10.1101/гр.098921.109 . ISSN 1549-5469 . ПМК 2792182 . ПМИД 19887574 .
- ^ У, Вэйшэн; Ченг, Юн; Келлер, Шерил А.; Эрнст, Джейсон; Кумар, Свати Ашок; Мишра, Теджасвини; Моррисси, Кристафер; Дорман, Кристин М.; Чен, Куан-Бей; Драуц, Даниэла; Джардин, Белинда (2011). «Динамика эпигенетического ландшафта во время дифференцировки эритроидов после восстановления GATA1» . Геномные исследования . 21 (10): 1659–1671. дои : 10.1101/гр.125088.111 . ISSN 1549-5469 . ПМК 3202283 . ПМИД 21795386 .
- ^ Jump up to: а б Сян, Гуаньцзюэ; Келлер, Шерил А.; Хьюстон, Элизабет; Джардин, Белинда М.; Ан, Лин; Уиксом, Александр К.; Миллер, Эмбер; Кокберн, апрель; Саурия, Майкл Э.Г.; Уивер, Кэтрин; Лихтенберг, Йенс (2020). «Интегративный взгляд на регуляторные и транскрипционные ландшафты кроветворения мышей» . Геномные исследования . 30 (3): 472–484. дои : 10.1101/гр.255760.119 . ISSN 1549-5469 . ПМК 7111515 . ПМИД 32132109 .
- ^ Хардисон, Росс К.; Тейлор, Джеймс (18 июня 2012 г.). «Геномные подходы к поиску цис-регуляторных модулей у животных» . Обзоры природы. Генетика . 13 (7): 469–483. дои : 10.1038/nrg3242 . ISSN 1471-0064 . ПМЦ 3541939 . ПМИД 22705667 .
- ^ Тейлор, Джеймс; Текучева Светлана; Кинг, Дэвид К.; Хардисон, Росс К.; Миллер, Уэбб; Кьяромонте, Франческа (2006). «ESPERR: изучение сильных и слабых сигналов при выравнивании геномных последовательностей для идентификации функциональных элементов» . Геномные исследования . 16 (12): 1596–1604. дои : 10.1101/гр.4537706 . ISSN 1088-9051 . ПМЦ 1665643 . ПМИД 17053093 .
- ^ Ван, Хао; Чжан, Ин; Ченг, Юн; Чжоу, Юэпинь; Кинг, Дэвид К.; Тейлор, Джеймс; Кьяромонте, Франческа; Кастури, Джьотсна; Петриковска, Ханна; Гибб, Брайан; Дорман, Кристина (2006). «Экспериментальная проверка предсказанных цис-регуляторных модулей эритроида млекопитающих» . Геномные исследования . 16 (12): 1480–1492. дои : 10.1101/гр.5353806 . ISSN 1088-9051 . ПМК 1665632 . ПМИД 17038566 .
- ^ Шварц, Скотт; Кент, В. Джеймс; Смит, Ариан; Чжан, Чжэн; Берч, Роберт; Хардисон, Росс К.; Хаусслер, Дэвид; Миллер, Уэбб (2003). «Согласование человека и мыши с помощью BLASTZ» . Геномные исследования . 13 (1): 103–107. дои : 10.1101/гр.809403 . ISSN 1088-9051 . ПМК 430961 . ПМИД 12529312 .
- ^ Хардисон, Р.К. (2000). «Консервативные некодирующие последовательности являются надежными проводниками регуляторных элементов» . Тенденции в генетике . 16 (9): 369–372. дои : 10.1016/s0168-9525(00)02081-3 . ISSN 0168-9525 . ПМИД 10973062 .
- ^ Миллер, Уэбб; Макова Катерина Д.; Некрутенко Антон; Хардисон, Росс К. (2004). «Сравнительная геномика» . Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 5 : 15–56. дои : 10.1146/annurev.genom.5.061903.180057 . ISSN 1527-8204 . ПМИД 15485342 .
- ^ Кинг, Дэвид К.; Тейлор, Джеймс; Чжан, Ин; Ченг, Юн; Лоусон, Хизер А.; Мартин, Джоэл; группы ENCODE для регуляции транскрипции и анализа многовидовых последовательностей; Кьяромонте, Франческа; Миллер, Уэбб; Хардисон, Росс К. (2007). «Обнаружение цис-регуляторных элементов с помощью сравнительной геномики: некоторые уроки из данных ENCODE» . Геномные исследования . 17 (6): 775–786. дои : 10.1101/гр.5592107 . ISSN 1088-9051 . ЧВК 1891337 . ПМИД 17567996 .
- ^ Чжан, Ю; Ан, Лин; Юэ, Фэн; Хардисон, Росс К. (19 августа 2016 г.). «Совместная характеристика эпигенетической динамики нескольких типов клеток человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (14): 6721–6731. дои : 10.1093/nar/gkw278 . ISSN 1362-4962 . ПМК 5772166 . ПМИД 27095202 .
- ^ Ченг, Юн; Ма, Чжихай; Ким, Бонг-Хён; У, Вэйшэн; Кейтинг, Филип; Бойл, Алан П.; Сундарам, Васави; Син, Сяоюнь; Доган, Нергиз; Ли, Цзинцзин; Ойскирхен, Гия (20 ноября 2014 г.). «Принципы сохранения регуляторной информации между мышью и человеком» . Природа . 515 (7527): 371–375. Бибкод : 2014Natur.515..371C . дои : 10.1038/nature13985 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 4343047 . ПМИД 25409826 .
- ^ Консорциум проекта ENCODE; Мур, Джилл Э.; Пункаро, Майкл Дж.; Пратт, Генри Э.; Эпштейн, Чарльз Б.; Шореш, Ноам; Адриан, Джессика; Кавли, Трупти; Дэвис, Кэрри А.; Добин, Александр; Каул, Раджиндер (2020). «Расширенные энциклопедии элементов ДНК в геномах человека и мыши» . Природа . 583 (7818): 699–710. Бибкод : 2020Natur.583..699E . дои : 10.1038/s41586-020-2493-4 . ISSN 1476-4687 . ПМК 7410828 . ПМИД 32728249 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Публикации, перечисленные в PubMed для Росса Хардисона, находятся по этой ссылке .
- Цитирования его статей задокументированы в Google Scholar по этой ссылке .
- Видео Росса Хардисона, выступающего с основным докладом на встрече по крысиной геномике и моделям в лаборатории Колд-Спринг-Харбор (11 декабря 2013 г.).
- Видео, на котором Росс Хардисон выступает с докладом на тему «ВИДЕНИЕ интеграции и применения данных ENCODE для дифференциации клеток крови» на ENCODE (8 октября 2020 г.). собрании пользователей
- проекта VISION ( Вал Ресурсы , I датированная систематическая интеграция веб проекта полученные в результате его совместных исследований в рамках гематопоэтических эпигеномных данных), находятся на -сайте .
| Международный | |
|---|---|
| Национальный | |
| академики | |
| Другой | |
